พื้นที่เก็บข้อมูลนี้นำเสนอเวิร์กโฟลว์การคำนวณเพื่อคำนวณและกำหนดลักษณะเฉพาะของ iModulons ทั้งหมดสำหรับสิ่งมีชีวิตที่เลือก สิ่งนี้เกิดขึ้นในห้าขั้นตอน:
iModulons คือกลุ่มของยีนที่ได้รับ การมอดูล อย่างเป็น อิสระ ซึ่งคำนวณผ่านการวิเคราะห์องค์ประกอบอิสระ (ICA) ของชุดข้อมูลการแสดงออกของยีน หากต้องการเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับ iModulons หรือสำรวจ iModulons ที่เผยแพร่แล้ว โปรดไปที่ iModulonDB หรือดูสิ่งพิมพ์ของเราสำหรับ Escherichia coli , Staphylococcus aureus หรือ Bacillus subtilis
ที่นี่ เราจะแนะนำแนวคิดของ โมดูลูโลม สำหรับสิ่งมีชีวิต ซึ่งเป็นชุดของ iModulons ทั้งหมดที่สามารถคำนวณสำหรับสิ่งมีชีวิตโดยอิงตามข้อมูล RNA-seq ที่เปิดเผยต่อสาธารณะ ไปป์ไลน์การคำนวณจัดเตรียมขั้นตอนการทำงานทีละขั้นตอนเพื่อคำนวณ Modulome สำหรับ Bacillus subtilis
เราได้จัดเตรียมคอนเทนเนอร์ Docker ที่สร้างไว้ล่วงหน้าพร้อมซอฟต์แวร์ที่จำเป็นทั้งหมด
ในการเริ่มต้น ให้ติดตั้ง Docker และ Nextflow
คุณยังสามารถรันแต่ละโปรแกรมในเครื่องได้ โดยมีข้อกำหนดทั้งหมดแสดงอยู่ในไฟล์ conda environment.yml สำหรับขั้นตอนที่ 5 (Characterized iModulons) ให้ติดตั้ง pymodulon เพิ่มเติม
โปรดอ้างอิงเอกสารต่อไปนี้: iModulonMiner และ PyModulon: ซอฟต์แวร์สำหรับการขุดบทสรุปการแสดงออกของยีนโดยไม่ได้รับการดูแล
