ซีคคิท

SeqKit - ชุดเครื่องมือข้ามแพลตฟอร์มและรวดเร็วมากสำหรับการจัดการไฟล์ FASTA/Q

• ลองใช้ SeqKit ในเบราว์เซอร์ของคุณ (บทช่วยสอนและแบบฝึกหัดจาก sandbox.bio)

• เอกสาร: http://bioinf.shenwei.me/seqkit ( การใช้งาน , คำถามที่พบบ่อย , บทช่วยสอน และ เกณฑ์มาตรฐาน )

• ซอร์สโค้ด: https://github.com/shenwei356/seqkit

• เวอร์ชันล่าสุด:

• กรุณาอ้างอิง: ,

• คนอื่น :

คุณสมบัติ

• ติดตั้งง่าย (ดาวน์โหลด)

• จัดเตรียมไบนารีปฏิบัติการที่เชื่อมโยงแบบคงที่สำหรับหลายแพลตฟอร์ม (Linux/Windows/macOS, amd64/arm64)

• น้ำหนักเบาและใช้งานได้ทันที ไม่ต้องพึ่งพา ไม่ต้องคอมไพล์ ไม่มีการกำหนดค่า

• conda install -c bioconda seqkit

• ใช้งานง่าย

• เร็วมาก (ดูรายละเอียดทางเทคนิคและเกณฑ์มาตรฐาน)

• แยกวิเคราะห์ทั้งรูปแบบ FASTA และ FASTQ ได้อย่างราบรื่น

• รองรับ (บีบอัด gzip / xz / zstd / bzip2 ) STDIN/STDOUT และไฟล์อินพุต/เอาท์พุต รวมเข้ากับไพพ์ได้อย่างง่ายดาย

• ผลลัพธ์ที่ทำซ้ำได้ (เมล็ดแรนด์ที่กำหนดค่าได้ใน sample และ shuffle )

• รองรับ ID ลำดับที่กำหนดเองผ่านนิพจน์ทั่วไป

• รองรับการเติมข้อความอัตโนมัติ Bash/Zsh

• คำสั่งอเนกประสงค์ (การใช้งานและตัวอย่าง)

• ฟังก์ชั่นการใช้งานจริงที่รองรับโดยคำสั่งย่อย 38 คำสั่ง

การติดตั้ง

ไปที่หน้าดาวน์โหลดเพื่อดูตัวเลือกการดาวน์โหลดและบันทึกการเปลี่ยนแปลงเพิ่มเติม หรือติดตั้งผ่าน conda:

conda install -c bioconda seqkit

คำสั่งย่อย

หมวดหมู่	สั่งการ	การทำงาน	ป้อนข้อมูล	ความไวของเกลียว	มัลติเธรด
การดำเนินงานขั้นพื้นฐาน	ลำดับ	ลำดับการแปลง: แยก ID/seq, กรองตามความยาว/คุณภาพ, ลบช่องว่าง...	ฟาสต้า/คิว
	สถิติ	สถิติอย่างง่าย: #seqs, min/max_len, N50, Q20%, Q30%…	ฟาสต้า/คิว
	ภาคต่อ	รับลำดับย่อยตามภูมิภาค/gtf/bed รวมถึงลำดับขนาบข้าง	ฟาสต้า/คิว	+ หรือ/และ -
	เลื่อน	แยกลำดับย่อยในหน้าต่างบานเลื่อน	ฟาสต้า/คิว	+ เท่านั้น
	ไฟด์x	สร้างไฟล์ดัชนี FASTA และแยกลำดับย่อย (พร้อมคุณสมบัติมากกว่า samtools faidx)	ฟาสต้า	+ หรือ/และ -
	แปล	แปล DNA/RNA เป็นลำดับโปรตีน	ฟาสต้า/คิว	+ หรือ/และ -
	ดู	การตรวจสอบและฮิสโตแกรมออนไลน์ของคุณสมบัติลำดับ	ฟาสต้า/คิว
	ซิ	การต่อข้อมูลแบบเรียลไทม์และการสตรีมไฟล์ fastx	ฟาสต้า/คิว
การแปลงรูปแบบ	fq2fa	แปลง FASTQ เป็นรูปแบบ FASTA	ฟาสต์คิว
	fx2tab	แปลง FASTA/Q เป็นรูปแบบตาราง	ฟาสต้า/คิว
	fa2fq	ดึงข้อมูลบันทึก FASTQ ที่เกี่ยวข้องด้วยไฟล์ FASTA	ฟาสต้า/คิว	+ เท่านั้น
	tab2fx	แปลงรูปแบบตารางเป็นรูปแบบ FASTA/Q	ทีเอสวี
	แปลง	แปลงการเข้ารหัสคุณภาพ FASTQ ระหว่าง Sanger, Solexa และ Illumina	ฟาสต้า/คิว
กำลังค้นหา	เกรป	ค้นหาลำดับตามรหัส/ชื่อ/ลำดับ/แม่ลายของลำดับ อนุญาตให้ไม่ตรงกันได้	ฟาสต้า/คิว	+ และ -	บางส่วน -ม
	ค้นหา	ค้นหาลำดับย่อย/แม่ลาย อนุญาตให้ไม่ตรงกันได้	ฟาสต้า/คิว	+ และ -	บางส่วน -ม
	เครื่องขยายเสียง	แยกเครื่องขยายเสียง (หรือบริเวณเฉพาะรอบๆ) อนุญาตให้ไม่ตรงกันได้	ฟาสต้า/คิว	+ และ -	บางส่วน -ม
	ปลา	มองหาลำดับสั้นๆ ในลำดับที่ใหญ่กว่า	ฟาสต้า/คิว	+ และ -
ตั้งค่าการทำงาน	ตัวอย่าง	ลำดับตัวอย่างตามจำนวนหรือสัดส่วน	ฟาสต้า/คิว
	rmdup	ลบลำดับที่ซ้ำกันด้วย ID/ชื่อ/ลำดับ	ฟาสต้า/คิว	+ และ -
	ทั่วไป	ค้นหาลำดับทั่วไปของไฟล์หลายไฟล์ด้วยรหัส/ชื่อ/ลำดับ	ฟาสต้า/คิว	+ และ -
	ทำซ้ำ	ลำดับที่ซ้ำกัน N ครั้ง	ฟาสต้า/คิว
	แยก	แยกลำดับออกเป็นไฟล์ตามภูมิภาค id/seq/ขนาด/ส่วน (สำหรับ FASTA เป็นหลัก)	ฟาสต้าเสนอแนะ
	แยก2	แบ่งลำดับเป็นไฟล์ตามขนาด/ส่วน (FASTA, PE/SE FASTQ)	ฟาสต้า/คิว
	ศีรษะ	พิมพ์บันทึก N FASTA/Q แผ่นแรก	ฟาสต้า/คิว
	เฮดจีโนม	พิมพ์ลำดับของจีโนมแรกที่มีคำนำหน้าเหมือนกันในชื่อ	ฟาสต้า/คิว
	พิสัย	พิมพ์บันทึก FASTA/Q ในช่วง (เริ่มต้น: สิ้นสุด)	ฟาสต้า/คิว
	คู่	แก้ไขการอ่านแบบปลายคู่จากไฟล์ fastq สองไฟล์	ฟาสต้า/คิว
แก้ไข	แทนที่	แทนที่ชื่อ/ลำดับด้วยนิพจน์ทั่วไป	ฟาสต้า/คิว	+ เท่านั้น
	เปลี่ยนชื่อ	เปลี่ยนชื่อ ID ที่ซ้ำกัน	ฟาสต้า/คิว
	เชื่อมต่อ	เชื่อมต่อลำดับด้วย ID เดียวกันจากหลายไฟล์	ฟาสต้า/คิว	+ เท่านั้น
	รีสตาร์ท	รีเซ็ตตำแหน่งเริ่มต้นสำหรับจีโนมแบบวงกลม	ฟาสต้า/คิว	+ เท่านั้น
	กลายพันธุ์	แก้ไขลำดับ (การกลายพันธุ์ของจุด การแทรก การลบ)	ฟาสต้า/คิว	+ เท่านั้น
	ซานะ	ฆ่าเชื้อไฟล์ FASTQ บรรทัดเดียวที่เสียหาย	ฟาสต์คิว
การสั่งซื้อ	เรียงลำดับ	เรียงลำดับตามรหัส/ชื่อ/ลำดับ/ความยาว	ฟาสต้าเสนอแนะ
	สุ่ม	ลำดับสุ่ม	ฟาสต้าเสนอแนะ
การประมวลผล BAM	แบม	การตรวจสอบและฮิสโตแกรมออนไลน์ของคุณสมบัติบันทึก BAM	แบม
เบ็ดเตล็ด	ผลรวม	คำนวณการแยกย่อยข้อความสำหรับลำดับทั้งหมดในไฟล์ FASTA/Q	ฟาสต้า/คิว
	รวมสไลด์	รวมหน้าต่างบานเลื่อนที่สร้างจากการเลื่อน seqkit	ทีเอสวี

หมายเหตุ:

• ความไวของเกลียว:

• + only : การประมวลผลเฉพาะบนเส้นบวก/ไปข้างหน้าเท่านั้น

• + and - : ค้นหาทั้งสองเส้น

• + or/and - : ขึ้นอยู่กับการตั้งค่าสถานะ/ตัวเลือก/ข้อโต้แย้งของผู้ใช้

• หลายเธรด: การใช้ค่าเริ่มต้น 4 เธรดนั้นเร็วเพียงพอสำหรับคำสั่งส่วนใหญ่ บางคำสั่งอาจได้รับประโยชน์จากเธรดเพิ่มเติม

การอ้างอิง

1. Wei Shen*, Botond Sipos และ Liuyang Zhao 2024 SeqKit2: Swiss Army Knife สำหรับการประมวลผลลำดับและการจัดตำแหน่ง iMeta e191. ดอย:10.1002/imt2.191.

2. Wei Shen, Shuai Le, Yan Li* และ Fuquan Hu* SeqKit: ชุดเครื่องมือข้ามแพลตฟอร์มและรวดเร็วมากสำหรับการจัดการไฟล์ FASTA/Q กรุณาหนึ่ง ดอย:10.1371/journal.pone.0163962.

ผู้ร่วมให้ข้อมูล

• เว่ยเซิน

• Botond Sipos: bam , scat , fish , sana , watch .

• คนอื่น

รับทราบ

เราขอขอบคุณผู้ใช้ทุกคนสำหรับข้อเสนอแนะและข้อเสนอแนะอันมีค่าของพวกเขา เราขอขอบคุณผู้มีส่วนร่วมทุกท่านในการปรับปรุงโค้ดและเอกสารประกอบ

เราขอขอบคุณ Klaus Post สำหรับแพ็คเกจที่ยอดเยี่ยมของเขา ( compress และ pgzip ) ซึ่งช่วยเร่งการอ่านและเขียนไฟล์ gzip

ติดต่อ

สร้างปัญหาเพื่อรายงานข้อบกพร่อง เสนอฟังก์ชันใหม่ หรือขอความช่วยเหลือ

ใบอนุญาต

ใบอนุญาตเอ็มไอที

สตาร์ชาร์ต