ในการเปิดตัว SMRTanalysis 3.0 นั้น PacBio ได้นำรูปแบบ BAM ที่เป็นมาตรฐานอุตสาหกรรมมาใช้สำหรับไฟล์ข้อมูลเบสคอล (ทั้งแบบจัดแนวและไม่จัดแนว) นอกจากนี้เรายังได้กำหนดรูปแบบไฟล์ร่วม BAM (bam.pbi) ที่ทำให้สามารถเข้าถึงชุดข้อมูลต่อการอ่านที่สมบูรณ์ยิ่งขึ้นได้อย่างรวดเร็ว รวมถึงความเข้ากันได้สำหรับซอฟต์แวร์ที่สร้างในรูปแบบ cmp.h5 ดั้งเดิม
แพคเกจซอฟต์แวร์ pbbam มีส่วนประกอบในการสร้าง สืบค้น และแก้ไขไฟล์ PacBio BAM และดัชนีที่เกี่ยวข้อง ส่วนประกอบเหล่านี้ประกอบด้วยไลบรารี C++ หลัก การผูกภาษาเพิ่มเติม และยูทิลิตี้บรรทัดคำสั่ง
pbbam
ล่าสุดสามารถติดตั้งได้ผ่านแพ็คเกจ bioconda pbbam
โปรดดูหน้า pbbioconda อย่างเป็นทางการของเราสำหรับข้อมูลเกี่ยวกับการติดตั้ง การสนับสนุน ใบอนุญาต ลิขสิทธิ์ และข้อจำกัดความรับผิดชอบ
ไลบรารีนี้ ไม่ ได้ตั้งใจเพื่อใช้เป็นยูทิลิตี้ BAM สำหรับการใช้งานทั่วไป - BAM อินพุตและเอาท์พุตทั้งหมดจะต้องเป็นไปตามข้อกำหนดรูปแบบ PacBio BAM BAM ที่ไม่ใช่ PacBio จะทำให้เกิดข้อยกเว้น
หน้าแรกเอกสาร
บันทึกการเปลี่ยนแปลง
pbbam ตรวจสอบไฟล์ BAM ทั้งหมด และในฐานะส่วนหนึ่งของการตรวจสอบนี้ จะตรวจสอบว่าตัวแปร BindingKit
และ SequencingKit
ในทุก ReadGroup ของไฟล์ BAM ที่ให้มานั้นเป็นที่รู้จักหรือไม่ ในฐานะที่เป็นส่วนหนึ่งของการพัฒนาทางเคมีที่กำลังดำเนินอยู่ เราอาจจำเป็นต้องแนะนำหมายเลขชิ้นส่วนใหม่เพื่อระบุตัวทำปฏิกิริยาใหม่และ/หรือเซลล์ SMRT คุณไม่น่าจะประสบปัญหาดังกล่าวเมื่อใช้ SMRT Link เนื่องจากมีตัวอัปเดตอัตโนมัติในตัวที่จะตรวจสอบและติดตั้งสารเคมีใหม่เป็นระยะโดยอัตโนมัติ เครื่องมือ PacBio ทั้งหมดที่ใช้งานโดยไม่มีการติดตั้ง SMRT Link ที่เหมาะสม จะต้องมีการแทรกแซงด้วยตนเองเพื่อดาวน์โหลดสารเคมีใหม่:
cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "
wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml
ซึ่งจะทำให้ pbbam พยายามโหลด chemistry.xml
นอกแบนด์จาก SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR
และควรอนุญาตให้คุณใช้ซอฟต์แวร์ที่ค่อนข้างเก่าและมี BAM ที่ค่อนข้างใหม่กว่า หมายเหตุ: สิ่งนี้อนุญาตให้ผ่านการตรวจสอบภายในของ pbbam เท่านั้น ซึ่งจะไม่ทำให้ซอฟต์แวร์ที่ต้องใช้สารเคมีอื่น ๆ ทำงานร่วมกับเคมีรุ่นใหม่ ๆ ได้โดยอัตโนมัติ ตัวอย่างเช่น แบ็กเอนด์ของ Arrow (เอกฉันท์) ได้รับการกำหนดพารามิเตอร์ทางเคมีด้วย และมันจะล้มเหลวหากมีการแนะนำเคมีใหม่ทั้งหมด ดูคำถามที่พบบ่อยของ Unanimity เกี่ยวกับวิธีใช้ SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR
เพื่อโหลดแบบจำลองสำหรับเคมีภัณฑ์ใหม่
เว็บไซต์และเนื้อหานี้และบริการที่เกี่ยวข้องกับเว็บไซต์ทั้งหมด รวมถึงข้อมูลใด ๆ ได้รับการจัดเตรียมไว้ "ตามที่เป็น" โดยมีข้อผิดพลาดทั้งหมด โดยไม่มีการรับรองหรือการรับประกันใด ๆ ทั้งโดยชัดแจ้งหรือโดยนัย รวมถึงแต่ไม่จำกัดเพียงการรับประกันใด ๆ ของ ความสามารถในการค้าขาย คุณภาพที่น่าพึงพอใจ การไม่ละเมิดหรือความเหมาะสมสำหรับวัตถุประสงค์เฉพาะ คุณยอมรับความรับผิดชอบและความเสี่ยงทั้งหมดสำหรับการใช้งานไซต์นี้ บริการที่เกี่ยวข้องกับไซต์ทั้งหมด และเว็บไซต์หรือแอปพลิเคชันของบุคคลที่สาม ไม่มีข้อมูลทางวาจาหรือลายลักษณ์อักษรหรือคำแนะนำใด ๆ ที่จะสร้างการรับประกันใด ๆ การอ้างอิงใดๆ เกี่ยวกับผลิตภัณฑ์หรือบริการเฉพาะบนเว็บไซต์ไม่ถือเป็นหรือบ่งบอกถึงคำแนะนำหรือการรับรองโดย PACIFIC BIOSCIENCES