เซลล์2tcr

Cell2TCR เป็นเครื่องมือสำหรับการอนุมานโมทีฟของตัวรับทีเซลล์ (TCR) โมทีฟ TCR อธิบายกลุ่มของ TCR ที่มีความคล้ายคลึงกันของลำดับที่เพียงพอเพื่อให้จดจำอีพิโทปทั่วไปได้

เริ่มต้นใช้งาน

ดูตัวอย่างการใช้งานใน cell2tcr.ipynb

การติดตั้ง

1. สร้างสภาพแวดล้อม conda ใหม่

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. ติดตั้ง Cell2TCR จาก Github

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. ทางเลือก: เพิ่มเคอร์เนลเพื่อใช้ในโน้ตบุ๊ก Jupyter

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

ความท้าทายของมนุษย์ SARS-CoV-2 เผยให้เห็นการเปลี่ยนแปลงการตอบสนองในระดับท้องถิ่นและเป็นระบบ

เผยแพร่ใน ธรรมชาติ 19.06.2024

Rik GH Lindeboom*, Kaylee B. Worlock*, Lisa M. Dratva, Masahiro Yoshida, David Scobie, Helen R. Wagstaffe, Laura Richardson, Anna Wilbrey-Clark, Josephine L. Barnes, Lorenz Kretschmer, Krzysztof Polanski, Jessica Allen-Hyttinen , ปูจา เมธา , ดินิธิ สุมนาวีระ , แจ็กเกอลีน เอ็ม. บอคคาชิโน , วราดอน ซุงนัก, ราซา เอลเมนไทต์, หนีหวาง, ลีร่า มามาโนวา, ราเกช คาปูเก, เลียม โบลต์, เอเลนา ปริกมอร์, เบน คิลลิงลีย์, มาริยา คาลิโนวา, มาเรีย เมเยอร์, ​​อลิสัน โบเยอร์ส, อเล็กซ์ แมนน์, ลีโอ สวาดลิง, แม็กซิมิเลียน นิวเจอร์ซี วูดอล, ซามูเอล เอลลิส, แคลร์ เอ็ม. สมิธ , วิเตอร์ เอช. เตเซร่า, แซม เอ็ม. เจนส์, ราเชล ซี. แชมเบอร์ส, มุซลิฟาห์ ฮานิฟฟา, แอนดรูว์ Catchpole, Robert Heyderman, Mahdad Noursadeghi, Benny Chain, Andreas Mayer, Kerstin B. Meyer, Christopher Chiu, Marko Z. Nikolić† และ Sarah A. Teichmann†