หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

เอเอวี

อัปเดตล่าสุด: 05/03/2024

ข้อสงวนสิทธิ์

พื้นที่เก็บข้อมูลนี้ล้าสมัยและจะไม่ได้รับการบำรุงรักษาอีกต่อไป

นี่เป็นพื้นที่เก็บข้อมูลส่วนบุคคลสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลลำดับ AAV ที่อ่านมานานของ PacBio ขณะนี้โค้ดโอเพ่นซอร์สได้รับการดูแลและพัฒนาที่ repo LAAVA ของ FormBio กรุณาเยี่ยมชม LAAVA เพื่อรับฐานโค้ดล่าสุด! ขอบคุณ!

ข้อกำหนดเบื้องต้น

  • หลาม 3.7
  • ร

จำเป็นต้องมีไลบรารี Python:

  • พยัม

ต้องการแพ็คเกจ R:

  • ggplot2
  • ดีพลีร์
  • ตาราง
  • ตารางพิเศษ

การติดตั้ง

คุณสามารถดาวน์โหลด/โคลน repo ได้โดยตรงเพื่อใช้สคริปต์โดยตรง 

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

คุณสามารถติดตั้งการขึ้นต่อกันได้ด้วยตัวเองหรือใช้ตัวเลือกแบบอิง Conda ตัวใดตัวหนึ่งต่อไปนี้

ตัวเลือกที่ 1: ใช้ Conda และติดตั้งข้อกำหนดเบื้องต้นทีละรายการ 

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

ตัวเลือกที่ 2: ใช้ Conda กับ yml

สมมติว่าคุณติดตั้งอนาคอนดาไว้และไบนารี่อยู่ใน $HOME/anaCogentPy37/bin คุณจะเพิ่มไบนารีให้กับ $PATH และสร้างสภาพแวดล้อม conda ใหม่ที่เรียกว่า AAV.env 

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

ณ จุดนี้พรอมต์ควรเปลี่ยนเป็น (AAV.env) $

การใช้งาน

โปรดอ่านบทช่วยสอน AAV

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด
ความคิดเห็นจากผู้ใช้