ดาวน์โหลด RAILIN - ดาวน์โหลดซอร์สโค้ด RAILIN

RAILIN

ซอร์สโค้ดอื่น ๆ

1.0.0

ดาวน์โหลด

RAILIN (การกำหนดเสียงสะท้อนโดยการเขียนโปรแกรมเชิงเส้นจำนวนเต็ม)

การแนะนำ

RAILIN เป็นชุดเครื่องมือหลามสำหรับการกำหนดสายโซ่ข้างกรดอะมิโนอัตโนมัติจากความถี่เรโซแนนซ์แม่เหล็กนิวเคลียร์ ปัญหานี้สามารถกำหนดได้ว่าเป็นปัญหาการกำหนดเชิงเส้นและแก้ไขโดยเทคนิคการหาค่าเหมาะที่สุดที่มีข้อจำกัด RAILIN ใช้วิธีการจำแนกประเภท MAP (ค่าอะโพสเทอริโอริสูงสุด) เพื่อประมาณความน่าจะเป็น โดยความถี่เรโซแนนซ์ของระบบสปินแต่ละระบบจะสอดคล้องกับกรดอะมิโนตัวใดตัวหนึ่งจาก 21 ตัว ความรู้เดิมได้มาจากโครงสร้างปฐมภูมิของโปรตีน ลำดับกรดอะมิโนนี้ใช้เพื่อกำหนดปัญหาการกำหนดเชิงเส้นที่มีข้อจำกัด ซึ่งในทางกลับกันจะได้รับการแก้ไขโดยใช้การเขียนโปรแกรมเชิงเส้นจำนวนเต็ม ปัญหาการเขียนโปรแกรมจำนวนเต็มคือโปรแกรมการหาค่าเหมาะที่สุดทางคณิตศาสตร์หรือความเป็นไปได้ ซึ่งตัวแปรบางส่วนหรือทั้งหมดถูกจำกัดให้เป็นจำนวนเต็ม ในการตั้งค่าหลายๆ แบบ คำนี้หมายถึงการเขียนโปรแกรมเชิงเส้นจำนวนเต็ม (ILP) ซึ่งฟังก์ชันวัตถุประสงค์และข้อจำกัด (นอกเหนือจากข้อจำกัดจำนวนเต็ม) เป็นแบบเชิงเส้น

การใช้งาน

usage: railin.py [-h] [--reffile REFFILE] [-a ASSIGNMENTS] [-t TOLERANCE]
               [-s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}] [-v]
               resfile seqfile

positional arguments:
  resfile               Path to list of pseudo-residues in ASCII format.
  seqfile               Path to sequence file in FASTA format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --reffile REFFILE     Path to BMRB reference shifts in ASCII format.
  -a ASSIGNMENTS, --assignments ASSIGNMENTS
                        Number of assignments to be computed (default: 100).
  -t TOLERANCE, --tolerance TOLERANCE
                        Linking Tolerance in ppm (default: 0.6).
  -s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}, --strategy {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}
                        Assignment strategy (default: CplexILP).
  -v, --verbose         Turn on verbosity option.

การติดตั้ง

การติดตั้งมาตรฐาน

การพึ่งพาอาศัยกัน

RAILIN ขึ้นอยู่กับแพ็คเกจต่อไปนี้:

numpy -- จำเป็น (numpy.scipy.org)
scipy -- จำเป็น (scipy.org)
matplotlib -- จำเป็น (matplotlib.org)
networkx -- จำเป็น (networkx.github.io/)
IBM ILOG CPLEX Optimizer - จำเป็น (ตัวเพิ่มประสิทธิภาพ cplex)

หากต้องการตรวจสอบว่ามีการติดตั้งแพ็คเกจใด ๆ ข้างต้นในระบบของคุณแล้วหรือไม่ ให้ลอง:

$ python
>> > import numpy
>> > import scipy
>> > import matplotlib
>> > import networkx
>> > import cplex

ImportError หมายความว่าไม่ได้ติดตั้งแพ็คเกจ

ติดตั้งการพึ่งพาบนระบบที่คล้ายยูนิกซ์

ใช้ตัวจัดการแพ็คเกจของคุณเพื่อติดตั้งแพ็คเกจหลามที่จำเป็น ตัวอย่างเช่นบน Debian/Ubuntu:

$ sudo apt-get install python-numpy
$ sudo apt-get install python-scipy
$ sudo apt-get install python-matplotlib
$ sudo apt-get install python-networkx