หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

บางส่วน

Partis เป็นกรอบงานที่ใช้ HMM สำหรับคำอธิบายประกอบลำดับตัวรับ B และ T-cell การจำลอง การอนุมานตระกูลโคลนและเจิร์มไลน์ และการทำนายความสัมพันธ์ มันถูกสร้างขึ้นบนคอมไพเลอร์แฮม HMM และชุดเครื่องมือคำอธิบายประกอบ Smith-Waterman ig-sw Partis เป็นซอฟต์แวร์ฟรีภายใต้ GPL v3

ส่วนประกอบต่างๆ มีอธิบายไว้ในเอกสารต่อไปนี้ เนื่องจากพวกมันทำสิ่งที่แตกต่างกันมาก วิธีที่ดีที่สุดคือถ้าคุณสามารถอ้างอิงเอกสารเฉพาะที่อธิบายส่วนประกอบที่คุณใช้อยู่ได้

  • การจับคู่คลัสเตอร์ Ralph, DK และ Matsen IV, FA (2022) การอนุมานตระกูลโคลนอลเซลล์บีโดยใช้ข้อมูลการจับคู่สายหนัก/สายเบา ชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ PLoS, 18(11), e1010723
  • ตัวชี้วัดการคัดเลือก Ralph, DK และ Matsen IV, FA (2020) การใช้โครงสร้างเชื้อสายของตัวรับเซลล์บีเพื่อทำนายความสัมพันธ์ ชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ PLoS, 16(11), e1008391
  • การอนุมาน Germline Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2019) การอนุมานเจิร์มไลน์ของอิมมูโนโกลบูลินต่อตัวอย่าง [...] ชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ของ PLoS, 15(7), e1007133
  • การอนุมานครอบครัว Clonal Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016) การอนุมานตามความน่าจะเป็นของครอบครัว B-cell Clonal ชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ PLoS, 12(10), e1005086
  • กรอบงาน HMM และคำอธิบายประกอบ BCR Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016) ความสม่ำเสมอของ [...] ช่วยให้คำอธิบายประกอบลำดับตัวรับ B เซลล์แม่นยำ ชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ PLoS, 12(1), e1004409

จุดที่ดีที่สุดในการเริ่มอ่านคู่มือคือการเริ่มต้นอย่างรวดเร็วหรือสารบัญ รายละเอียดเกี่ยวกับตัวเลือกต่างๆ ที่ไม่ได้บันทึกไว้อาจพบได้โดยการรันคำสั่งย่อยแต่ละคำสั่ง เช่น partis cache-parameters --help หรือ partis simulate --help

หากต้องการถามคำถามเกี่ยวกับวิธีการวิ่งหรือการทำงานของสิ่งต่างๆ โปรดใช้ Google Group ในทางกลับกัน สำหรับปัญหาเฉพาะของซอฟต์แวร์ เช่น รายงานข้อบกพร่องหรือการร้องขอคุณสมบัติ ให้ส่งปัญหาบน GitHub คุณยังสามารถค้นหาจากการสนทนาที่ผ่านมาได้ทั้งในกลุ่ม Google และในประเด็นปิด หากคุณต้องการรับการแจ้งเตือนเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงที่สำคัญ โปรดสมัครเป็นสมาชิกกลุ่ม Google

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด