omaat
1.0.0
OpenMSI Arrayed Analysis Toolkit (OMAAT) เป็นแพ็คเกจซอฟต์แวร์ใหม่สำหรับวิเคราะห์ตัวอย่างที่กำหนดเชิงพื้นที่ในการถ่ายภาพแมสสเปกโตรเมทรี (MSI) ก่อนหน้านี้ นักวิจัยจะต้องศึกษาข้อมูลด้วยตนเองหรืออาศัยอัลกอริธึมคอมพิวเตอร์ผู้เชี่ยวชาญสำหรับการวิเคราะห์ตามภูมิภาคที่สนใจในวงกว้าง การใช้โน้ตบุ๊ก Jupyter ช่วยให้ทุกคนเข้าถึง OMAAT ได้อย่างง่ายดายโดยไม่ต้องมีประสบการณ์ด้านการเขียนโปรแกรม และทำให้การค้นหาสูงสุดและการบูรณาการสูงสุดและในตัวอย่างที่กำหนดเชิงพื้นที่ในชุดข้อมูล MSI ตรงไปตรงมา เมื่อใช้ร่วมกับ OpenMSI แพลตฟอร์มอันทรงพลังสำหรับการจัดเก็บ แบ่งปัน และวิเคราะห์ข้อมูล MSI ที่กำหนดเชิงพื้นที่จะถูกสร้างขึ้น และส่งเสริมการใช้ MSI สำหรับการวิเคราะห์ชุดตัวอย่างอาเรย์ขนาดใหญ่ ความสามารถใหม่นี้จะช่วยให้สามารถใช้การถ่ายภาพแมสสเปกโตรมิเตอร์มวลไอออไนเซชันด้วยเลเซอร์ desorption เป็นวิธีการวิเคราะห์ทางชีวโมเลกุลที่มีปริมาณงานสูง
OMAAT เขียนเป็นโมดูล Python และทดสอบลำดับหลักโดยใช้การแจกแจง Anaconda Python หากต้องการสร้างสภาพแวดล้อมการทดสอบของเราอีกครั้ง โปรดดูการแจกจ่ายและแพ็คเกจที่นี่และที่นี่
Anaconda มาพร้อมกับแพ็คเกจ Python มากมายที่มีประโยชน์สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูล หากคุณมีอนาคอนดาอยู่แล้ว ตรวจสอบให้แน่ใจว่าพัสดุของคุณเป็นปัจจุบัน OMAAT ต้องการ Jupyter เวอร์ชัน 4.1+ และ python เวอร์ชัน 2.7+ หรือ 3.2+ เราขอแนะนำให้ใช้การกระจาย Python ของ Anaconda ที่นี่: https://www.continuum.io/downloads
นอกจากการติดตั้งอนาคอนดาพื้นฐานแล้ว คุณจะต้องติดตั้งแพ็คเกจ python “อนาคต” ด้วย สำหรับอนาคอนดา ทำได้โดยใช้ตัวจัดการแพ็คเกจ conda
conda install future
วิดเจ็ตในสมุดบันทึกนี้จำเป็นต้องมีแพ็คเกจ widgetsnbextension สามารถติดตั้งได้ผ่าน:
conda install widgetsnbextension
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension
สามารถรับรหัส OMAAT ได้จากบรรทัดคำสั่งโดย:
git clone https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools.git
หรือโดยการดาวน์โหลดและคลายการบีบอัดไฟล์ zip ของ repo ที่นี่: https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools/archive/master.zip
หากต้องการเปิดโน้ตบุ๊กจากเทอร์มินัล ให้เปลี่ยนเป็นไดเร็กทอรีรหัส OMAAT และประเภท
jupyter notebook
หรือเปิดโน้ตบุ๊กโดยใช้เครื่องมือ Launcher แบบกราฟิกจากอนาคอนดา
แพ็คเกจ Python ได้รับการอัปเดตอย่างต่อเนื่อง โปรดติดต่อเราโดยวางตั๋วที่นี่ใน GitHub หากคุณมีปัญหาในการใช้หรือติดตั้ง omaat
การทดสอบดำเนินการโดยใช้ Travis-CI หากต้องการสร้างสภาพแวดล้อมหลามที่คล้ายกันกับการทดสอบของเราจากไดเร็กทอรี omaat ให้ใช้:
>conda create -n omaat_python3 python=3.5 pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
# or
>conda create -n omaat_python2 python=2.7 future pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
>source activate omaat_python3
# or
>source activate omaat_python2
>python setup.py install
>pytest test/test_all.py
*Markus de Raad, Tristan de Rond, Oliver Rübe, Jay D. Keasling, Trent R. Northen และ Benjamin P. Bowen, "ชุดเครื่องมือวิเคราะห์แบบอาร์เรย์ OpenMSI: การวิเคราะห์ตัวอย่างที่กำหนดเชิงพื้นที่โดยใช้การถ่ายภาพ Mass Spectrometry" ทางทวารหนัก เคมี, 2017, 89 (11), หน้า 5818–5823 DOI: 10.1021/acs.analchem.6b05004
รูปแบบข้อมูลสำหรับการจัดเก็บข้อมูล MSI มีอธิบายไว้ในเอกสารเผยแพร่ต่อไปนี้:
Oliver Rübel, Annette Greiner, Shreyas Cholia, Katherine Louie, E. Wes Bethel, Trent R. Northen และ Benjamin P. Bowen, "OpenMSI: แพลตฟอร์มบนเว็บประสิทธิภาพสูงสำหรับการถ่ายภาพแมสสเปกโตรมิเตอร์" เคมีวิเคราะห์ 2013 85 (21 ), 10354-10361, ดอย: 10.1021/ac402540a. [BibTeX][ออนไลน์ที่ ACS]
ดูที่licence.txt
ดูลิขสิทธิ์.txt
