หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

การสนับสนุนผู้ใช้:

สำหรับคำถามของผู้ใช้ โปรดค้นหาคำตอบและถามก่อนในฟอรัม GATK

สถานะการสร้าง

ชุดเครื่องมือบรรทัดคำสั่ง Java สำหรับจัดการข้อมูลและรูปแบบ High-throughput Sequencing (HTS)

Picard ได้รับการปรับใช้โดยใช้ไลบรารี HTSJDK Java HTSJDK เพื่อรองรับการเข้าถึงรูปแบบไฟล์ที่ใช้กันทั่วไปสำหรับข้อมูลลำดับที่มีปริมาณงานสูง เช่น SAM และ VCF

ตั้งแต่เวอร์ชัน 3.0 Picard ต้องใช้ Java 1.17

อาคารพิการ์ด

  • ขั้นแรก โคลน repo: 
    git clone https://github.com/broadinstitute/picard.git
    cd picard/

  • ตอนนี้ Picard ถูกสร้างขึ้นโดยใช้ gradle รวมสคริปต์ตัวตัดคำ ( gradlew ) ซึ่งจะดาวน์โหลดเวอร์ชันที่เหมาะสมของ gradle ในการเรียกใช้ครั้งแรก

  • หากต้องการสร้าง Picard jar ที่บรรจุครบถ้วนและรันได้พร้อมการขึ้นต่อกันทั้งหมด ให้รัน: 

    ./gradlew shadowJar
  • jar ผลลัพธ์จะอยู่ใน build/libs หากต้องการรันคำสั่งคือ: 
    java -jar build/libs/picard.jar
    
    or
    
    java -jar build/libs/picard-<VERSION>-all.jar
  • หากต้องการสร้าง jar ที่มีเฉพาะคลาส Picard (ไม่มีการขึ้นต่อกัน) ให้รัน: 
    ./gradlew jar
  • หากต้องการล้างไดเร็กทอรี build ให้รัน: 
    ./gradlew clean

การทดสอบการทำงาน

  • หากต้องการรันการทดสอบทั้งหมด คำสั่งคือ: 
    ./gradlew test
  • หากต้องการรันการทดสอบเฉพาะ คำสั่งคือ: 
    ./gradlew legacyTest --tests "*TestClassName*"
    
    or
    
    ./gradlew barclayTest --tests "*TestClassName*"

การรัน legacyTest จะใช้ตัวแยกวิเคราะห์บรรทัดคำสั่งแบบเดิม ในขณะที่ barclayTest ใช้ตัวแยกวิเคราะห์ใหม่

การเปลี่ยนเวอร์ชัน HTSJDK ที่เผยแพร่ซึ่ง Picard ขึ้นอยู่กับ

หากต้องการเปลี่ยนการพึ่งพา HTSJDK ของ Picard ไปเป็นเวอร์ชันอื่นที่เผยแพร่ ให้ทำดังนี้

  • เปิด build.gradle
  • แก้ไข VERSION ในบรรทัดต่อไปนี้ให้เป็นเวอร์ชันอื่นที่เผยแพร่ของ HTSJDK รายการรุ่น HTSJDK มีอยู่ที่นี่ 
    final htsjdkVersion = System.getProperty('htsjdk.version', 'VERSION')`
  • เปิดคำขอดึงด้วยการเปลี่ยนแปลงนี้

การสร้าง Picard ด้วย HTSJDK เวอร์ชันที่กำหนดเอง

ในระหว่างการพัฒนาใน Picard บางครั้งจำเป็นต้องสร้างในเครื่องโดยเทียบกับเวอร์ชันที่ยังไม่เผยแพร่หรือสาขาของ HTSJDK

  • หากต้องการสร้างเทียบกับสาขาหลักของ HTSJDK เวอร์ชันที่ยังไม่เผยแพร่:

    • ไปที่ Broad artifactory ซึ่งมีการเผยแพร่สแน็ปช็อตอย่างต่อเนื่องของสาขาหลักของ HTSJDK และเลือกเวอร์ชันที่คุณต้องการใช้ ตัวอย่างเช่น 2.5.1-9-g5740ca1-SNAPSHOT คุณสามารถค้นหาด้วยแท็กหรือคอมมิตแฮชแบบสั้น
    • ใน Picard clone ของคุณ ให้รัน ./gradlew shadowJar -Dhtsjdk.version=VERSION โดยที่ VERSION คือเวอร์ชันของสแน็ปช็อตสาขาหลัก HTSJDK ที่คุณต้องการใช้

  • หากต้องการสร้างเทียบกับเวอร์ชันของ HTSJDK ที่ยัง ไม่ ได้รวมเข้ากับสาขาหลักของ HTSJDK:

    • โคลน HTSJDK และในโคลนของคุณ ให้ตรวจดูแท็กหรือสาขาที่คุณต้องการสร้าง Picard
    • รัน ./gradlew install printVersion ในโคลน htsjdk ของคุณเพื่อติดตั้งเวอร์ชันนั้นลงในที่เก็บ Maven ในเครื่องของคุณ จดหมายเลขเวอร์ชันที่พิมพ์ไว้ตอนท้าย
    • เปลี่ยนกลับไปใช้ Picard clone ของคุณแล้วรัน ./gradlew shadowJar -Dhtsjdk.version=VERSION โดยที่ VERSION คือเวอร์ชันของ HTSJDK ที่คุณติดตั้งลงในที่เก็บ Maven ในเครื่องของคุณ

ปล่อยพิการ์ด

คำแนะนำทั้งหมดเกี่ยวกับวิธีสร้าง Picard รุ่นใหม่อยู่ที่นี่

ผู้ให้บริการเส้นทาง

Picard มีการสนับสนุนการอ่านอย่างจำกัดจากผู้ให้บริการเส้นทาง ปัจจุบันรองรับเฉพาะ API ของ Google และมีเครื่องมือเพียงไม่กี่ตัวเท่านั้นที่รองรับสิ่งนี้ หากต้องการทำงานด้วยการสนับสนุนนี้ คุณต้องคอมไพล์เป้าหมาย cloudJar ด้วย gradle: 

./gradlew cloudJar

จากนั้นรัน picard ดังนี้: 

java -jar build/lib/picardcloud.jar < Picard arguments starting from program >

ตัวอย่างเช่น: 

java -jar build/lib/picardcloud.jar CrosscheckFingerprints 
   I=gs://sample1.vcf 
   I=gs://sample2.vcf 
   CROSSCHECK_BY=FILE 
   H=Haplotype_db.txt 
   O=crosscheck.out

หรือคุณสามารถเรียกใช้เครื่องมือผ่าน GATK ซึ่งรวม Jar ของ Google-Cloud ไว้ด้วย และควร "ใช้งานได้"

การอ้างอิง

โปรดอ้างอิงพื้นที่เก็บข้อมูลนี้เมื่อใช้เครื่องมือ Picard สำหรับสิ่งพิมพ์ของคุณ

“ชุดเครื่องมือ Picard” 2019. Broad Institute, พื้นที่เก็บข้อมูล GitHub. https://broadinstitute.github.io/picard/; สถาบันกว้าง 

 @misc{Picard2019toolkit,
  title = {Picard toolkit},
  year = {2019},
  publisher = {Broad Institute},
  journal = {Broad Institute, GitHub repository},
  howpublished = {url{https://broadinstitute.github.io/picard/}}
}

ตัวระบุจากการลงทะเบียนซอฟต์แวร์ได้รับการยอมรับมากขึ้นจากวารสารต่างๆ เช่นใน (biotools:picard_tools) หรือ (RRID:SCR_006525)

Picard กำลังย้ายไปยังการกำหนดเวอร์ชันเชิงความหมาย ในที่สุดเราจะปฏิบัติตามอย่างเคร่งครัดและชนเวอร์ชันหลักของเราเมื่อใดก็ตามที่มีการเปลี่ยนแปลงใน API ของเรา แต่จนกว่าเราจะกำหนดให้ชัดเจนยิ่งขึ้นว่าอะไรคือ API อย่างเป็นทางการของเรา ลูกค้าควรถือว่าทุกเวอร์ชันอาจมีการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยในวิธีการสาธารณะเป็นอย่างน้อย

โปรดดูเอกสาร Picard สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด