RagTag

RagTag

RagTag คือชุดเครื่องมือซอฟต์แวร์สำหรับนั่งร้านและปรับปรุงแอสเซมบลีจีโนมสมัยใหม่ งานประกอบด้วย:

• การแก้ไขการประกอบชิ้นส่วนที่คล้ายคลึงกัน
• โครงนั่งร้านและการปะปะการประกอบที่คล้ายคลึงกัน
• การรวมนั่งร้าน

RagTag ยังมียูทิลิตี้บรรทัดคำสั่งสำหรับการทำงานกับรูปแบบไฟล์แอสเซมบลีจีโนมทั่วไป

เริ่มต้นใช้งาน

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

เอกสาร

โปรดดู Wiki สำหรับเอกสารโดยละเอียด

การพึ่งพาอาศัยกัน

• Minimap2, Unimap หรือ Nucmer
• Python 3 (พร้อมแพ็คเกจที่ติดตั้งอัตโนมัติต่อไปนี้)
  • มากมาย
  • ช่วงต้นไม้
  • พยัม
  • เครือข่ายx

การอ้างอิง

• อลอง, ไมเคิล และคณะ "โครงประกอบอัตโนมัติช่วยยกระดับระบบมะเขือเทศใหม่สำหรับการแก้ไขจีโนมที่มีปริมาณงานสูง" ชีววิทยาจีโนม (2022)
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag แทนที่ RaGOO:

• อลอง, ไมเคิล และคณะ "RaGOO: โครงร่างจีโนมร่างที่มีการอ้างอิงอย่างรวดเร็วและแม่นยำ" ชีววิทยาจีโนม 20.1 (2019): 1-17
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

รับทราบ

การปรับปรุงอัลกอริทึมที่สำคัญหลายประการที่เกี่ยวข้องกับการเปิดตัวครั้งแรกของ RaGOO นั้นจัดทำโดย Aleksey Zimin หัวหน้านักพัฒนาของแอสเซมเบลอร์ MaSuRCA Luca Venturini แนะนำและเริ่มต้นใช้งานการปรับปรุงคุณสมบัติหลายอย่าง เช่น การรวม Pysam RagTag "ผสาน" ได้รับแรงบันดาลใจจาก CAMSA Sergey Aganezov ผู้พัฒนา CAMSA ช่วยตรวจสอบโค้ด RagTag ที่เกี่ยวข้อง RagTag "patch" ได้รับแรงบันดาลใจจาก Graafter ซึ่งเป็นเครื่องมือนั่งร้านที่เขียนโดย Melanie Kirsche Melanie ให้คำแนะนำในการใช้งาน RagTag Michael Schatz ได้ให้คำแนะนำสำหรับทั้งโครงการ