หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

เมอรีล

นี่คือ 'meryl' ซึ่งเป็นการเขียนใหม่เกือบทั้งหมดของ 'meryl' ซึ่งปรากฏในทั้งโปรเจ็กต์ kmer และ Celera Assembler

สำคัญ : รับรหัส meryl ล่าสุดจาก repo นี้ สิ่งนี้เข้ากันไม่ได้กับ meryl dbs เก่าที่สร้างจาก canu 1.8 หรือเก่ากว่า เมอริลใหม่เร็วกว่าเวอร์ชันก่อนหน้าอย่างเห็นได้ชัด

meryl dbs ไม่อยู่ในรูปแบบไฟล์ .mcdat และ .mcidx อีกต่อไป Meryl db ได้รับการออกแบบให้เป็น DIRECTORY ซึ่งมี 64 ไบนารี + 64 ดัชนี (128 ไฟล์)

การพึ่งพาอาศัยกัน

  • gcc 10.2.0 หรือสูงกว่า

การติดตั้ง

  • เวอร์ชันวางจำหน่าย: ดาวน์โหลดเวอร์ชันวางจำหน่ายที่เสถียร

 # ตัวอย่างสำหรับ Linux-amd64wget https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

  • เคล็ดลับการทดลอง (ใช้ git 2.25.1 หรือสูงกว่า):

 โคลนคอมไพล์ https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
make -j 24export PATH=/path/to/meryl/*/bin:$PATH

ประเมินแอสเซมบลีด้วย k-mers และอื่นๆ

ดูเมอร์คิวรี

อ้างถึงเมอริล

เราไม่ต้องการที่จะทนทุกข์ทรมานกับโลกด้วยกระดาษนับ k-mer อีกฉบับหนึ่ง ดังนั้นเราจึงยัดเมอรีลเข้าไปในวิธีแบบเมอร์คิวรี:

Rhie, A., Walenz, BP, Koren, S. และคณะ Merqury: คุณภาพที่ปราศจากการอ้างอิง ความสมบูรณ์ และการประเมินระยะสำหรับการประกอบจีโนม จีโนมไบโอล 21, 245 (2020) https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด