หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

fold_slice

นี่คือโค้ดที่กำหนดเองของ Yi Jiang สำหรับการถ่ายภาพเอ็กซ์เรย์/อิเล็กตรอน และเอกซเรย์/เคลือบลามิเนต

แพคเกจนี้สร้างขึ้นจากโค้ด Matlab ที่พัฒนาโดย Science IT และกลุ่ม X-ray Scattering (CXS) ที่สอดคล้องกันที่ Paul Scherrer Institut ประเทศสวิตเซอร์แลนด์: https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software ปัญหาลิขสิทธิ์และใบอนุญาตควรเป็นไปตามข้อตกลง (ดูด้านล่าง) และ/หรืออ้างอิงถึงเว็บไซต์ของพวกเขา

เริ่มต้นเลย

  1. ตรวจสอบเอกสารอย่างเป็นทางการของแพ็คเกจ PtychoShelves เพื่อดูข้อกำหนด คุณต้องมีกล่องเครื่องมือ Matlab ต่อไปนี้เพื่อใช้คุณสมบัติทั้งหมด: การประมวลผลแบบขนาน, การปรับเส้นโค้ง, การประมวลผลภาพ, การเพิ่มประสิทธิภาพ และการประมวลผลสัญญาณ

  2. สำหรับ ptychography ให้ลองใช้สคริปต์การเตรียมข้อมูลและการสร้างใหม่ใน /fold_slice/ptycho/examples เพื่อทำความคุ้นเคยกับรูปแบบข้อมูลและพารามิเตอร์การสร้างใหม่

ทรัพยากร

  1. foldsliceGPT แบบกำหนดเองที่ทำหน้าที่เป็นผู้ช่วย AI ในการถ่ายภาพเอ็กซ์เรย์และอิเล็กตรอน สามารถช่วยเหลือผู้ใช้ในงานต่างๆ เช่น การออกแบบการทดลองและการเตรียมสคริปต์การสร้างใหม่
  2. fold_slice สามารถใช้ในเวิร์กโฟลว์ที่ใช้ LLM (PEAR) ใหม่ของเรา โปรดติดต่อฉันหากคุณต้องการเป็นผู้ทดสอบอัลฟ่า
  3. ไฟล์ใน /fold_slice/ptycho/notes/ สามารถช่วยให้คุณเข้าใจโครงสร้างโค้ดโดยรวมได้ คำเตือน: บันทึกย่อบางรายการอาจล้าสมัย
  4. ดร. Chia-Hao Lee เขียนบล็อกที่ยอดเยี่ยมซึ่งมีรายละเอียดเกี่ยวกับอัลกอริทึมและโครงสร้างโค้ดของ PtychoShelves
  5. เรามีกลุ่มศึกษารายสัปดาห์เพื่อหารือเกี่ยวกับเทคนิคการถ่ายภาพด้วยคอมพิวเตอร์แบบใหม่ในกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน สามารถดูการบรรยายกวดวิชาบางส่วนได้ที่นี่

ความแตกต่างที่สำคัญจากแพ็คเกจ PtychoShelves

  1. ข้อมูลและแบบแผน I/O การสร้างใหม่บางส่วนมีการเปลี่ยนแปลงเพื่อรองรับ ptychography อิเล็กตรอน ดูสคริปต์ตัวอย่างสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม

  2. อัลกอริธึม ptychography แบบหลายชิ้นที่เป็นไปได้สูงสุดที่แก้ไขแล้วจะถูกเพิ่มเป็นเอ็นจิ้นใหม่: GPU_MS

ขึ้นอยู่กับเอ็นจิ้น GPU (เขียนโดย Michal Odstrcil) พร้อมการปรับปรุง เช่น โหมดโพรบหลายโหมดและการแก้ไขข้อบกพร่อง การใช้รหัสควรมีการอ้างอิงเพิ่มเติม:

Z. Chen, Y. Jiang, Y. Shao, ME Holtz, M. Odstrčil, M. Guizar-Sicairos, I. Hanke, S. Ganschow, DG Schlom, DA Muller, Electron ptychography บรรลุขีดจำกัดความละเอียดอะตอมที่กำหนดโดยการสั่นสะเทือนของตาข่าย . วิทยาศาสตร์ 372 (6544), 826-831.

  1. เราได้พัฒนาเวิร์กโฟลว์การปรับพารามิเตอร์อัตโนมัติสำหรับ ptychography โดยใช้การเพิ่มประสิทธิภาพแบบเบย์ด้วยกระบวนการ Gaussian: https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5 ดูสคริปต์ตัวอย่างสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม

  2. รายการคุณสมบัติใหม่โดยย่อในเอ็นจิ้น GPU และ GPU_MS:

คุณสมบัติ จีพียู GPU_MS
สถานะผสม + ptychography หลายชิ้น
การสร้างใหม่หลายชิ้นแบบไดนามิก
ptychography สแกนเส้นทางตามอำเภอใจขั้นสูง
การสร้างใหม่หลายสแกน
การทำให้ทีวีเป็นมาตรฐานบนเฟสออบเจ็กต์
การกำจัดสิ่งประดิษฐ์กริด
การเลือกพารามิเตอร์อัตโนมัติ
บัญชีสำหรับตัวตรวจจับความเบลอด้วยเคอร์เนลเกาส์เซียน

ซอฟต์แวร์พติโคกราฟีอื่นๆ

หากคุณไม่ได้เป็นเจ้าของ Matlab หรือต้องการสำรวจซอฟต์แวร์ ptychography อื่นๆ นี่คือที่เก็บข้อมูลสาธารณะบางส่วน:

Adorym: https://github.com/mdw771/adorym

Ptycho_gui: https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui

ไพโคดัส: https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus

PtychoNN: https://github.com/mcherukara/PtychoNN

ไทโคปี: https://github.com/kyuepublic/ptychopy

Py4DSTEM: https://github.com/py4dstem/py4DSTEM

PyNX: http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/

ไทค์: https://github.com/tomography/tike

ข้อตกลงใบอนุญาตทางวิชาการ

ซอร์สโค้ด

การแนะนำ

ข้อตกลงใบอนุญาตนี้กำหนดข้อกำหนดและเงื่อนไขภายใต้ PAUL SCHERRER INSTITUT (PSI), CH-5232 Villigen-PSI, สวิตเซอร์แลนด์ (ต่อไปนี้จะเรียกว่า "ผู้อนุญาต") จะให้สิทธิ์แก่คุณ (ต่อไปนี้จะเรียกว่า "ผู้อนุญาต") โดยไม่มีค่าลิขสิทธิ์ และไม่ผูกขาด ใบอนุญาตเพื่อวัตถุประสงค์ทางวิชาการที่ไม่ใช่เชิงพาณิชย์เท่านั้น (ต่อไปนี้จะเรียกว่า "ใบอนุญาต") เพื่อใช้โปรแกรมซอฟต์แวร์คอมพิวเตอร์แพ็คเกจ cSAXS Ptychography MATLAB และเอกสารประกอบที่เกี่ยวข้องที่จัดทำขึ้นในที่นี้ (ต่อไปนี้จะเรียกว่า "โปรแกรม")

ข้อกำหนดและเงื่อนไขของใบอนุญาต

  1. ผู้อนุญาตมอบสิทธิ์อนุญาตแบบไม่มีค่าลิขสิทธิ์และไม่ผูกขาดแก่ผู้อนุญาตเพื่อใช้โปรแกรมเพื่อวัตถุประสงค์ทางวิชาการ ไม่ใช่เชิงพาณิชย์ ตามข้อกำหนดและเงื่อนไขต่อไปนี้ที่กำหนดไว้ และจนกว่าจะมีการยุติใบอนุญาตนี้ตามที่กำหนดไว้ด้านล่าง
  2. ผู้ได้รับอนุญาตรับทราบว่าโปรแกรมเป็นเครื่องมือวิจัยที่ยังอยู่ในขั้นตอนการพัฒนา โปรแกรมจัดทำขึ้นโดยไม่มีบริการ การปรับปรุง หรือการรับประกันใดๆ ที่เกี่ยวข้องจากผู้อนุญาต และมีการลงนามในใบอนุญาตเพื่อให้ผู้อื่นสามารถใช้โปรแกรมในกิจกรรมทางวิชาการของตนได้ เป็นความรับผิดชอบของผู้ได้รับอนุญาตที่จะต้องแน่ใจว่ามีการใช้งานที่เหมาะสมและความถูกต้องของผลลัพธ์
  3. โปรแกรมนี้จัดทำขึ้น "ตามสภาพที่เป็นอยู่" โดยไม่มีการรับประกันใดๆ ทั้งโดยชัดแจ้งหรือโดยนัย ซึ่งรวมถึงแต่ไม่จำกัดเพียงการรับประกันความสามารถในการค้าขาย ความเหมาะสมสำหรับวัตถุประสงค์เฉพาะ และการไม่ละเมิดสิทธิบัตร ลิขสิทธิ์ เครื่องหมายการค้า หรือสิทธิ์อื่นๆ ไม่ว่าในกรณีใดผู้อนุญาต ผู้เขียน หรือผู้ถือลิขสิทธิ์จะไม่รับผิดต่อการเรียกร้องใด ๆ ความเสียหายทางตรง ความเสียหายทางอ้อมหรือที่เป็นผลสืบเนื่อง หรือความรับผิดอื่น ๆ ที่เกิดขึ้นจาก ออกจากหรือเกี่ยวข้องกับโปรแกรมหรือการใช้โปรแกรมหรือข้อตกลงอื่น ๆ ใน โปรแกรม
  4. ผู้ได้รับอนุญาตตกลงว่าจะใช้โปรแกรมและการดัดแปลง การปรับปรุง หรืออนุพันธ์ของโปรแกรมที่ผู้ได้รับอนุญาตอาจสร้างขึ้น (เรียกรวมกันว่า "การปรับปรุง") เพื่อวัตถุประสงค์ทางวิชาการ ไม่ใช่เชิงพาณิชย์เท่านั้น และสำเนาของโปรแกรมหรืออนุพันธ์ของโปรแกรมนั้นจะถูกแจกจ่ายเท่านั้น ภายใต้ใบอนุญาตเดียวกันกับ PROGRAM คำว่า "ทางวิชาการ ไม่ใช่เชิงพาณิชย์" ที่ใช้ในข้อตกลงนี้ หมายถึงการวิจัยทางวิชาการหรือทางวิชาการอื่นๆ ที่ (ก) ไม่ได้ดำเนินการเพื่อหากำไร หรือ (ข) ไม่ได้มีจุดมุ่งหมายเพื่อผลิตงาน บริการ หรือข้อมูลเพื่อใช้ในเชิงพาณิชย์ หรือ (c) ไม่ได้ดำเนินการหรือไม่ได้รับทุนสนับสนุนจากบุคคลหรือนิติบุคคลที่มีส่วนร่วมในการใช้เชิงพาณิชย์ การประยุกต์ใช้ หรือการแสวงหาผลประโยชน์จากงานที่คล้ายกับโปรแกรม
  5. ผู้ได้รับอนุญาตตกลงว่าจะให้การยอมรับต่อไปนี้ในสิ่งพิมพ์ใดๆ ที่เป็นผลจากการใช้โปรแกรมหรือการแปลโค้ดเป็นภาษาคอมพิวเตอร์อื่น: "การประมวลผลข้อมูลดำเนินการโดยใช้แพ็คเกจ cSAXS ptychography MATLAB ที่พัฒนาโดย Science IT และผู้ที่เกี่ยวข้อง กลุ่มการกระเจิงรังสีเอกซ์ (CXS) สถาบัน Paul Scherrer ประเทศสวิตเซอร์แลนด์"

นอกจากนี้ สิ่งพิมพ์ใด ๆ ที่ใช้แพ็คเกจหรือการแปลโค้ดเป็นภาษาคอมพิวเตอร์อื่นควรอ้างอิงถึง

(สำหรับ PtychoShelves) K. Wakonig, H.-C. Stadler, M. Odstrčil, EHR Tsai, A. Diaz, M. Holler, I. Usov, J. Raabe, A. Menzel, M. Guizar-Sicairos, PtychoShelves, กรอบงานระดับสูงอเนกประสงค์สำหรับการวิเคราะห์ประสิทธิภาพสูงของ ptychographic ข้อมูล, J. Appl. คริสตัล. 53(2) (2020). (ดอย: 10.1107/S1600576720001776)

(สำหรับแผนที่ที่แตกต่างกัน) P. Thibault, M. Dierolf, A. Menzel, O. Bunk, C. David, F. Pfeiffer, กล้องจุลทรรศน์การเลี้ยวเบนรังสีเอกซ์แบบสแกนความละเอียดสูง, Science 321, 379-382 (2008) (ดอย: 10.1126/science.1158573)

(เพื่อโอกาสสูงสุด) P. Thibault และ M. Guizar-Sicairos, การปรับแต่งความน่าจะเป็นสูงสุดสำหรับการถ่ายภาพแบบเลี้ยวเบนที่สอดคล้องกัน, New J. Phys 14, 063004 (2012) (ดอย: 10.1088/1367-2630/14/6/063004).

(สำหรับโหมดที่สอดคล้องกันแบบผสม) P. Thibault และ A. Menzel, การสร้างส่วนผสมของรัฐใหม่จากการวัดการเลี้ยวเบน, ธรรมชาติ 494, 68-71 (2013) (ดอย: 10.1038/nature11806)

(และ/หรือสำหรับหลายชิ้น) EHR Tsai, I. Usov, A. Diaz, A. Menzel และ M. Guizar-Sicairos, ภาพรังสีเอกซ์พร้อมระยะชัดลึกที่ขยาย, ตัวเลือก ด่วน 24, 29089-29108 (2016) (ดอย: 10.1364/OE.24.029089)

  1. ยกเว้นการรับทราบที่กล่าวข้างต้น ผู้รับอนุญาตจะต้องไม่ใช้ชื่อโปรแกรมหรือชื่อหรือโลโก้ของผู้อนุญาต หรือการดัดแปลงใด ๆ หรือชื่อของพนักงานหรือห้องปฏิบัติการใด ๆ ในการโฆษณา การส่งเสริมการขายหรือสื่อการขายใด ๆ โดยไม่ต้องเขียนเป็นลายลักษณ์อักษรล่วงหน้า ได้รับความยินยอมจากผู้อนุญาตในแต่ละกรณี
  2. การเป็นเจ้าของสิทธิ์ทั้งหมด รวมถึงลิขสิทธิ์ในโปรแกรมและในเนื้อหาใดๆ ที่เกี่ยวข้องกับการนั้น จะยังคงอยู่กับผู้อนุญาตตลอดเวลา และผู้ได้รับอนุญาตตกลงที่จะสงวนไว้เช่นเดียวกัน ผู้ได้รับอนุญาตตกลงที่จะไม่ใช้ส่วนหนึ่งส่วนใดของโปรแกรมหรือการปรับปรุงใด ๆ ในรูปแบบที่เครื่องสามารถอ่านได้ภายนอกโปรแกรม และจะไม่ทำสำเนาใด ๆ ยกเว้นการใช้งานภายใน โดยไม่ได้รับความยินยอมเป็นลายลักษณ์อักษรล่วงหน้าจากผู้อนุญาต ผู้ได้รับอนุญาตตกลงที่จะวางประกาศเกี่ยวกับลิขสิทธิ์ต่อไปนี้ในสำเนาดังกล่าว: @ สงวนลิขสิทธิ์ PAUL SCHERRER INSTITUT, สวิตเซอร์แลนด์, ห้องปฏิบัติการสำหรับโมเลกุลขนาดใหญ่และการถ่ายภาพทางชีวภาพ, 2017
  3. ใบอนุญาตจะไม่ถูกตีความเพื่อให้สิทธิ์ใด ๆ แก่ผู้รับใบอนุญาตโดยนัยหรืออย่างอื่น ยกเว้นตามที่กำหนดไว้โดยเฉพาะในที่นี้
  4. การปฏิเสธความรับผิด: ผู้ได้รับใบอนุญาตจะต้องรับทราบว่า Phase Focus Limited ของ Sheffield สหราชอาณาจักรมีผลงานสิทธิบัตรระดับสากลและการยื่นคำขอที่รอดำเนินการซึ่งเกี่ยวข้องกับวิชา ptychography และโปรแกรมอาจสามารถใช้งานได้ในสถานการณ์ที่อาจตกอยู่ภายใต้การเรียกร้องของหนึ่งหรือหลายข้อ สิทธิบัตร Phase Focus โดยเฉพาะสิทธิบัตรที่มีหมายเลขคำขอสากล PCT/GB2005/001464 ผู้ให้อนุญาตประกาศอย่างชัดเจนว่าจะไม่ชดใช้ค่าเสียหายให้กับผู้ใช้ซอฟต์แวร์ในกรณีที่ Phase Focus หรือบุคคลที่สามอื่นใดจะเปิดดำเนินการทางกฎหมายกับผู้ได้รับอนุญาตเนื่องจากการใช้โปรแกรม
  5. ข้อตกลงนี้อยู่ภายใต้กฎหมายสำคัญของสวิตเซอร์แลนด์ และข้อพิพาทใดๆ ที่เกิดขึ้นจากข้อตกลงนี้หรือการใช้โปรแกรมจะต้องถูกนำขึ้นศาลแห่งเมืองซูริก ประเทศสวิตเซอร์แลนด์
ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด