หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

SeuratWrappers

SeuratWrappers คือชุดวิธีการและส่วนขยายที่ชุมชนมอบให้สำหรับ Seurat ซึ่งดูแลโดย Satija Lab ที่ NYGC วิธีการเหล่านี้ประกอบด้วยฟังก์ชันการทำงานที่ไม่พบใน Seurat ในปัจจุบัน และสามารถอัปเดตได้บ่อยกว่ามาก

โปรดดูคู่มือการสนับสนุนของเราสำหรับความช่วยเหลือและแนวทางในการพัฒนาและเพิ่มวิธีการใหม่ให้กับ SeuratWrappers

สามารถดูบทความสั้น ๆ ของวิธีการแต่ละวิธีได้ในไดเร็กทอรี docs/ เราขอแนะนำให้ดูไฟล์มาร์กดาวน์มาตรฐาน ( *.md ) เมื่อดูบน GitHub

การติดตั้งสามารถทำได้ผ่านรีโมท 

 remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )

รายการวิธีการ

บรรจุุภัณฑ์ บทความสั้น อ้างอิง แหล่งที่มา
แว่นข้างเดียว 3 การคำนวณวิถีด้วย Monocle 3 และ Seurat Cao และคณะ ธรรมชาติ 2019 https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3
สคเวโล การประมาณความเร็ว RNA โดยใช้ Seurat และ scVelo เบอร์เกน และคณะ bioRxiv 2019 https://scvelo.readthedocs.io
CoGAPS การรัน CoGAPS บนออบเจ็กต์ Seurat Stein-O'Brien และคณะ ระบบเซลล์ 2019 https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html
glmpca การรัน GLM-PCA บนวัตถุ Seurat Townes และคณะ ชีววิทยาจีโนม 2019 https://github.com/willtownes/glmpca
โคนอส การรวมชุดข้อมูลโดยใช้ Conos Barkas และคณะ วิธีธรรมชาติ 2019 https://github.com/hms-dbmi/conos
ไลเกอร์ การรวมวัตถุ Seurat โดยใช้ LIGER เวลช์ และคณะ เซลล์ 2019 https://github.com/MacoskoLab/liger
รวดเร็วMNN ทำงาน fastMNN บนวัตถุ Seurat เทคโนโลยีชีวภาพธรรมชาติ 2561 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html
ความสามัคคี การรวมชุดข้อมูลโดยใช้ Harmony Korsunsky และคณะ bioRxiv 2018 https://github.com/immunogenomics/harmony
อัลรา การใส่ร้ายโดยไม่รักษาศูนย์ด้วย ALRA ลินเดอร์แมน และคณะ bioRxiv 2018 https://github.com/KlugerLab/ALRA
ความเร็ว การประมาณความเร็ว RNA โดยใช้ Seurat ลา มันโน และคณะ ธรรมชาติ 2018 https://velocyto.org
สเคกซ์ การใช้ schex กับ Seurat Freytag แพ็คเกจ R 2019 https://github.com/SaskiaFreytag/schex
อเลวิน การนำเข้า alevin นับเป็น Seurat ศรีวัฒวะ เอต. อัล, ชีววิทยาจีโนม 2019 https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools
เนบูโลซา การแสดงการแสดงออกของยีนด้วยเนบูโลซา Jose Alquicira-Hernandez และ Joseph E. Powell อยู่ระหว่างการพิจารณา https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa
ซีพีอาร์ การใช้ CIPR กับข้อมูล PBMC ของมนุษย์ เอกิซ เอต. อัล, BMC Bioinformatics 2020 https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package
มิคิวซี การรัน miQC บนออบเจ็กต์ Seurat ฮิปเปนเอต. อัล, bioRxiv 2021 https://github.com/greenelab/miQC
รถสามล้อ วิ่งประมาณค่า_รอบ_ตำแหน่งจากรถสามล้อบนวัตถุ Seurat เจิ้งเอต. อัล, bioRxiv 2021 https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html
ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด