emmaa ดาวน์โหลด - ดาวน์โหลด emmaa ซอร์สโค้ด

emmaa

ซอร์สโค้ดอื่น ๆ

1.0.0

ดาวน์โหลด

เอ็มม่า

EMMAA คือระบบนิเวศของโมเดลที่บำรุงรักษาเครื่องจักรพร้อมการวิเคราะห์อัตโนมัติ วิธีหลักที่ผู้ใช้สามารถโต้ตอบกับ EMMAA คือการใช้แดชบอร์ด EMMAA ซึ่งสามารถเข้าถึงได้ที่นี่

เอกสารประกอบ

สำหรับเอกสารโดยละเอียดของ EMMA โปรดไปที่ http://emmaa.readthedocs.io เอกสารประกอบด้วยสามส่วนหลัก:

คำอธิบายแนวความคิดของสถาปัตยกรรมและแนวทาง EMMAA
ข้อมูลเบื้องต้นเกี่ยวกับแดชบอร์ด EMMAA
เอกสารระดับโมดูลของฐานโค้ดของ EMMAA ทั้งหมดเชื่อมโยงโดยตรงกับซอร์สโค้ดบน Github

แนวคิด

แนวคิดหลักเบื้องหลัง EMMAA คือการสร้างชุดรูปแบบการคำนวณที่อัปเดตอยู่เสมอโดยใช้การอ่านเครื่องอัตโนมัติ การรวบรวมความรู้ และการสร้างแบบจำลอง แต่ละโมเดลเริ่มต้นด้วยเครือข่ายแนวคิดที่เกี่ยวข้องก่อนหน้านี้ที่เชื่อมต่อกันผ่านชุดกลไกที่รู้จัก จากนั้นกลไกชุดนี้จะถูกขยายออกไปโดยการอ่านวรรณกรรมหรือแหล่งข้อมูลอื่นๆ ในแต่ละวัน พิจารณาว่าข้อมูลใหม่เกี่ยวข้องกับแบบจำลองที่มีอยู่อย่างไร จากนั้นจึงอัปเดตแบบจำลองด้วยข้อมูลใหม่

โมเดลยังพร้อมใช้งานสำหรับการวิเคราะห์อัตโนมัติ ซึ่งการสืบค้นที่เกี่ยวข้องซึ่งอยู่ในขอบเขตของแต่ละโมเดลสามารถแมปกับขั้นตอนการวิเคราะห์เชิงโครงสร้างและไดนามิกในแบบจำลองได้โดยอัตโนมัติ ซึ่งช่วยให้สามารถรับรู้และรายงานการเปลี่ยนแปลงแบบจำลองที่ส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงที่มีความหมายต่อผลการวิเคราะห์

การใช้งาน

ขอบเขตการใช้งานหลักของ EMMAA คือชีววิทยาระดับโมเลกุลของมะเร็ง อย่างไรก็ตาม สามารถนำไปใช้กับโดเมนอื่นๆ ที่ระบบ INDRA และระบบการอ่านที่บูรณาการกับ INDRA สามารถจัดการได้

การติดตั้ง

ผู้ใช้โต้ตอบกับ EMMAA ผ่านทางแดชบอร์ดเป็นหลัก ซึ่งไม่จำเป็นต้องติดตั้งการขึ้นต่อกัน

หากต้องการตั้งค่าการเข้าถึงคุณลักษณะของ EMMAA ภายในเครื่องโดยทางโปรแกรม ให้ดำเนินการดังนี้

 git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .

EMMAA เวอร์ชัน Dockerized มีให้ที่ https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emmaa ซึ่งสามารถรับเป็น