หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

iCount: การวิเคราะห์ปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนและอาร์เอ็นเอ

iCount คือโมดูล Python และอินเทอร์เฟซบรรทัดคำสั่ง (CLI) ที่เกี่ยวข้อง ซึ่งจัดเตรียมคำสั่งทั้งหมดที่จำเป็นในการประมวลผลข้อมูล iCLIP เกี่ยวกับการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-RNA และสร้าง:

  • ไฟล์ FASTQ แบบแยกส่วนและตัดแต่งอะแดปเตอร์

  • ไฟล์ BAM ที่มี iCLIP ที่แมปอ่าน

  • ระบุไซต์ที่เชื่อมโยงข้ามโปรตีน - RNA บันทึกลงในไฟล์ BED

  • จุดสูงสุดประกอบด้วยไซต์เชื่อมโยงข้ามที่มีนัยสำคัญทางสถิติ บันทึกลงในไฟล์ BED

  • กลุ่มของไซต์เชื่อมโยงข้ามที่สำคัญ บันทึกเป็นไฟล์ BED

  • การจัดกลุ่มการทดลองซ้ำแต่ละรายการ

  • การสร้าง RNAmap แสดงการกระจายตำแหน่งของไซต์ที่เชื่อมโยงข้ามที่สัมพันธ์กับจุดสังเกตของจีโนม

  • การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของ kmer

  • และอื่น ๆ

คุณอาจเริ่มต้นด้วยบทช่วยสอนหรือศึกษาเอกสารประกอบ

ผู้เขียน

iCount ได้รับการพัฒนาและสนับสนุนโดย Tomaž Curk จากห้องปฏิบัติการชีวสารสนเทศศาสตร์ที่มหาวิทยาลัยลูบลิยานา คณะวิทยาการคอมพิวเตอร์และสารสนเทศ และด้วยความร่วมมือกับห้องปฏิบัติการของ Jernej Ule

การพัฒนาเริ่มต้นในปลายปี 2008 เมื่อ Tomaž Curk และ Gregor Rot เขียนต้นแบบแรกของ iCount เกิดขึ้นมากมายตั้งแต่นั้นมา สำหรับรายละเอียดและการรับทราบฉบับเต็ม โปรดดูส่วนวิธีอ้างอิงในเอกสารประกอบ

มีส่วนร่วม

ยินดีต้อนรับการมีส่วนร่วม (คำขอดึง)! กรุณาส่งผลงานของคุณโดยปฏิบัติตามหลักเกณฑ์

การรายงานปัญหา

ใช้หน้าปัญหาเพื่อรายงานปัญหาและขอการปรับปรุง ก่อนส่ง โปรดตรวจสอบรายการปัญหาที่รายงานแล้ว นอกจากนี้ โปรดดูคำถามที่พบบ่อยเพื่อดูว่าปัญหาได้รับการแก้ไขแล้วหรือไม่

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด