Shenzhen_BGIC_0101_2013

เจโนโว

ยินดีต้อนรับสู่โลกเจโนโว เราคือทีมเซินเจิ้น_BGIC_0101_2013 กรุณาไปที่หน้าโครงการเพื่อการดูที่ดีขึ้น -

สิ่งที่เราทำคือ

• นีโอชร

โมดูล Neochr จะช่วยให้ผู้ใช้ดึงยีนที่เกี่ยวข้องในเส้นทางที่แตกต่างกันด้วยตนเอง เพื่อเชื่อมโยงความสัมพันธ์ของยีนใหม่อย่างมีเหตุมีผล* และแทนที่ยีนด้วยออร์โธโลจีที่มีคะแนนสูงกว่า*

• นิวคลีโอมด

NucleoMod เป็นโมดูลสำหรับแก้ไขลำดับ CDS ของยีนที่สร้างโดยโมดูล Neochr โมดูลนี้ประกอบด้วยปลั๊กอิน 5 รายการ: การออกแบบ CRISPR, ลบไซต์เอนไซม์, สร้างไซต์เอนไซม์, การเพิ่มประสิทธิภาพโคดอน, การทุบซ้ำ ปลั๊กอินทั้งหมดนี้อนุญาตให้ผู้ใช้เปลี่ยนหรือปรับแต่งยีนได้ หลังจากการทำงานของ NucleoMod ขั้นตอนต่อไปคือ SegmMan เพื่อออกแบบวิธีการสังเคราะห์ตามความยาวของโครโมโซม

• เซ็กแมน

ชิปสังเคราะห์หรือชิปสังเคราะห์สามารถลำดับ DNA ได้ถึง 3kb ด้วยความแม่นยำสูง แต่โครโมโซมไม่ได้สั้นขนาดนั้น SegmMan สามารถแก้ไขปัญหานี้ได้ โดยแบ่งโครโมโซมออกเป็นชิ้นส่วนขนาด 30,000 ชิ้น หลังจากแยกวิเคราะห์ไซต์เอนไซม์ที่ปล่อยออกมาแล้ว และยังคงแบ่งส่วนออกเป็นชิ้นส่วนขนาด 10,000 และ 2,000 ชิ้นต่อไป ในระดับ 10k และ 2k มันจะเพิ่มบริเวณที่คล้ายคลึงกันของเวกเตอร์และการออกแบบไซต์ของเอนไซม์

-

ติดตั้งไกด์

ซอฟต์แวร์ของเรามีพื้นฐานมาจาก JBrowse ซึ่งเป็นรุ่นต่อไปของ GBrowse หากคุณติดตั้ง JBrowse เพียงดึง git แล้วใช้งาน

ติดตั้ง JBrowse

หากต้องการติดตั้ง JBrowse โปรดดูวิกิหลักของ JBrowse ที่ http://gmod.org/wiki/JBrowse

สำหรับคำอธิบายสั้น ๆ :

• แตกไฟล์ดาวน์โหลดในโฟลเดอร์รูท www (/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)
• ซีดี jbrowse
• ./install.sh # ติดตั้งแพ็คเกจ Perl ทั้งหมดที่จำเป็นด้วย cpan หากทุกอย่างเป็นไปด้วยดีคุณสามารถเปิด http://localhost/jbrowse/index.html?data=sample_data/json/volvox

ข้อกำหนดซอฟต์แวร์

• เพิร์ล5
• php5 (สำหรับ REST api และเซิร์ฟเวอร์แบ็กเอนด์)
• อาปาเช่
• Linux (ทดสอบบน Debian)
• git (สำหรับปลั๊กอินควบคุมเวอร์ชัน)
• Biopython และ UNAFoldt (สำหรับปลั๊กอินชิป)
• Blast+ (สำหรับปลั๊กอิน NucleoMod)
• Chrome, Firefox, and IE10 is recommand

ข้อกำหนดการอนุญาต

คุณต้องเปลี่ยนการอนุญาต apache โดยแก้ไข /etc/apache2/envvars

  export APACHE_RUN_USER=`whoami`
  export APACHE_RUN_GROUP=`whoami` 

และ

  sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
  sudo /etc/init.d/apache2 restart

Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json

Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin

ติดตั้งเจโนโว

คัดลอกปลั๊กอิน/, เซิร์ฟเวอร์/ ไปยัง Jbrowse

ติดตั้งปลั๊กอิน NucleoMod

NucleoMod ขึ้นอยู่กับ Blast+ ดังนั้นหากคุณใช้ระบบที่ใช้ Debian: apt-get install ncbi-blast+

หรือคุณสามารถติดตั้งจาก: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

ติดตั้งปลั๊กอินชิป

ดาวน์โหลดและติดตั้ง UNAFoldt และ Biopython จาก:

• UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php

• ไบโอไพธอน: http://biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html

ติดตั้งปลั๊กอินควบคุมเวอร์ชัน

git is needed

ปลั๊กอินอื่น ๆ สามารถพกพาได้

-

บทช่วยสอนฝั่งเซิร์ฟเวอร์ Genovo

โครงสร้างโฟลเดอร์ :

 ./data/    
   |-NeoChr_5_add          # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
   |---01.whole2mega       # SegmMan plugin  data
   |---02.globalREmarkup   # SegmMan plugin  data
   |---03.mega2chunk2mini  # SegmMan plugin  data
   |---chip_data           # chip design
   |---names               # prefix for search
   |---seq                 # crc32 encode refsequence  name path
   |-----d7f
   |-------417
   |---------f1
   |---tracks             # track display in browser
   |-----gene             # track cluster
   |-------NeoChr         # Genome Name 
   |-----part
   |-------NeoChr
   |-----Transcript
   |-------NeoChr

 ./server/
   |-bin
   |---chip_new           # create new chip data 
   |-----ols-pool-generation-script
   |-------output-oligos-and-primers
   |---GetPrice           # fetch enzyme price
   |---segmentation       # SegmMod plugin 
   |-config               # plugins config data
   |---features            
   |---geneset
   |---globalREmarkup
   |---markers
   |---Optimize
   |-doc                    # document about plugins
   |-lib                    # library used
   |-pathway                # pathway data used 
   |-REST                   # end-side REST implement
   |-------chip
   |-------features
   |-------modify
   |-------Segmentation
   |-------stats
   |---config
   |-rewire

ส่วนที่เหลือ API

 base_url = server/REST/index.php

# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end   
POST base_url/features/delete

# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)

# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav

# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&

# add loxp, centremele, ARS and so on
POST	/modify/Add

#  SegmMod plugin 
POST 	/Segmentation/globalREmarkup
	        /Segmentation/mega2chunk2mini
	        /Segmentation/whole2mega
GET  	/Segmentation/info
	
# Nucleo plugin
POST     /NucleoMod

# chip plugin
POST	/chip/chip

GET 	/stats/config 

# for get downloadable data information
GET /data/info

นอกจากนี้ การใช้งานฝั่งเซิร์ฟเวอร์ของเรายังมีความยืดหยุ่นอีกด้วย ผู้ใช้สามารถกำหนดค่าข้อมูลฝั่งเซิร์ฟเวอร์สำหรับการใช้พลังงาน

-

ความต้องการเหรียญรางวัล

##เหรียญทองแดง

• 1 ลงทะเบียนทีม ขอให้มีช่วงฤดูร้อนที่ยอดเยี่ยม และสนุกกับการเข้าร่วมงานชุมนุม
• 2 สร้างและแบ่งปันคำอธิบายโครงการของทีมผ่านวิกิ iGEM
• ภาพรวมของโครงการ
• 3 นำเสนอโปสเตอร์และพูดคุยที่งาน iGEM Jamboree
• 4 พัฒนาและเผยแพร่ผ่าน The Registry of Software Tools ซึ่งเป็นเครื่องมือซอฟต์แวร์โอเพ่นซอร์สที่รองรับชีววิทยาสังเคราะห์โดยใช้ชิ้นส่วนชีวภาพมาตรฐาน BioBrick
  • ซอฟต์แวร์ของเราใน Github

หมายเหตุ: ซอฟต์แวร์ยักษ์ของเรามุ่งเป้าไปที่การใช้งาน Biobrick ในระดับอุปกรณ์โดยอิงจากชิ้นส่วน DNA ที่สังเคราะห์ขึ้น แต่สำหรับระดับ biobrick โมดูลที่สองยังสามารถช่วยเหลือผู้ใช้ในการออกแบบยีน เช่น การลบ EcorI, XbaI, SpeI, PstI, Not I ใน CDS, การเพิ่มประสิทธิภาพโค้ดดอน และการทำลายซ้ำ

เหรียญเงิน

• 1.A จัดเตรียมข้อกำหนดฉบับร่างโดยละเอียดสำหรับเครื่องมือซอฟต์แวร์เวอร์ชันถัดไปของคุณ

เนื่องจากโครงการของเรามีขนาดใหญ่และสามารถขยายได้อย่างมาก แนวคิดอย่างน้อย 5 ข้อจึงไม่สามารถเกิดขึ้นได้เนื่องจากการจำกัดเวลา

• 1.B จัดเตรียมโครงการซอฟต์แวร์เครื่องมือที่สองที่แตกต่าง (แต่เสริม)

สำหรับโมดูลที่สาม SegmMan เรามีวิธีการออกแบบและการสังเคราะห์เสริม การสังเคราะห์ชิป OLS (ลิงก์) เพื่อให้ Genovo เข้ากันได้กับทั้งซินธิไซเซอร์และชิป

• 2 จัดให้มีการสาธิตซอฟต์แวร์ของพวกเขาทั้งในรูปแบบข้อความหรือวิดีโอการสอนที่มีอยู่บนวิกิของพวกเขา

กวดวิชาข้อความ

เหรียญทอง

• 1 ให้ทีมอื่นใช้ซอฟต์แวร์ที่ทีมของคุณพัฒนาขึ้น คุณต้องแสดงให้เห็นอย่างชัดเจนถึงวิธีการใช้ซอฟต์แวร์ของคุณและผลลัพธ์ที่ได้รับ

• เรามีทีมซอฟต์แวร์ Shenzhen_BGIC_ATCG เพื่อใช้โมดูลที่สองในการออกแบบยีนของพวกเขา

• โปรเจ็กต์ SC2.0 ยังลองใช้โมดูล SegmMan ในการแบ่งเซ็กเมนต์ของ chrVII

• 2 .สรุปและรายละเอียดว่าซอฟต์แวร์ของคุณส่งผลต่อการปฏิบัติของมนุษย์ในชีววิทยาสังเคราะห์อย่างไร

แบ่งปัน:

• เซิร์ฟเวอร์บนเว็บเพื่อให้สาธารณะใช้งานได้
• การประเมินและเปรียบเทียบซอฟต์แวร์กับ Biostudio
• การประชุมเชิงปฏิบัติการระดับภูมิภาค

นวัตกรรม:

• เราสัมภาษณ์ผู้นำหลัก ดร. Patrick Yizhi Cai และพูดคุยเกี่ยวกับการออกแบบและการใช้งานของ Genovo

โฆษณา:

• เราพยายามขายเสื้อทีมของเราให้กับผู้คนจาก BGI

• 2 .B ใช้ SBOL ในเอกสารซอฟต์แวร์ของคุณ

เราใช้ SBOL เป็นหนึ่งในผลลัพธ์ของโมดูลแรกเพื่ออธิบายยีนในวิถีที่สร้างขึ้นใหม่

• 3 .ก. พัฒนาและจัดทำเอกสารมาตรฐานทางเทคนิคใหม่ที่รองรับข้อใดข้อหนึ่งต่อไปนี้:

การออกแบบชิ้นส่วนหรืออุปกรณ์ไบโอบริค :

• มาตรฐานการออกแบบโครโมโซม
• มาตรฐานการดำเนินงานการออกแบบ

การก่อสร้างชิ้นส่วนหรืออุปกรณ์ไบโอบริค :

• มาตรฐานยุทธศาสตร์การประกอบ