pandas plink ดาวน์โหลด - pandas plink ดาวน์โหลดซอร์สโค้ด

pandas plink

ซอร์สโค้ดอื่น ๆ

ดาวน์โหลด

แพนด้า-plink

Pandas-plink เป็นแพ็คเกจ Python สำหรับการอ่านรูปแบบไฟล์ไบนารีของ PLINK และเมทริกซ์ความสัมพันธ์ที่เกิดขึ้นจริง (PLINK หรือ GCTA) การอ่านไฟล์เกิดขึ้นผ่านการโหลดแบบ Lazy Loading ซึ่งหมายความว่าจะช่วยประหยัดหน่วยความจำโดยการอ่านเฉพาะจีโนไทป์ที่ผู้ใช้เข้าถึงได้จริงเท่านั้น

การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญสามารถพบได้ที่ CHANGELOG.md

ติดตั้ง

สามารถติดตั้งได้โดยใช้ pip:

pip install pandas-plink

หรือสามารถติดตั้งผ่าน conda:

conda install -c conda-forge pandas-plink

การใช้งาน

มันง่ายเหมือน

 >> > from pandas_plink import read_plink1_bin
>> > G = read_plink1_bin ( "chr11.bed" , "chr11.bim" , "chr11.fam" , verbose = False )
>> > print ( G )
< xarray . DataArray 'genotype' ( sample : 14 , variant : 779 ) >
dask . array < shape = ( 14 , 779 ), dtype = float64 , chunksize = ( 14 , 779 ) >
Coordinates :
  * sample   ( sample ) object 'B001' 'B002' 'B003' ... 'B012' 'B013' 'B014'
  * variant  ( variant ) object '11_316849996' '11_316874359' ... '11_345698259'
    father   ( sample ) < U1 '0' '0' '0' '0' '0' '0' ... '0' '0' '0' '0' '0' '0'
    fid      ( sample ) < U4 'B001' 'B002' 'B003' 'B004' ... 'B012' 'B013' 'B014'
    gender   ( sample ) < U1 '0' '0' '0' '0' '0' '0' ... '0' '0' '0' '0' '0' '0'
    i        ( sample ) int64 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
    iid      ( sample ) < U4 'B001' 'B002' 'B003' 'B004' ... 'B012' 'B013' 'B014'
    mother   ( sample ) < U1 '0' '0' '0' '0' '0' '0' ... '0' '0' '0' '0' '0' '0'
    trait    ( sample ) < U2 '-9' '-9' '-9' '-9' '-9' ... '-9' '-9' '-9' '-9' '-9'
    a0       ( variant ) < U1 'C' 'G' 'G' 'C' 'C' 'T' ... 'T' 'A' 'C' 'A' 'A' 'T'
    a1       ( variant ) < U1 'T' 'C' 'C' 'T' 'T' 'A' ... 'C' 'G' 'T' 'G' 'C' 'C'
    chrom    ( variant ) < U2 '11' '11' '11' '11' '11' ... '11' '11' '11' '11' '11'
    cm       ( variant ) float64 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 ... 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
    pos      ( variant ) int64 157439 181802 248969 ... 28937375 28961091 29005702
    snp      ( variant ) < U9 '316849996' '316874359' ... '345653648' '345698259'
>> > print ( G . sel ( sample = "B003" , variant = "11_316874359" ). values )
0.0
>> > print ( G . a0 . sel ( variant = "11_316874359" ). values )
G
>> > print ( G . sel ( sample = "B003" , variant = "11_316941526" ). values )
2.0
>> > print ( G . a1 . sel ( variant = "11_316941526" ). values )
C

บางส่วนของจีโนไทป์จะถูกอ่านเมื่อผู้ใช้เข้าถึง

เมทริกซ์ความแปรปรวนร่วมสามารถอ่านได้ง่ายมาก ตัวอย่าง:

 >> > from pandas_plink import read_rel
>> > K = read_rel ( "plink2.rel.bin" )
>> > print ( K )
< xarray . DataArray ( sample_0 : 10 , sample_1 : 10 ) >
array ([[ 0.885782 ,  0.233846 , - 0.186339 , - 0.009789 , - 0.138897 ,  0.287779 ,
         0.269977 , - 0.231279 , - 0.095472 , - 0.213979 ],
       [ 0.233846 ,  1.077493 , - 0.452858 ,  0.192877 , - 0.186027 ,  0.171027 ,
         0.406056 , - 0.013149 , - 0.131477 , - 0.134314 ],
       [ - 0.186339 , - 0.452858 ,  1.183312 , - 0.040948 , - 0.146034 , - 0.204510 ,
        - 0.314808 , - 0.042503 ,  0.296828 , - 0.011661 ],
       [ - 0.009789 ,  0.192877 , - 0.040948 ,  0.895360 , - 0.068605 ,  0.012023 ,
         0.057827 , - 0.192152 , - 0.089094 ,  0.174269 ],
       [ - 0.138897 , - 0.186027 , - 0.146034 , - 0.068605 ,  1.183237 ,  0.085104 ,
        - 0.032974 ,  0.103608 ,  0.215769 ,  0.166648 ],
       [ 0.287779 ,  0.171027 , - 0.204510 ,  0.012023 ,  0.085104 ,  0.956921 ,
         0.065427 , - 0.043752 , - 0.091492 , - 0.227673 ],
       [ 0.269977 ,  0.406056 , - 0.314808 ,  0.057827 , - 0.032974 ,  0.065427 ,
         0.714746 , - 0.101254 , - 0.088171 , - 0.063964 ],
       [ - 0.231279 , - 0.013149 , - 0.042503 , - 0.192152 ,  0.103608 , - 0.043752 ,
        - 0.101254 ,  1.423033 , - 0.298255 , - 0.074334 ],
       [ - 0.095472 , - 0.131477 ,  0.296828 , - 0.089094 ,  0.215769 , - 0.091492 ,
        - 0.088171 , - 0.298255 ,  0.910274 , - 0.024663 ],
       [ - 0.213979 , - 0.134314 , - 0.011661 ,  0.174269 ,  0.166648 , - 0.227673 ,
        - 0.063964 , - 0.074334 , - 0.024663 ,  0.914586 ]])
Coordinates :
  * sample_0  ( sample_0 ) object 'HG00419' 'HG00650' ... 'NA20508' 'NA20753'
  * sample_1  ( sample_1 ) object 'HG00419' 'HG00650' ... 'NA20508' 'NA20753'
    fid       ( sample_1 ) object 'HG00419' 'HG00650' ... 'NA20508' 'NA20753'
    iid       ( sample_1 ) object 'HG00419' 'HG00650' ... 'NA20508' 'NA20753'
>> > print ( K . values )
[[ 0.89  0.23 - 0.19 - 0.01 - 0.14  0.29  0.27 - 0.23 - 0.10 - 0.21 ]
 [ 0.23  1.08 - 0.45  0.19 - 0.19  0.17  0.41 - 0.01 - 0.13 - 0.13 ]
 [ - 0.19 - 0.45  1.18 - 0.04 - 0.15 - 0.20 - 0.31 - 0.04  0.30 - 0.01 ]
 [ - 0.01  0.19 - 0.04  0.90 - 0.07  0.01  0.06 - 0.19 - 0.09  0.17 ]
 [ - 0.14 - 0.19 - 0.15 - 0.07  1.18  0.09 - 0.03  0.10  0.22  0.17 ]
 [ 0.29  0.17 - 0.20  0.01  0.09  0.96  0.07 - 0.04 - 0.09 - 0.23 ]
 [ 0.27  0.41 - 0.31  0.06 - 0.03  0.07  0.71 - 0.10 - 0.09 - 0.06 ]
 [ - 0.23 - 0.01 - 0.04 - 0.19  0.10 - 0.04 - 0.10  1.42 - 0.30 - 0.07 ]
 [ - 0.10 - 0.13  0.30 - 0.09  0.22 - 0.09 - 0.09 - 0.30  0.91 - 0.02 ]
 [ - 0.21 - 0.13 - 0.01  0.17  0.17 - 0.23 - 0.06 - 0.07 - 0.02  0.91 ]]