หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

คัดลอกจีโนไทป์จำนวนจากการจัดลำดับ scRNA

ชุดโมเดลและฟังก์ชัน Pyro เพื่ออนุมาน CNA จากข้อมูล scRNA-seq มาพร้อมกับแพ็คเกจ R ที่ใช้งานร่วมกันซึ่งทำงานเป็นอินเทอร์เฟซและให้ขั้นตอนการประมวลผลล่วงหน้า การจำลอง และการแสดงภาพ เราขอแนะนำให้ใช้แพ็คเกจ R โดยตรง เนื่องจากส่วนใหญ่จะทำหน้าที่เป็นแบ็กเอนด์สำหรับการคำนวณ

ปัจจุบันให้บริการ:

  • แบบจำลองผสมบนส่วนที่จำลอง CNV เป็นตัวแปรสุ่ม LogNormal (MixtureGaussian)

  • แบบจำลองผสมบนเซ็กเมนต์ที่จำลอง CNV เป็นตัวแปรสุ่มแบบหมวดหมู่ (MixtureCategorical)

  • อืมง่าย ๆ ที่ CNV มีหมวดหมู่อีกครั้ง แต่ไม่มีการรวมกลุ่ม (SimpleHmm)

ในการติดตั้ง:

$ pip install congas-old

เพื่อดำเนินการวิเคราะห์อย่างง่ายกับข้อมูลตัวอย่าง

 นำเข้า congas เป็น cnfrom congas.models นำเข้า MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams, loss = cn.run_analysis(data_dict,MixtureGaussian, step=200, lr=0.05)
ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด