RCSB Saguaro 1D Feature Viewer เป็นไลบรารี TypeScript แบบโอเพ่นซอร์สที่ใช้เพื่อแสดงคำอธิบายประกอบโปรตีนและลำดับจีโนมบนเว็บ โครงการนี้ได้รับการพัฒนาและดูแลรักษาที่ RCSB PDB และปัจจุบันใช้เพื่อแสดงคุณลักษณะของโปรตีนบนเว็บไซต์ แพ็คเกจนี้มีการแสดงข้อมูลหลายประเภทและชุดตัวเลือกที่หลากหลายเพื่อปรับแต่งการแสดงภาพคุณสมบัติ
เมื่อใช้ rcsb-saguaro โปรดอ้างอิง:
โจน เซกูรา, ยานา โรส, จอห์น เวสต์บรูค, สตีเฟน เค เบอร์ลีย์, โฮเซ่ เอ็ม ดูอาร์เต้ เครื่องมือและบริการ RCSB Protein Data Bank 1D, ชีวสารสนเทศศาสตร์, 2020; https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1012
npm install @rcsb/rcsb-saguaro
ตัวอย่างการทดสอบต่างๆ มีอยู่ในโฟลเดอร์ src/examples
git clone [email protected]:rcsb/rcsb-saguaro.gitcd rcsb-saguaronpm installnpm run devServerไปที่:
http://localhost:9000/MultipleTracks.htmlhttp://localhost:9000/MultipleAlignment.html
สามารถดูเอกสารคลาสเต็มของ TypeScript ได้ที่นี่
องค์ประกอบเหล่านี้เป็นองค์ประกอบที่สำคัญที่สุดหากคุณสนใจเฉพาะการใช้ RCSB Saguaro เพื่อแสดงภาพคำอธิบายประกอบโปรตีน
คุณสมบัติหลัก การกำหนดค่าออบเจ็กต์บอร์ดแสดงจะกำหนดช่วงพิกัด ความกว้างของแทร็กและชื่อเรื่อง และการแสดงแกน ชุดแอตทริบิวต์ทั้งหมดถูกกำหนดไว้ในอินเทอร์เฟซ RcsbFvBoardConfigInterface
คุณสมบัติการกำหนดค่าเมนบอร์ดคือ:
const boardConfig = {
range : {
min : 20 ,
max : 110
} ,
trackWidth : 940 ,
rowTitleWidth : 260 ,
includeAxis : true
} ; ออบเจ็กต์การกำหนดค่าแถวกำหนดรูปแบบและเนื้อหาของแถวตัวแสดงคุณลักษณะ คุณลักษณะการกำหนดค่าแถวของบอร์ดทั้งชุดถูกกำหนดไว้ใน RcsbFvRowConfigInterface
คุณสมบัติการกำหนดค่าแถวหลักคือ:
const sequence = "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQ" +
"EEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDVPMVLVGNKCDLAA" +
"RTVESRQAQDLARSYGIPYIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIRQHKLRKLNPPDESGPGCMS" const sequenceTrack = {
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "sequence" ,
rowTitle : "SEQUENCE" ,
trackData : [ {
begin : 1 ,
label : sequence
} ]
} const blockTrack = {
trackId : "blockTrack" ,
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "block" ,
displayColor : "#FF0000" ,
rowTitle : "BLOCK" ,
trackData : [ {
begin : 30 ,
end : 60 ,
gaps : [ {
begin : 40 ,
end : 50
} ]
} , {
begin : 80 ,
end : 90 ,
openEnd : true
} ]
} const pfv = new RcsbFv . Create ( {
boardConfigData : boardConfig ,
rowConfigData : [ sequenceTrack , blockTrack ] ,
elementId : "htmlElementId"
} ) ;ดูตัวอย่างเพิ่มเติมทางออนไลน์ได้ที่นี่
คอลเลกชันตัวอย่างทั้งหมดสามารถแก้ไขได้ที่ CODEPEN
นอกจากนี้เรายังมีไลบรารี (rcsb-saguaro-app) เพื่อสร้างมุมมองคุณสมบัติโปรตีน 1D ที่กำหนดค่าไว้ล่วงหน้าของคำอธิบายประกอบ RCSB PDB และ UniProtKB
ยินดีต้อนรับทุกการมีส่วนร่วม กรุณาส่งคำขอดึงหรือเปิดประเด็น
ใบอนุญาตเอ็มไอที
Copyright (c) 2019 - now, RCSB PDB and contributors
อนุญาตให้บุคคลใดก็ตามที่ได้รับสำเนาของซอฟต์แวร์นี้และไฟล์เอกสารที่เกี่ยวข้อง ("ซอฟต์แวร์") อนุญาตโดยไม่เสียค่าใช้จ่าย เพื่อจัดการกับซอฟต์แวร์โดยไม่มีข้อจำกัด รวมถึงแต่ไม่จำกัดเพียงสิทธิ์ในการใช้ คัดลอก ปรับเปลี่ยน ผสาน เผยแพร่ แจกจ่าย ให้อนุญาตช่วง และ/หรือขายสำเนาของซอฟต์แวร์ และอนุญาตให้บุคคลที่ได้รับซอฟต์แวร์นี้สามารถทำได้ ภายใต้เงื่อนไขต่อไปนี้:
ประกาศเกี่ยวกับลิขสิทธิ์ข้างต้นและประกาศการอนุญาตนี้จะรวมอยู่ในสำเนาทั้งหมดหรือส่วนสำคัญของซอฟต์แวร์
ซอฟต์แวร์นี้มีให้ "ตามที่เป็น" โดยไม่มีการรับประกันใดๆ ทั้งโดยชัดแจ้งหรือโดยนัย ซึ่งรวมถึงแต่ไม่จำกัดเพียงการรับประกันความสามารถในการค้าขาย ความเหมาะสมสำหรับวัตถุประสงค์เฉพาะ และการไม่ละเมิด ไม่ว่าในกรณีใดผู้เขียนหรือผู้ถือลิขสิทธิ์จะต้องรับผิดต่อการเรียกร้องค่าเสียหายหรือความรับผิดอื่นใดไม่ว่าในการกระทำของสัญญาการละเมิดหรืออย่างอื่นที่เกิดขึ้นจากหรือเกี่ยวข้องกับซอฟต์แวร์หรือการใช้งานหรือข้อตกลงอื่น ๆ ใน ซอฟต์แวร์.
