taxtree ดาวน์โหลด - ดาวน์โหลด taxtree ซอร์สโค้ด

taxtree

ซอร์สโค้ดอื่น ๆ

1.0.0

ดาวน์โหลด

ต้นภาษี

ภาพรวม

ฐานข้อมูลอนุกรม วิธานคือการจำแนกประเภทและการตั้งชื่อสำหรับสิ่งมีชีวิตทั้งหมดในฐานข้อมูลลำดับสาธารณะ ปัจจุบันคิดเป็นประมาณ 10% ของสิ่งมีชีวิตที่อธิบายไว้บนโลกนี้ ที่อยู่อย่างเป็นทางการสำหรับฐานข้อมูล Taxonomy ของ NCBI คือ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy และที่อยู่การดาวน์โหลดข้อมูลสาธารณะคือ https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/ taxtree ใช้เพื่อสร้างโทโพโลยีสายวิวัฒนาการ aa ของหน่วยอนุกรมวิธาน (taxa) ตามฐานข้อมูลอนุกรมวิธานโดยการประมวลผล Names.dmp และ nodes.dmp และวาดต้นไม้วิวัฒนาการอย่างง่ายตามลำดับชั้นของแท็กซ่า การใช้ฟังก์ชัน taxtree อาศัย tidyverse และ ggtree ปัจจุบัน taxtree อนุญาตให้ใช้แท็กซ่า 768,430 รายการจากฐานข้อมูลอนุกรมวิธานเพื่อสร้างโทโพโลยีของต้นไม้สายวิวัฒนาการ

อันดับ	แท็กซ่าที่สูงขึ้น	ประเภท	สายพันธุ์	แท็กซ่าที่ต่ำกว่า	ทั้งหมด
อาร์เคีย	610	264	878	0	1,752
แบคทีเรีย	5,897	5,005	24,761	952	36,615
ยูคาริโอต	67,028	98,600	515,880	36,640	718,148
เชื้อรา	6,009	7,437	55,840	1,571	70,857
เมตาซัว	48,564	70,320	270,261	18,292	407,437
ไวรัส	2,064	2,587	7,180	65	11,896
แบคทีเรีย	5,897	5,005	24,761	952	36,615
แท็กซ่าทั้งหมด	75,630	106,458	548,685	37,657	768,430

การติดตั้ง

ก่อนการติดตั้ง คุณจะต้องดาวน์โหลดแพ็คเกจการพึ่งพา taxtree ggtree โดย BiocManager

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
if (!require("ggtree"))
  BiocManager::install("ggtree")

ติดตั้ง devtools ซึ่งใช้ในการติดตั้งแพ็คเกจ R จาก GitHub

if (!require("devtools"))
  install.packages("devtools")

เมื่อคุณทำตามขั้นตอนข้างต้นเสร็จแล้ว ให้เริ่มการติดตั้ง

devtools::install_github("nongxinshengxin/taxtree")

การทำงาน

taxtree มีหก หน้าที่หลัก

make_Taxtree() หากคุณมีชื่อแท็กซ่าที่ชัดเจน (ไม่ว่าจะเป็นประเภทสกุล Kingdom Phylum Class Order Family หรือโหนดอนุกรมวิธานอื่น ๆ ) คุณสามารถใช้ฟังก์ชันนี้เพื่อสร้างโทโพโลยีอนุกรมวิธานจากรายการชื่อแท็กซ่าได้
find_Lineage() ด้วยชื่ออนุกรมวิธานที่ชัดเจน จะพบเชื้อสายอนุกรมวิธานทั้งหมดภายใต้อนุกรมวิธานนั้น
name2rank() หากคุณมีชื่อแท็กซ่าที่ชัดเจน (ไม่ว่าจะเป็น Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species หรือโหนดอนุกรมวิธานอื่นๆ) คุณสามารถใช้ฟังก์ชันนี้เพื่อรับชื่ออันดับอนุกรมวิธาน (และแท็กซ่า) ตามชื่อของแท็กซ่า
name2rank_str() หากคุณมีชื่อแท็กซ่าที่ชัดเจน (ไม่ว่าจะเป็น Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species หรือโหนดอนุกรมวิธานอื่นๆ) คุณสามารถใช้ฟังก์ชันนี้เพื่อรับชื่ออันดับอนุกรมวิธาน (และแท็กซ่า) ตามชื่อของแท็กซ่า คุณสามารถป้อนสตริงเดี่ยวหรือเวกเตอร์ที่มีหลายสตริงในฟังก์ชันนี้ได้
plot_taxTree() การวาดแผนผังอนุกรมวิธานอย่างง่ายโดยใช้แพ็คเกจ ggtree
write_taxTree() ฟังก์ชันนี้เขียนต้นไม้ในรูปแบบวงเล็บในไฟล์โดยใช้รูปแบบ Newick โดยยึดตามแพ็คเกจ ape

แอปพลิเคชัน

คำอธิบายประกอบชนิดตาม OTU ช่วยให้สามารถสร้างโทโพโลยีสายวิวัฒนาการตามชื่อของแท็กซ่าที่ได้รับจากคำอธิบายประกอบ โดยใช้ฟังก์ชัน make_Taxtree()
การดำเนินการศึกษาอนุกรมวิธาน อยากรู้เกี่ยวกับญาติสนิทของมนุษย์ภายใต้ลำดับบิชอพไหม? find_Lineage("Primates") เป็นคำสั่งบรรทัดเดียวที่จะให้คำตอบแก่คุณ
Border Phylum Order Family Genus Species การจำแนกประเภทมีความซับซ้อนเกินไป name2rank(), name2rank_str() เพียงระบุชื่อของแท็กซ่า แล้วมันจะบอกคุณถึงอันดับอนุกรมวิธานของมัน
การเชื่อมโยงซุปเปอร์ taxtree ขึ้นอยู่กับฐานข้อมูล Taxonomy และสามารถเชื่อมโยงกับ ซอฟต์แวร์ TaxonKit ได้ นอกจากนี้ Taxtree ยังสร้างคลาสไฟโล S3 ซึ่งมักใช้เพื่อจัดเก็บต้นไม้สายวิวัฒนาการใน R ต้นไม้สามารถตกแต่งในเชิงลึกได้อย่างง่ายดายโดยใช้แพ็คเกจ ggtree ต้นไม้ยังสามารถส่งออกผ่าน write_taxTree() รวมกับ แพ็คเกจ itol.toolkit และตกแต่งด้วย iTOL

อ้างอิง

แฮดลีย์ วิคแฮม. https://github.com/tidyverse/tidyverse

G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam (2017) ggtree: แพ็คเกจ R สำหรับการแสดงภาพและคำอธิบายประกอบของต้นไม้สายวิวัฒนาการพร้อมตัวแปรร่วมและข้อมูลอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง วิธีการทางนิเวศวิทยาและวิวัฒนาการ 8(1):28-36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628