หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

Straw: สตรีมข้อมูลจากไฟล์ .hic อย่างรวดเร็ว

Straw เป็นไลบรารีที่ช่วยให้สามารถสตรีมข้อมูลผู้ติดต่อจากไฟล์ .hic ได้อย่างรวดเร็ว พื้นที่เก็บข้อมูลนี้มีซอร์สโค้ดสำหรับ Straw เวอร์ชัน C++, R, Python และ MATLAB

  • สำหรับเวอร์ชัน Java โปรดดู: https://github.com/aidenlab/java-straw/
  • สำหรับเวอร์ชัน Javascript โปรดดู: https://github.com/igvteam/hic-straw/

Python มีสองเวอร์ชัน - เวอร์ชัน Python ล้วนๆ และเวอร์ชันที่ล้อมโค้ด C++ ด้วย pybind11 เวอร์ชันก่อนหน้านี้เลิกใช้แล้วและหันมาใช้เวอร์ชัน pybind11 ซึ่งเร็วกว่ามาก

  • เพื่อวัตถุประสงค์ในการเก็บถาวร เวอร์ชัน python บริสุทธิ์ได้ถูกย้ายไปที่: https://github.com/aidenlab/pystraw

คุณสามารถดูตัวอย่างสมุดบันทึก Jupyter ของการใช้ฟางได้ที่นี่: https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

ติดตั้งฟางสำหรับหลาม

ใช้ pip install hic-straw หากคุณต้องการสร้างจากซอร์สโค้ด คุณต้องติดตั้ง pybind11 โคลนไลบรารีและ cd ลงในไดเรกทอรี straw/ จากนั้น pip install ./pybind11_python

รวบรวมฟางสำหรับ C ++ 

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

คุณต้องติดตั้ง cURL โปรดดูวิกิสำหรับเอกสารเพิ่มเติม

หากมีคำถาม โปรดใช้ Google Group

งานพัฒนาที่กำลังดำเนินอยู่ดำเนินการโดย Muhammad S. Shamim ผู้มีส่วนร่วมในอดีต ได้แก่ Neva C. Durand และคนอื่นๆ อีกมากมาย

หากคุณใช้เครื่องมือนี้ในการทำงานของคุณโปรดอ้างอิง

เนวา ซี. ดูแรนด์, เจมส์ ที. โรบินสัน, มูฮัมหมัด เอส. ชามิม, อิโด มาฮอล, จิลล์ พี. เมซิรอฟ, เอริก เอส. แลนเดอร์ และเอเรซ ลีเบอร์แมน ไอเดน "Juicebox มีระบบแสดงภาพสำหรับแผนที่ติดต่อ Hi-C พร้อมการซูมแบบไม่จำกัด" ระบบเซลล์ 3(1) 2016

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด