GenAI4Drug
1.0.0
อัปเดต: บทความของเราได้รับการยอมรับสำหรับการบรรยายสรุปทางชีวสารสนเทศศาสตร์แล้ว!
พื้นที่เก็บข้อมูลสำหรับรายงานการสำรวจ "การสำรวจ Generative AI สำหรับการค้นพบยา ใหม่ : ขอบเขตใหม่ในการออกแบบโมเลกุลและโปรตีน"
เซียงหรุถัง 1 *, ฮาวเวิร์ด ได 1 *, อลิซาเบธ ไนท์ 1 *, หยุนหยาง หลี่ 1 , ฟาง หวู่ 2 , เถียนเซียว หลี่ 1 , มาร์ค เกอร์สไตน์ 1
1. มหาวิทยาลัยเยล; 2. มหาวิทยาลัยสแตนฟอร์ด
(*: การบริจาคที่เท่าเทียมกัน)
[**] หมายถึงส่วนภาคผนวก
| ส่วน | ส่วนย่อย | ชุดข้อมูล | เมตริก | โมเดล |
|---|---|---|---|---|
| โมเลกุล | การสร้างเป้าหมายที่ไม่เชื่อเรื่องพระเจ้า | ชุดข้อมูล | เมตริก | โมเดล |
| โมเลกุล | การสร้างการรับรู้ตามเป้าหมาย | ชุดข้อมูล | เมตริก | โมเดล |
| โมเลกุล | การสร้างโครงสร้าง** | ชุดข้อมูล | เมตริก | โมเดล |
| โปรตีน | การเรียนรู้การเป็นตัวแทน** | ชุดข้อมูล | โมเดล | |
| โปรตีน | การทำนายโครงสร้าง | ชุดข้อมูล | เมตริก | โมเดล |
| โปรตีน | การสร้างลำดับ | ชุดข้อมูล | เมตริก | โมเดล |
| โปรตีน | การออกแบบกระดูกสันหลัง | ชุดข้อมูล | เมตริก | โมเดล |
| แอนติบอดี | การเรียนรู้การเป็นตัวแทน** | ชุดข้อมูล | โมเดล | |
| แอนติบอดี | การทำนายโครงสร้าง** | ชุดข้อมูล | เมตริก | โมเดล |
| แอนติบอดี | การสร้าง CDR** | ชุดข้อมูล | เมตริก | โมเดล |
| เปปไทด์ | เบ็ดเตล็ด งาน** | โมเดล |
@article{tang2024survey,
title={A survey of generative ai for de novo drug design: new frontiers in molecule and protein generation},
author={Tang, Xiangru and Dai, Howard and Knight, Elizabeth and Wu, Fang and Li, Yunyang and Li, Tianxiao and Gerstein, Mark},
journal={Briefings in Bioinformatics},
volume={25},
number={4},
year={2024},
publisher={Oxford Academic}
}
ภาพรวมของหัวข้อที่กล่าวถึงในรายงานของเรา ส่วนที่เน้นด้วยสีน้ำเงินสามารถพบได้ในข้อความหลัก ในขณะที่ส่วนที่สีม่วงเป็นส่วนขยายที่พบในภาคผนวก
โครงสร้างเคมีควอนตัมและคุณสมบัติของโมเลกุล 134 กิโล (QM9)
รากุนาธาน รามากฤษนัน, พาฟโล โอ. ดรัล, แมทเธียส รุปป์, โอ. อนาโทล ฟอน ลิเลียนเฟลด์
ข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ (2014)
GEOM โครงสร้างโมเลกุลที่มีคำอธิบายประกอบด้านพลังงานสำหรับการทำนายคุณสมบัติและการสร้างโมเลกุล (GEOM)
ไซมอน แอ็กเซลร็อด, ราฟาเอล โกเมซ-บอมบาเรลลี
ข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ (2022)
การออกแบบทางเคมีอัตโนมัติโดยใช้การแสดงโมเลกุลอย่างต่อเนื่องที่ขับเคลื่อนด้วยข้อมูล (CVAE)
ราฟาเอล โกเมซ-บอมบาเรลลี, เจนนิเฟอร์ เอ็น. เว่ย, เดวิด ดูเวเนาด์, โฮเซมิเกล เอร์นันเดซ-โลบาโต, เบนจามินซานเชซ-เลงเงอลิง, เดนนิส ชีเบอร์ลา, ฮอร์เก้ อากีเลรา-อิปาร์รากีร์เร, ทิโมธี ดี. เฮอร์เซล, ไรอัน พี. อดัมส์ และอลัน แอสปูรู-กูซิก
ACS วิทยาศาสตร์กลาง (2018)
ตัวเข้ารหัสอัตโนมัติแบบแปรผันไวยากรณ์ (GVAE)
แมตต์ เจ. คุสเนอร์, บรูคส์ เพจ, โฮเซ่ มิเกล เอร์นันเดซ-โลบาโต
ไอซีเอ็มแอล 2017
ตัวเข้ารหัสอัตโนมัติแบบแปรผันที่กำกับด้วยไวยากรณ์สำหรับข้อมูลที่มีโครงสร้าง (SD-VAE)
ฮันจุน ไต, หยิงเทา เทียน, ป๋อ ได, สตีเว่น สกีน่า, เลอ ซอง
ไอซีแอลอาร์ 2018
ตัวเข้ารหัสอัตโนมัติแบบผันแปรของ Tree Junction สำหรับการสร้างกราฟโมเลกุล (JT-VAE)
เวงกง จิน, เรจิน่า บาร์ซิเลย์, ทอมมี จาคโกลา
ไอซีเอ็มแอล 2018
E (n) กระแสการทำให้เป็นมาตรฐานที่เทียบเท่ากัน (E-NF)
วิคเตอร์ การ์เซีย ซาโตราส, เอมิล ฮูเกบูม, ฟาเบียน ฟุคส์, อิงมาร์ พอสเนอร์, แม็กซ์ เวลลิง
ประสาทไอพีเอส 2021
การสร้างจุด 3 มิติที่ปรับให้สมมาตรสำหรับการค้นพบโมเลกุลตามเป้าหมาย (G-SchNet)
นิคลาส เกเบาเออร์, ไมเคิล กัสเทกเกอร์, คริสตอฟ ชุตต์
นิวรอยส์ 2019
การแพร่กระจายที่เท่าเทียมกันสำหรับการสร้างโมเลกุลในรูปแบบ 3 มิติ (EDM)
เอมิเอล ฮูเกบูม, วิคตอร์ การ์เซีย ซาโตราส, เคลมองต์ วีญัค, แม็กซ์ เวลลิง
ไอซีเอ็มแอล 2022
การแพร่กระจายทางเรขาคณิตที่สมบูรณ์สำหรับการสร้างและการเพิ่มประสิทธิภาพโมเลกุล 3 มิติ (GCDM)
อเล็กซ์ มอร์เฮด, เจียนลิน เฉิง
arXiv:2302.04313 (2023)
MDM: แบบจำลองการแพร่กระจายระดับโมเลกุลสำหรับการสร้างโมเลกุล 3 มิติ (MDM)
เล่ย ฮวง, เหิงทง จาง, ติงหยาง ซู, คาชุน หว่อง
AAAI2023
แบบจำลองการแพร่กระจายแฝงเชิงเรขาคณิตสำหรับการสร้างโมเลกุล 3 มิติ (GeoLDM)
มินไค ซู, อเล็กซานเดอร์ เอส พาวเวอร์, รอน โอ. ดรอร์, สเตฟาโน เออร์มอน, จูเร เลสโคเวค
ไอซีเอ็มแอล 2023
การเรียนรู้แบบจำลองการแพร่กระจาย 2D และ 3D ร่วมกันสำหรับการสร้างโมเลกุลโดยสมบูรณ์ (JODO)
ฮั่นฮวง, เล่ยเล่ยซุน, โบเวนตู้, เว่ยเฟิงเลเวล
arXiv:2305.12347 (2023)
MiDi: กราฟแบบผสมและการแพร่กระจายแบบ Denoising 3 มิติสำหรับการสร้างโมเลกุล (MiDi)
เคลมองต์ วีญัค, นากัม ออสมัน, ลอร่า โทนี่, ปาสคาล ฟรอสซาร์ด
arXiv:2302.09048 (2023)
โครงข่ายประสาทเทียมแบบ Convolutional สามมิติและชุดข้อมูลแบบ Cross-Docked สำหรับการออกแบบยาตามโครงสร้าง (CrossDocked2020)
พอล จี. ฟรังเกอร์, โทโมฮิเดะ มาซูดะ, โจเซลีน ซันเซรี, แอนดรูว์ เจีย, ริชาร์ด บี. อิโอวานิสซี, เอียน สไนเดอร์, เดวิด อาร์. โคเอส
เอซีเอส เจซีไอเอ็ม 2020
ZINC20—ฐานข้อมูลเคมีขนาดใหญ่พิเศษฟรีสำหรับการค้นพบลิแกนด์ (ZINC20)
จอห์น เจ. เออร์วิน, คานห์ จี. ถัง, เจนนิเฟอร์ ยัง, ชินโซริก แดนดาร์ชูลูน, เบนจามิน อาร์. หว่อง, มันคซุล คูเรลบาตาร์, ยูริ เอส. โมรอซ, จอห์น เมย์ฟิลด์, โรเจอร์ เอ. เซย์ล
เอซีเอส เจซีไอเอ็ม 2020
Binding MOAD (แม่ของฐานข้อมูลทั้งหมด) (Binding MOAD)
Liegi Hu, มาร์ค แอล. เบนสัน, ริชาร์ด ดี. สมิธ, ไมเคิล จี. เลิร์นเนอร์, เฮเทอร์ เอ. คาร์ลสัน
โปรตีน 2548
AutoDock Vina: ปรับปรุงความเร็วและความแม่นยำของการเชื่อมต่อด้วยฟังก์ชันการให้คะแนนใหม่ การเพิ่มประสิทธิภาพที่มีประสิทธิภาพ และมัลติเธรด (Vina AutoDock)
โอเล็ก ทรอตต์, อาเธอร์ เจ. โอลสัน
เจซีซี 2010
การหาปริมาณความงามทางเคมีของยา (QED) G Richard Bickerton, Gaia V Paolini, Jérémy Besnard, Sorel Muresan, Andrew L Hopkins
เคมีธรรมชาติ (2012)
การประมาณคะแนนความสามารถในการเข้าถึงสังเคราะห์ของโมเลกุลคล้ายยาโดยพิจารณาจากความซับซ้อนของโมเลกุลและการมีส่วนร่วมของชิ้นส่วน (SAScore)
Peter Ertl, Ansgar Schuffenhauer Journal of Cheminformatics 2009
DrugGPT: กลยุทธ์ที่ใช้ GPT สำหรับการออกแบบลิแกนด์ที่มีศักยภาพซึ่งกำหนดเป้าหมายโปรตีนเฉพาะ (DrugGPT)
หลี่เยว่เซิน, เฉิงอี้ เกา, ซิน ซ่ง, เซียงหยู หวาง, หยุนกัง ซู, ซูเซีย ฮัน
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
การสร้างโครงสร้างโมเลกุล 3 มิติแบบมีเงื่อนไขบนไซต์ที่มีผลผูกพันตัวรับด้วยโมเดล Deep Generative (LiGAN)
โทโมฮิเดะ มาสุดะ, แมทธิว ราโกซ่า, เดวิด ไรอัน โคเอส
arXiv:2010.14442 (2020)
Pocket2Mol: การสุ่มตัวอย่างระดับโมเลกุลที่มีประสิทธิภาพโดยอิงจากพ็อกเก็ตโปรตีน 3 มิติ (Pocket2Mol)
ซินกังเผิง, ชิถง หลัว, เจียฉี กวน, ฉี เสีย, เจียน เผิง, เจียนจู หม่า
ไอซีเอ็มแอล 2022
แบบจำลองกำเนิด 3 มิติสำหรับการออกแบบยาตามโครงสร้าง
ซื่อถง หลัว, เจียฉี กวน, เจียนจู หม่า, เจียน เผิง
ประสาทไอพีเอส 2021
การแพร่กระจายเทียบเท่า 3 มิติสำหรับการสร้างโมเลกุลที่รับรู้เป้าหมายและการทำนายความสัมพันธ์ (TargetDiff)
เจียฉี กวน, เวสลีย์ เว่ย เฉียน, ซิงกัง เผิง, หยูเฟิง ซู, เจียน เผิง, เจียนจู หม่า
ไอซีแอลอาร์ 2023
การออกแบบยาตามโครงสร้างพร้อมแบบจำลองการแพร่กระจายที่เท่าเทียมกัน (DiffSBDD)
อาร์เน่ ชนอยิง, หยวนชี่ ตู้, ชาร์ลส์ แฮร์ริส, อาเรียน จามาสบ์, อิเลีย อิกาชอฟ, เหว่ยเทา ดู, ทอม บลันเดลล์, ปิเอโตร ลิโอ, คาร์ลา โกเมส, แม็กซ์ เวลลิง, ไมเคิล บรอนสไตน์, บรูโน คอร์เรอา
arXiv:2210.13695 (2022)
GEOM โครงสร้างโมเลกุลที่มีคำอธิบายประกอบด้านพลังงานสำหรับการทำนายคุณสมบัติและการสร้างโมเลกุล (GEOM)
ไซมอน แอ็กเซลร็อด, ราฟาเอล โกเมซ-บอมบาเรลลี
ข้อมูลทางวิทยาศาสตร์ปี 2022
SchNet: เครือข่ายประสาทเทียมแบบกรองต่อเนื่องสำหรับการสร้างแบบจำลองการโต้ตอบควอนตัม (ISO17)
คริสตอฟ ชึตต์, ปีเตอร์-แจน คินเดอร์แมนส์, ฮูเซียล เอนอค ซอสดา เฟลิกซ์, สเตฟาน ชมีเอลา, อเล็กซานเดร ทีคัทเชนโก้, เคลาส์-โรเบิร์ต มุลเลอร์
NeuroIPS 2017
การทำนายเรขาคณิตโมเลกุลโดยใช้โครงข่ายประสาทเทียมกราฟเชิงลึก (CVGAE)
เอลมาน มานซิมอฟ, โอมาร์ มาห์มูด, ซอกโฮ คัง, คยองฮยอน โช
รายงานทางวิทยาศาสตร์ปี 2019
แบบจำลองกำเนิดสำหรับเรขาคณิตระยะโมเลกุล (GraphDG)
เกรเกอร์ เอ็นซี ซิมม์, โฮเซ่ มิเกล เฮอร์นันเดซ-โลบาโต
ไอซีเอ็มแอล 2020
การเรียนรู้พลวัตของระบบประสาทสำหรับการสร้างโครงสร้างโมเลกุล (CGCF)
มินไค ซู, ชิถง หลัว, โยชัว เบนจิโอ, เจียนเผิง, เจียนถัง
ไอซีแอลอาร์ 2021
GeoMol: การสร้างเรขาคณิตเชิงบิดของชุดโมเลกุล 3D Conformer (GeoMol)
ออคตาเวียน กาเนีย, ลักนาจิต พัฒนิก, คอนเนอร์ โคลีย์, เรจิน่า บาร์ซิเลย์, คลาฟส์ เจนเซ่น, วิลเลียม กรีน, ทอมมี่ จาคโคลา
ประสาทไอพีเอส 2021
การเรียนรู้ทุ่งไล่ระดับสำหรับการสร้างโครงสร้างโมเลกุล (ConfGF)
เฉิน ชิ, ชิถง หลัว, มินไค ซู, เจียน ถัง
ไอซีเอ็มแอล 2021
การทำนายโครงสร้างโมเลกุลผ่านการจับคู่คะแนนกราฟไดนามิก (DGSM)
ชิถง ลั่ว, เฉินซือ, มินไค ซู, เจียน ถัง
ประสาทไอพีเอส 2021
GeoDiff: แบบจำลองการแพร่กระจายทางเรขาคณิตสำหรับการสร้างโครงสร้างโมเลกุล (GeoDiff)
ซูหมิงไค, ลันเตา หยู่, หยางซ่ง, เฉินซือ, สเตฟาโนเออร์มอน, เจียนถัง
ไอซีแอลอาร์ 2022
UniProt: ฐานความรู้โปรตีนสากล (UniProt)
รอล์ฟ แอปไวเลอร์, อามอส ไบโรช, แคธี่ เอช. วู, วิโนนา ซี. บาร์เกอร์, บริจิตต์ บอคแมนน์, เซเรเนลลา เฟอร์โร, เอลิซาเบธ กัสตีเกอร์, หงจ้าน ฮวง, โรดริโก โลเปซ, มิเคเล่ มากราน, มาเรีย เจ. มาร์ติน, ดาร์เรน เอ. นาตาเล่, แคลร์ โอโดโนแวน, นิโคล เรดาสชี, ไล-ซู แอล. เย่
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2547
OntoProtein: การเตรียมโปรตีนด้วยการฝัง Ontology ของยีน (ProteinKG)
หนิงหยู จาง, เจิ้น ปี้, เสี่ยวจวน เหลียง, ซือหยวน เฉิง, เฮาเซิน หง, ชูหมิน เติ้ง, เจียจาง เหลียน, เฉียง จาง, ฮวาจุน เฉิน
ไอซีแอลอาร์ 2022
ธนาคารข้อมูลโปรตีน (PDB)
เฮเลน เอ็ม. เบอร์แมน, จอห์น เวสต์บรูค, ซูคัง เฟิง, แกรี่ กิลลิแลนด์, TN Bhat, เฮลเก ไวสซิก, อิลยา เอ็น. ชินยาลอฟ, ฟิลิป อี. บอร์น
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2543
ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีน AlphaFold: ขยายความครอบคลุมโครงสร้างของพื้นที่ลำดับโปรตีนอย่างมหาศาลด้วยแบบจำลองที่มีความแม่นยำสูง (AlphaFoldDB)
มิฮาลี วาราดี, สตีเฟน อันยันโก, มันดาร์ เดชปันเด, สรีนาธ แนร์, ซินดี้ นาทาสเซีย, กาลาบีน่า ยอร์ดาโนวา, เดวิด หยวน, โออาน่า สโตร, เจมม่า วูด, อกาตา เลย์ดอน, ออกัสติน ชิเดค, ทิม กรีน, แคทรีน ทุนยาสุวรรณกุล, สติก ปีเตอร์เซ่น, จอห์น จัมเปอร์, เอลเลน แคลนซี, ริชาร์ด กรีน อังคูร์ โวรา, มิรา ลุตฟี, ไมเคิล ฟิกูร์นอฟ, แอนดรูว์ โควี, นิโคล ฮอบส์, พุชมีต โคห์ลี, เจอราร์ด เคลย์เว็กต์, ยวน เบอร์นีย์, เดมิส ฮาสซาบิส, ซาเมียร์ เวลันการ์
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2022
Pfam: ฐานข้อมูลตระกูลโปรตีนในปี 2564 (Pfam)
ไจนา มิสทรี, ซารา ชูกูรันสกี, โลว์รี วิลเลียมส์, แมทลูบ กูเรชิ, กุสตาโว อา ซาลาซาร์, เอริค แอล.แอล. ซอนน์แฮมเมอร์, ซิลวิโอ ซีอี โทซัตโต, ลิซานนา ปาลาดิน, ชริยา ราช, ลอร์นา เจ ริชาร์ดสัน, โรเบิร์ต ดี ฟินน์, อเล็กซ์ เบตแมน
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2564
วิศวกรรมโปรตีนเชิงเหตุผลแบบครบวงจรพร้อมการเรียนรู้การนำเสนอเชิงลึกตามลำดับ (UniRep)
อีธาน ซี. อัลลีย์, กริกอรี คิมุลยา, ซูโรจิต บิสวาส, โมฮัมเหม็ด อัลกุไรชี, โบสถ์จอร์จ เอ็ม.
วิธีธรรมชาติ 2562
Prottrans: สู่ความเข้าใจภาษาแห่งชีวิตผ่านการเรียนรู้ด้วยตนเอง (ProtBERT)
อาห์เหม็ด เอลนักการ์, ไมเคิล ไฮซิงเกอร์, คริสเตียน ดัลลาโก, กาเลีย เรฮาวี, หยู หวัง, ลิออน โจนส์, ทอม กิบส์, ทามาส เฟเฮอร์, คริสตอฟ แองเจเรอร์, มาร์ติน สไตเนกเกอร์, เดบซินธุ โบวมิก และเบิร์กฮาร์ด รอสต์
IEEE PAMI 2021
โครงสร้างและหน้าที่ทางชีวภาพเกิดขึ้นจากการปรับขนาดการเรียนรู้แบบไม่มีผู้ดูแลเป็น 250 ล้านลำดับโปรตีน (ESM-1b)
อเล็กซานเดอร์ ริฟส์, โจชัว ไมเออร์, ทอม เซอร์คู, สิทธัตถ์ โกยาล, เซหมิง ลิน, เจสัน หลิว, เดมี กัว, ไมล์ ออตต์, ซี. ลอว์เรนซ์ ซิตนิค, เจอร์รี่ มา, ร็อบ เฟอร์กัส
พนส.2564
หม้อแปลง MSA (หม้อแปลง MSA)
โรชาน เอ็ม เรา, เจสัน หลิว, โรเบิร์ต เวอร์คูอิล, โจชัว ไมเออร์, จอห์น แคนนี่, ปีเตอร์ แอบบีล, ทอม เซอร์คู, อเล็กซานเดอร์ ริฟส์
ไอซีเอ็มแอล 2021
การเสริมลำดับที่ดึงมาเพื่อการเรียนรู้การเป็นตัวแทนโปรตีน (RSA)
ฉาง หม่า, ไห่เถิง จ้าว, หลิน เจิ้ง, เจียอี้ ซิน, ฉินถง ลี, ลี่จุน อู๋, จือหงเติ้ง, หยาง หลู่, ชีหลิว, หลิงเผิงคง
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
OntoProtein: การเตรียมโปรตีนด้วยการฝัง Ontology ของยีน (OntoProtein)
หนิงหยู จาง, เจิ้น ปี้, เสี่ยวจวน เหลียง, ซือหยวน เฉิง, เฮาเซิน หง, ชูหมิน เติ้ง, เจียจาง เหลียน, เฉียง จาง, ฮวาจุน เฉิน
ไอซีแอลอาร์ 2022
การเรียนรู้การเป็นตัวแทนโปรตีนผ่านการสร้างแบบจำลองโครงสร้างหลักเสริมความรู้ (KeAP)
โจวหงหยู่, หยุนเซียงฟู่, จางเฉิงเฉิง, เฉิงเปี้ยน, อี้โจวหยู
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
การรวมตัวกันจากภายในและภายนอกและการรวมกลุ่มเพื่อการเรียนรู้เกี่ยวกับโครงสร้างโปรตีน 3 มิติ (IEConv)
เปโดร เอร์โมซิยา, มาร์โก เชเฟอร์, มาเตจ แลง, กลอเรีย แฟคเคลมันน์, เปเร เปา วาซเกซ, บาร์โบรา คอซลิโควา, ไมเคิล โครน, โทเบียส ริตเชล, ติโม โรปินสกี้
ไอซีแอลอาร์ 2021
การทำนายฟังก์ชันโปรตีนตามโครงสร้างโดยใช้เครือข่ายกราฟ Convolutional (DeepFRI)
วลาดิเมียร์ กลิโกริเยวิช, พี. ดักลาส เรนฟรูว์, โทมัสซ์ คอสซิโอเล็ก, จูเลีย โคห์เลอร์ เลมัน, แดเนียล เบเรนเบิร์ก, ทอมมี วาตาเนน, คริส แชนด์เลอร์, บริน ซี. เทย์เลอร์, เอียน เอ็ม. ฟิสก์, เฮรา วลามาคิส, แรมนิค เจ. ซาเวียร์, ร็อบ ไนท์, คยองฮยอน โช, ริชาร์ด บอนโน
การสื่อสารธรรมชาติ 2021
การเรียนรู้การเป็นตัวแทนโปรตีนโดยการเตรียมโครงสร้างทางเรขาคณิต (GearNET)
ซูไป่ จาง, หมิงห่าว ซู, อาเรียน จามาสบ์, วิจิล เฉินทามารักชาน, ออเรลี โลซาโน, ปาเยล ดาส, เจียน ถัง
arXiv:2203.06125 (2022)
ธนาคารข้อมูลโปรตีน (PDB)
เฮเลน เอ็ม. เบอร์แมน, จอห์น เวสต์บรูค, ซูคัง เฟิง, แกรี่ กิลลิแลนด์, TN Bhat, เฮลเก ไวสซิก, อิลยา เอ็น. ชินยาลอฟ, ฟิลิป อี. บอร์น
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2543
การประเมินที่สำคัญของวิธีการทำนายโครงสร้างโปรตีน (CASP)—รอบที่ 14 (CASP14)
อังเดร คริสทาโฟวิช, ทอร์สเตน ชเวเด, มายา ท็อปฟ์, คริสตอฟ ฟิเดลิส, จอห์น โมลท์
โปรตีน 2021
การประเมินแบบจำลองอัตโนมัติแบบต่อเนื่อง (CAMEO) ที่ช่วยเสริมการประเมินที่สำคัญของการทำนายโครงสร้างใน CASP12 (CAMEO)
เจอร์เก้น ฮาส, อเลสซานโดร บาร์บาโต, ดาริโอ เบริงเกอร์, กาเบรียล สตูเดอร์, สตีเวน ร็อธ, มาร์ติโน แบร์โตนี่, คาเลด มอสตากีร์, ราฟาล กูเมียนนี่, ทอร์สเตน ชเวเด้
โปรตีน 2017
LGA: วิธีการค้นหาความคล้ายคลึงกัน 3 มิติในโครงสร้างโปรตีน (GDT-TS)
อดัม เซมลา
กรดนิวคลีอิก 2546
ฟังก์ชันการให้คะแนนสำหรับการประเมินคุณภาพเทมเพลตโครงสร้างโปรตีนโดยอัตโนมัติ (คะแนน TM)
หยาง จาง, เจฟฟรีย์ สโคลนิค
โปรตีน 2547
lDDT: คะแนนที่ไม่มีการซ้อนทับในพื้นที่สำหรับการเปรียบเทียบโครงสร้างโปรตีนและแบบจำลองโดยใช้การทดสอบความแตกต่างของระยะทาง (lDDT)
บาเลริโอ มาริอานี, มาร์โก เบียซินี่, อเลสซานโดร บาร์บาโต, ทอร์สเตน ชเวเด
ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2556
การทำนายโครงสร้างโปรตีนที่แม่นยำสูงด้วย AlphaFold (AlphaFold)
จอห์น จัมเปอร์, ริชาร์ด อีแวนส์, อเล็กซานเดอร์ พริทเซล, ทิม กรีน, ไมเคิล ฟิเกอร์นอฟ, โอลาฟ รอนเนเบอร์เกอร์, แคทรีน ทุนยาสุวรรณกุล, รัส เบตส์, ออกัสติน ชิเดก, แอนนา โปทาเพนโก, อเล็กซ์ บริดจ์แลนด์, เคลเมนส์ เมเยอร์, ไซมอน เอเอ โคห์ล, แอนดรูว์ เจ. บัลลาร์ด, แอนดรูว์ โควี, เบอร์นาร์ดิโน โรเมรา -ปาเรเดส, สตานิสลาฟ นิโคลอฟ, ริชุบ เจน, โจนาส แอดเลอร์, เทรเวอร์ แบ็ค, สติก ปีเตอร์เซ่น, เดวิด ไรแมน, เอลเลน แคลนซี, มิคัล ซีลินสกี้, มาร์ติน สไตเนกเกอร์, มิชาลินา ปาโชลสกา, ทามาส เบิร์กแฮมเมอร์, เซบาสเตียน โบเดนสไตน์, เดวิด ซิลเวอร์, โอริโอล วินยาลส์, แอนดรูว์ ดับเบิลยู. ซีเนียร์, โคเรย์ คาวูคคูโอกลู, พุชมีต โคห์ลี, เดมิส ฮัสซาบิส
ธรรมชาติ 2021)
เซิร์ฟเวอร์ trRosetta สำหรับการทำนายโครงสร้างโปรตีนที่รวดเร็วและแม่นยำ (trRosetta)
Zongyang Du, Hong Su, Wenkai Wang, Lisha Ye, Hong Wei, Zhenling Peng, Ivan Anishchenko, David Baker, Jianyi Yang โปรโตคอลธรรมชาติ 2021
การทำนายโครงสร้างโปรตีนและการโต้ตอบที่แม่นยำโดยใช้โครงข่ายประสาทเทียมสามแทร็ก (RoseTTAFold)
มินคยอง แบก, แฟรงก์ ดิไมโอ, อีวาน อนิชเชนโก, จัทาส เดาปารัส, เซอร์เกย์ โอฟชินนิคอฟ, กยู รี ลี, เจือ หวาง, เฉียน คอง, ลิซา เอ็น. คินช์, อาร์. ดัสติน แชฟเฟอร์, คลอเดีย มิลลัน, ฮาห์นบอม พาร์ค, คาร์สัน อดัมส์, คาเลบ อาร์. กลาสแมน, แอนดี้ เดจิโอวานนี่, โฮเซ่ เอช. เปเรร่า, อันเดรีย วี. โรดริเกซ, อัลเบอร์ดิน่า เอ. ฟาน ไดจ์ค, อานา ซี. เอเบรชท์, ดีเดริก เจ. ออปเปอร์แมน, ธีโอ แซ็กไมสเตอร์, คริสตอฟ บูห์ลเฮลเลอร์, ที ปาฟคอฟ-เคลเลอร์, มาโนจ เค. ราธินาสวามี, อูดิต ดาลวาดี, คาลวิน เค. ยิป, จอห์น อี. เบิร์ค, เค. คริสโตเฟอร์ การ์เซีย, นิค วี. กริชิน , พอล ดี. อดัมส์, แรนดี เจ. รีด, เดวิด เบเกอร์
วิทยาศาสตร์ 2564
การทำนายระดับวิวัฒนาการของโครงสร้างโปรตีนระดับอะตอมด้วยแบบจำลองภาษา (ESMFold)
เซหมิง ลิน, ฮาลิล อาคิน, โรชาน ราว, ไบรอัน ฮี, จงไค จู, เวนติง ลู, นิกิต้า สเมตานิน, โรเบิร์ต เวอร์คูอิล, โอริ คาเบลี, ยานิฟ ชมูเอลี, อัลลัน ดอส ซานโตส คอสต้า, มารียัม ฟาเซล-ซารานดี, ทอม เซอร์คู, ซัลวาตอเร่ แคนดิโด, อเล็กซานเดอร์ ริฟส์
วิทยาศาสตร์ 2566
EigenFold: การทำนายโครงสร้างโปรตีนกำเนิดด้วยแบบจำลองการแพร่กระจาย (EigenFold)
โบเวน จิง, เอซรา เอรีฟส์, ปีเตอร์ เปา-ฮวง, กาเบรียล คอร์โซ, บอนนี่ เบอร์เกอร์, ทอมมี่ จาคโคลา
arXiv:2304.02198 (2023)
ธนาคารข้อมูลโปรตีน (PDB)
เฮเลน เอ็ม. เบอร์แมน, จอห์น เวสต์บรูค, ซูคัง เฟิง, แกรี่ กิลลิแลนด์, TN Bhat, เฮลเก ไวสซิก, อิลยา เอ็น. ชินยาลอฟ, ฟิลิป อี. บอร์น
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2543
UniProt: ฐานความรู้ Universal Protein (UniRef/UniParc)
รอล์ฟ แอปไวเลอร์, อามอส ไบโรช, แคธี่ เอช. วู, วิโนนา ซี. บาร์เกอร์, บริจิตต์ บอคแมนน์, เซเรเนลลา เฟอร์โร, เอลิซาเบธ กัสตีเกอร์, หงจ้าน ฮวง, โรดริโก โลเปซ, มิเคเล่ มากราน, มาเรีย เจ. มาร์ติน, ดาร์เรน เอ. นาตาเล่, แคลร์ โอโดโนแวน, นิโคล เรดาสชี, ไล-ซู แอล. เย่
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2547
CATH: คำอธิบายประกอบเชิงโครงสร้างและฟังก์ชันที่ครอบคลุมสำหรับลำดับจีโนม (CATH)
เอียน ซิลลิโท, โทนี่ อี. ลูอิส, อลิสัน คัฟ, ซาโยนี ดาส, พอล แอชฟอร์ด, นาตาลี แอล. ดอว์สัน, นิโคลัส เฟอร์แนม, โรมัน เอ. ลาสโคว์สกี้, เดวิด ลี, โจนาธาน จี. ลีส์, ซอนย่า เลห์ติเนน, โรเมน เอ. สตูเดอร์, เจเน็ต ธอร์นตัน, คริสติน ก. ออเรนโก
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2558
การทำนายโดยตรงของโปรไฟล์ของลำดับที่เข้ากันได้กับโครงสร้างโปรตีนโดยโครงข่ายประสาทเทียมที่มีโปรไฟล์นอกท้องถิ่นแบบแฟรกเมนต์และแบบอิงพลังงาน (TS500)
จี้ซิ่ว ลี, เยว่ตง หยาง, เอเชล ฟารัคกี้, เจียน จ้าน และ เหยาฉี โจว
โปรตีน 2014
ProteinVAE: ตัวเข้ารหัสอัตโนมัติที่หลากหลายสำหรับการออกแบบโปรตีนเชิงแปล (ProteinVAE)
ซูเย่ หลิว, ชาฮิน โซลาติ-ฮัชจิน, ไมเคิล การ์ตัน
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
ProT-VAE: ตัวเข้ารหัสอัตโนมัติแบบแปรผันของหม้อแปลงโปรตีนสำหรับการออกแบบโปรตีนเชิงฟังก์ชัน (ProT-VAE)
เอ็มเร เซฟเกน, โจชัว โมลเลอร์, เอเดรียน แลงจ์, จอห์น ปาร์คเกอร์, ฌอน ควิกลีย์, เจฟฟ์ เมเยอร์, ปูนัม ศรีวาสตาวา, สิทารัม กายาตรี, เดวิด ฮอสฟิลด์, มาเรีย คอร์ชูโนวา, มิชา ลิฟเน่, มิเชล กิลล์, รามา รังกานาธาน, แอนโธนี บี. คอสต้า, แอนดรูว์ แอล. เฟอร์กูสัน
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
การขยายช่องว่างลำดับโปรตีนเชิงหน้าที่โดยใช้เครือข่ายปฏิปักษ์กำเนิด (ProteinGAN)
โดนาตัส เรเปคก้า, วิคินทาส เจานิสกีส, เลารีนาส คาร์ปุส, เอลซบีเอต้า เรมเบซ่า, อีร์มานทาส โรคิติส, ยาน ซริเม็ค, ซิโมน่า โพวิโลนีเน, ออดริอุส เลารีเนนาส, ซานดร้า วิคานเดอร์, วิสซาม อาบูอัจวา, ออตโต้ ซาโวไลเนน, โรลันดาส เมสกี้, มาร์ติน เคเอ็ม เอ็งควิสต์, อเล็กเซจ เซเลซเนียค
หน่วยสืบราชการลับของเครื่องจักรธรรมชาติ (2021)
การออกแบบโปรตีนที่รวดเร็วและยืดหยุ่นโดยใช้โครงข่ายประสาทเทียมแบบกราฟลึก (ProteinSolver)
อเล็กเซย์ สโตรกาช, เดวิด เบเซร์รา, คาร์เลส คอร์บี-เวิร์จ, อัลเบิร์ต เปเรซ-ริบา, ฟิลิป เอ็ม. คิม
ระบบเซลล์ 2020
PiFold: สู่การพับโปรตีนแบบผกผันที่มีประสิทธิภาพและประสิทธิผล (PiFold)
จางหยาง เกา, เฉิง ตัน, สแตน ซี. ลี
ไอซีแอลอาร์ 2023
การออกแบบลำดับโปรตีนที่มีศักยภาพในการเรียนรู้
นามราตา อานันท์, ราฟาเอล เอกูชี, อิริมปัน ไอ. แมทธิวส์, คาร์ลา พี. เปเรซ, อเล็กซานเดอร์ เดอร์รี, รุส บี. อัลท์มัน, โป-ซู ฮวง
การสื่อสารธรรมชาติ 2022
การออกแบบลำดับโปรตีนที่ปราศจากโรทาเมอร์โดยอาศัยการเรียนรู้เชิงลึกและความสม่ำเสมอในตนเอง (ABACUS-R)
หลิวหยูเฟิง, หลู่จาง, เว่ยหลุน หวาง, มินจู, เฉินเฉิน หวาง, ฟูตง ลี, เจียไห่ จาง, โหวเฉียง ลี่, ฉวน เฉิน, ไห่เอียน หลิว
วิทยาศาสตร์การคำนวณธรรมชาติ 2022
ProRefiner: กลยุทธ์การกลั่นแบบเอนโทรปีสำหรับการพับโปรตีนผกผันโดยให้ความสนใจกับกราฟทั่วโลก (ProRefiner)
Xinyi Zhou, Guangyong Chen, Junjie Ye, Ercheng Wang, Jun Zhang, Cong Mao, Zhanwei Li, Jianye Hao, Xingxu Huang, Jin Tang, Pheng Ann Heng
การสื่อสารธรรมชาติ 2023
วิธีการออกแบบโปรตีนเดอโนโวภายใต้การดูแลของ Graphormer และการตรวจสอบฟังก์ชัน (GPD)
จุนซี มู่, เจิ้งซิน ลี, ป๋อ จาง, ชี จาง, แจมเชด อิกบาล, อับดุล วาดูด, ติง เหว่ย, หยานเฟิง, ไห่เฟิง เฉิน
การบรรยายสรุปทางชีวสารสนเทศศาสตร์ 2024
การเรียนรู้จากโครงสร้างโปรตีนด้วยเรขาคณิตเวกเตอร์เพอร์เซพตรอน (GVP-GNN)
โบเวน จิง, สเตฟาน ไอส์มันน์, แพทริเซีย ซูเรียนา, ราฟาเอล จอห์น ลามาร์เร ทาวน์เซนด์, รอน ดรอร์
ไอซีแอลอาร์ 2021
เรียนรู้การพับผกผันจากโครงสร้างที่คาดการณ์ไว้นับล้าน (ESM-IF1)
โคลอี ซู, โรเบิร์ต เวอร์คูอิล, เจสัน หลิว, เซหมิง ลิน, ไบรอัน ฮี, ทอม เซอร์คู, อดัม เลอเรอร์, อเล็กซานเดอร์ ริฟส์
ไอซีเอ็มแอล 2022
การเรียนรู้เชิงลึกที่แข็งแกร่ง - การออกแบบลำดับโปรตีนโดยใช้ ProteinMPNN (ProteinMPNN)
เจ เดาปาราส, อิ อนิชเชนโก้, เอ็น เบนเน็ตต์, เอช ไบ, อาร์เจ รากอตต์, แอลเอฟ มิลล์ส, บีไอเอ็ม วิคกี้, เอ กูร์เบต์, อาร์เจ เดอ ฮาส, เอ็น เบเธล, พีเจวาย เหลียง, ทีเอฟ ฮัดดี้, เอส เปลล็อค, ดี ทิสเชอร์, เอฟ ชาน, บี โคปนิค, เอช เหงียน, อา คัง, บี สันคารัน, เอเค เบรา, เอ็นพี คิง, ดี เบเกอร์
วิทยาศาสตร์ 2565
ธนาคารข้อมูลโปรตีน (PDB)
เฮเลน เอ็ม. เบอร์แมน, จอห์น เวสต์บรูค, ซูคัง เฟิง, แกรี่ กิลลิแลนด์, TN Bhat, เฮลเก ไวสซิก, อิลยา เอ็น. ชินยาลอฟ, ฟิลิป อี. บอร์น
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2543
ฐานข้อมูลโครงสร้างโปรตีน AlphaFold: ขยายความครอบคลุมโครงสร้างของพื้นที่ลำดับโปรตีนอย่างมหาศาลด้วยแบบจำลองที่มีความแม่นยำสูง (AlphaFoldDB)
มิฮาลี วาราดี, สตีเฟน อันยางโก, มันดาร์ เดชปันเด, สรีนาธ แนร์, ซินดี้ นาทาสเซีย, กาลาบีน่า ยอร์ดาโนวา, เดวิด หยวน, โออาน่า สโตร, เจมม่า วูด, อกาตา เลย์ดอน, ออกัสติน ชิเดค, ทิม กรีน, แคทรีน ทุนยาสุวรรณกุล, สติก ปีเตอร์เซ่น, จอห์น จัมเปอร์, เอลเลน แคลนซี, ริชาร์ด กรีน อังคูร์ โวรา, มิรา ลุตฟี, ไมเคิล ฟิกูร์นอฟ, แอนดรูว์ โควี, นิโคล ฮอบส์, พุชมีต โคห์ลี, เจอราร์ด เคลย์เว็กต์, ยวน เบอร์นีย์, เดมิส ฮาสซาบิส, ซาเมียร์ เวลันการ์
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2022
SCOP: การจำแนกโครงสร้างของฐานข้อมูลโปรตีนสำหรับการตรวจสอบลำดับและโครงสร้าง (SCOP)
Alexey G. Murzin, Steven E. Brenner, Tim Hubbard, Cyrus Chothia JMB 1995
SCOPe: การปรับปรุงการจำแนกโครงสร้างของโปรตีน - ฐานข้อมูลขยายเพื่ออำนวยความสะดวกในการตีความตัวแปรและการเรียนรู้ของเครื่อง (SCOPe)
John-Marc Chandonia, Lindsey Guan, Shiangyi Lin, Changhua Yu, Naomi K Fox, Steven E Brenner การวิจัยกรดนิวคลีอิกปี 2022
CATH: คำอธิบายประกอบเชิงโครงสร้างและฟังก์ชันที่ครอบคลุมสำหรับลำดับจีโนม (CATH)
เอียน ซิลลิโท, โทนี่ อี. ลูอิส, อลิสัน คัฟ, ซาโยนี ดาส, พอล แอชฟอร์ด, นาตาลี แอล. ดอว์สัน, นิโคลัส เฟอร์แนม, โรมัน เอ. ลาสโคว์สกี้, เดวิด ลี, โจนาธาน จี. ลีส์, ซอนย่า เลห์ติเนน, โรเมน เอ. สตูเดอร์, เจเน็ต ธอร์นตัน, คริสติน ก. ออเรนโก
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2558
การสร้างแบบจำลองความน่าจะเป็นการแพร่กระจายของโปรตีนแบ็คโบนในรูปแบบ 3 มิติสำหรับปัญหาแม่ลาย-นั่งร้าน (ProtDiff)
Brian L. Trippe, Jason Yim, Doug Tischer, David Baker, Tamara Broderick, Regina Barzilay, ทอมมี่ จาคโคลา
ไอซีแอลอาร์ 2023
การสร้างโครงสร้างโปรตีนโดยการแพร่กระจายแบบพับ (FoldingDiff)
เควิน อี. วู, เควิน เค. หยาง, ไรแอนน์ ฟาน เดน เบิร์ก, ซาราห์ อลัมดาริ, เจมส์ วาย. ซู, อเล็กซ์ เอ็กซ์. ลู, เอวา พี. อามินี
การสื่อสารธรรมชาติ 2024
แบบจำลองการแพร่กระจายแฝงสำหรับการสร้างโครงสร้างโปรตีน (LatentDiff)
Cong Fu, Keqiang Yan, Limei Wang, Wing Yee Au, Michael McThrow, Tao Komikado, Koji Maruhashi, Kanji Uchino, เซียวหนิง เฉียน, ซุยหวาง จี
ล็อก 2023
การสร้างโครงสร้างโปรตีนที่แปลกใหม่ ออกแบบได้ และหลากหลายโดยการกระจายเมฆที่ตกค้างเชิงทิศทาง (Genie) อย่างเท่าเทียมกัน
เย่ชิง ลิน, โมฮัมเหม็ด อัลกุไรชี
arXiv:2301.12485 (2023)
แบบจำลองการแพร่กระจาย SE(3) พร้อมการประยุกต์ใช้กับการสร้างโปรตีนแกนหลัก (FrameDiff)
เจสัน ยิ้ม, ไบรอัน แอล. ทริปเป้, วาเลนติน เดอ บอร์โตลี, เอมิล มาติเยอ, อาร์โนด์ ดูเซต์, เรจิน่า บาร์ซิเลย์, ทอมมี่ จาคโคลา
ไอซีเอ็มแอล 2023
การออกแบบโครงสร้างโปรตีนและการทำงานใหม่ด้วย RFdiffusion (RFDiffusion)
โจเซฟ แอล. วัตสัน, เดวิด เจอร์เกนส์, นาธาเนียล อาร์. เบนเน็ตต์, ไบรอัน แอล. ทริปเป, เจสัน ยิ้ม, เฮเลน อี. ไอเซนัค, วูดดี้ อาร์เฮิร์น, แอนดรูว์ เจ. บอร์สต์, โรเบิร์ต เจ. รากอตต์, ลูคัส เอฟ. มิลล์ส, บาไซล์ ไอเอ็ม วิคกี้, นิกิตา ฮานิเคล , ซามูเอล เจ. เพลล็อค, อเล็กซิส คูร์เบต์, วิลเลียม เชฟฟเลอร์, จู หวัง, พรีแธม เวนคาเตช, ไอแซค แซปปิงตัน, ซูซานา วาซเกซ ตอร์เรส, อันนา เลาโก, วาเลนติน เด บอร์โตลี, เอมิล มาติเยอ, เซอร์เกย์ ออฟชินนิคอฟ, เรจิน่า บาร์ซิลาย, ทอมมี เอส. จาคโคลา, แฟรงค์ ดิไมโอ, มินคยอง แบก, เดวิด เบเกอร์
ธรรมชาติ 2023
แบบจำลองภาษาโปรตีนภายใต้การควบคุมดูแล วิธีการออกแบบโปรตีนแบ็คโบนที่แม่นยำและมีประสิทธิภาพ (GPDL)
ป๋อ จาง, เค็กซิน หลิว, จั่วฉี เจิ้ง, หยุนเฟยหยาง หลิว, จุนซี มู่, ติง เหว่ย, ไห่เฟิง เฉิน
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
การออกแบบร่วมกันของลำดับและโครงสร้างโปรตีนตาม Motifs (GeoPro)
เจิ้นเฉียว ซ่ง, หยุนหลง จ้าว, หยูเฟย ซ่ง, เหวินเซียน ชิ, หยาง หยาง, เล่ย ลี่
arXiv:2310.02546 (2023)
แบบจำลองการสร้างโปรตีนทุกอะตอม (Protpardelle)
อเล็กซานเดอร์ อี. ชู, ลูซี่ เฉิง, จีน่า เอล เนสร์, มินไค ซู, โป-ซู่ ฮวง
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
การออกแบบร่วมกับลำดับโปรตีนและโครงสร้างพร้อมการแปลที่เทียบเท่ากัน (ProtSeed)
เฉินซือ, ชวนรุ่ย หวาง, เจียรุย หลู, โบซิเทา จง, เจียน ถัง
ไอซีแอลอาร์ 2023
การเรียนรู้การแทนแอนติบอดีเพื่อการค้นพบยา (BERTTransformer)
ลิน ลี, เอสเธอร์ กุปต้า, จอห์น สเปธ, เลสลี่ ชิง, ทริสตัน เบปเลอร์, ราชมอนดา ซูโล กาเซเรส
arXiv:2210.02881 (2022)
การถอดรหัสการเจริญเติบโตของสัมพรรคภาพของแอนติบอดีด้วยแบบจำลองภาษาและการเรียนรู้ที่มีการดูแลอย่างอ่อน (AntiBERTy)
เจฟฟรีย์ เอ. รัฟโฟโล, เจฟฟรีย์ เจ. เกรย์, เจเรเมียส ซูลาม
arXiv:2112.07782 (2021)
การถอดรหัสภาษาของแอนติบอดีโดยใช้การเรียนรู้ด้วยตนเอง (AntiBERTa)
Jinwoo Leem, Laura S. Mitchell, James HR Farmery, Justin Barton, Jacob D. Galson
รูปแบบ 2022
AbLang: แบบจำลองภาษาแอนติบอดีสำหรับการทำลำดับแอนติบอดีให้สมบูรณ์ (AbLang)
โทเบียส เอช โอลเซ่น, เอียน เอช โมล, ชาร์ลอตต์ เอ็ม ดีน
ความก้าวหน้าทางชีวสารสนเทศศาสตร์ 2022
การฝึกอบรมล่วงหน้าด้วยแนวทางที่มีเหตุผลสำหรับแอนติบอดี (PARA)
เซียงรุย เกา, ฉางหลิง เฉา, หลีเผิง ไหล
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
SAbDab: ฐานข้อมูลแอนติบอดีที่มีโครงสร้าง (SAbDab)
เจมส์ ดันบาร์, คอนราด ครอคซิก, จินวู ลีม, เทอร์รี่ เบเกอร์, แองเจลิกา ฟุคส์, กาย จอร์จ, จีเย่ ชิ, ชาร์ลอตต์ เอ็ม. ดีน
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2014
RosettaAntibodyDesign (RAbD): เฟรมเวิร์กทั่วไปสำหรับการออกแบบแอนติบอดีด้วยคอมพิวเตอร์ (RAB)
จาเร็ด อดอล์ฟ-ไบรโฟเกิล, โอเลคส์ คาลยูซนีย์, ไมเคิล คูบิตซ์, ไบรอัน ดี. ไวซ์เนอร์, เซียวเจิ้น หู, ยูมิโกะ อาดาชิ, วิลเลียม อาร์. ชีฟ, โรแลนด์ แอล. ดันแบร็ก จูเนียร์
PLOS ชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ 2018
tFold-Ab: การทำนายโครงสร้างแอนติบอดีที่รวดเร็วและแม่นยำโดยไม่มีลำดับที่คล้ายคลึงกัน (tFold-Ab)
เจียเซียง วู, ฟานตี้ วู, เปียวปิน เจียง, เว่ย หลิว, เพ่ยลิน จ้าว
ไบโออาร์ซิฟ (2022)
xTrimoABFold: การทำนายโครงสร้างแอนติบอดีใหม่โดยไม่มี MSA (xTrimoABFold)
อี้หนิง หวัง, ซูเมง กง, เส้าชวน ลี, ปิง หยาง, ยี่หวู่ ซุน, ชวนซี, หยางกัง หวัง, เฉิง หยาง, ฮุย ลี่, เลอ ซอง
arXiv:2212.00735 (2022)
ImmuneBuilder: โมเดลการเรียนรู้เชิงลึกสำหรับการทำนายโครงสร้างของโปรตีนภูมิคุ้มกัน (ABodyBuilder)
เบรนแนน อบานาเดส, วิง กี หว่อง, เฟอร์กัส บอยล์ส, กาย จอร์จ, อเล็กซานเดอร์ บูโจเซ็ค, ชาร์ลอตต์ เอ็ม. ดีน
ธรรมชาติ 2023
ABlooper: การทำนายโครงสร้างลูป CDR แอนติบอดีที่แม่นยำรวดเร็วพร้อมการประมาณค่าความแม่นยำ (ABlooper)
เบรนแนน อบานาเดส, กาย จอร์จ, อเล็กซานเดอร์ บูโจทเซ็ค, ชาร์ลอตต์ เอ็ม ดีน
ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2565
ศักยภาพทางเรขาคณิตจากการเรียนรู้เชิงลึกช่วยปรับปรุงการทำนายโครงสร้างลูป CDR H3 (DeepH3)
เจฟฟรีย์ เอ รัฟโฟโล, คาร์ลอส เกร์รา, สาย ปูจา มหาจัน, เจเรเมียส ซูลาม, เจฟฟรีย์ เจ เกรย์
ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2563
โมเดลการเรียนรู้เชิงลึกแบบ end-to-end อย่างง่ายสำหรับการทำนายโครงสร้างลูป CDR-H3 (SimpleDH3)
นาตาเลีย เซนโควา, เอคาเทรินา เซดิค, ทาเทียนา ชูกาเอวา, วลาดิสลาฟ สตราชโก้, ทิโมเฟย เออร์มัค, อเล็กเซย์ ชปิลมาน
arXiv:2111.10656 (2021)
การทำนายโครงสร้างของแอนติบอดีโดยใช้การเรียนรู้เชิงลึกที่ตีความได้ (DeepAB)
เจฟฟรีย์ เอ รัฟโฟโล, เจเรเมียส ซูลาม, เจฟฟรีย์ เจ เกรย์
รูปแบบ 2021
การทำนายโครงสร้างแอนติบอดีที่รวดเร็วและแม่นยำจากการเรียนรู้เชิงลึกเกี่ยวกับชุดแอนติบอดีธรรมชาติจำนวนมาก (IgFold)
เจฟฟรีย์ เอ รัฟโฟโล, ลี-ชิน ชู, สาย ปูจา มหาจัน, เจฟฟรีย์ เจ เกรย์
การสื่อสารธรรมชาติ 2023
SAbDab: ฐานข้อมูลแอนติบอดีที่มีโครงสร้าง (SAbDab)
เจมส์ ดันบาร์, คอนราด ครอคซิก, จินวู ลีม, เทอร์รี่ เบเกอร์, แองเจลิกา ฟุคส์, กาย จอร์จ, จีเย่ ชิ, ชาร์ลอตต์ เอ็ม. ดีน
การวิจัยกรดนิวคลีอิก 2014
RosettaAntibodyDesign (RAbD): เฟรมเวิร์กทั่วไปสำหรับการออกแบบแอนติบอดีด้วยคอมพิวเตอร์ (RAB)
จาเร็ด อดอล์ฟ-ไบรโฟเกิล, โอเลคส์ คาลยูซนีย์, ไมเคิล คูบิตซ์, ไบรอัน ดี. ไวซ์เนอร์, เซียวเจิ้น หู, ยูมิโกะ อาดาชิ, วิลเลียม อาร์. ชีฟ, โรแลนด์ แอล. ดันแบร็ก จูเนียร์
PLOS ชีววิทยาเชิงคอมพิวเตอร์ 2018
SKEMPI 2.0: เกณฑ์มาตรฐานที่อัปเดตของการเปลี่ยนแปลงพลังงานการจับโปรตีน-โปรตีน จลนศาสตร์ และอุณหพลศาสตร์จากการกลายพันธุ์ (SKEMPI)
จัสติน่า ยานเคาไกเต, ไบรอัน ฆิเมเนซ-การ์เซีย, จุทาส แดปคูนาส, ฮวน เฟอร์นันเดซ-เรซิโอ, เอียน เอช โมอัล
ชีวสารสนเทศศาสตร์ 2562
ในการพิสูจน์หลักการซิลิโกของการออกแบบแอนติบอดีโดยอาศัยการเรียนรู้ของเครื่องจักรในระดับที่ไม่จำกัด
ราห์หมัด อัคบารา, ฟิลิปเป้ เอ. โรเบอร์ตา, เซดริก อาร์. เวเบอร์บ, ไมเคิล วิดริชค์, โรเบิร์ต แฟรงก้า, มิเลนา ปาฟโลวิช, ลอนเนเก้ เชฟเฟิร์ด, มาเรีย เชอร์นิกอฟสกายา, อิกอร์ สแนปโควา, อังเดร สลาโบดคินา, บริจ ภูชาน เมห์ตา, เอนเคเลจ์ดา มิโฮ, ฟริดท์ยอฟ ลุนด์-โยฮันเซนา, ยาน แตร์เย แอนเดอร์เซนา ฉ, กันยายน โฮไครเตอร์ก, อิงกริด โฮเบค ฮาฟฟ์, กุนเตอร์ คลัมบาเอร์ก, เกียร์ เคติล แซนด์เวด, วิคเตอร์ ไกรฟฟ์
mAbs 2022https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19420862.2022.2031482
โครงข่ายประสาทเทียมกราฟการปรับแต่งซ้ำสำหรับการออกแบบร่วมโครงสร้างลำดับแอนติบอดี (RefineGNN)
เวงกง จิน, เจเรมี โวห์ลเวนด์, เรจิน่า บาร์ซิเลย์, ทอมมี่ จาคโคลา
ไอซีแอลอาร์ 2022
การออกแบบแอนติบอดีแบบมีเงื่อนไขเป็นการแปลกราฟเทียบเท่า 3 มิติ (MEAN)
เซียงเจ้อคง, เหวินปิง หวง, หยาง หลิว
ไอซีแอลอาร์ 2023
Cross-Gate MLP พร้อมการฝังที่ไม่แปรเปลี่ยนของโปรตีนคอมเพล็กซ์คือผู้ออกแบบแอนติบอดีแบบ One-Shot (ADesigner)
Cheng Tan, Zhangyang Gao, Lirong Wu, Jun Xia, Jiangbin Zheng, Xihong Yang, Yue Liu, Bozhen Hu, Stan Z. Li
AAAI2024
การออกแบบแอนติบอดีจำเพาะและการปรับให้เหมาะสมด้วยแบบจำลองการกำเนิดที่มีการแพร่กระจายสำหรับโครงสร้างโปรตีน (DiffAb)
ชิถง หลัว, หยูเฟิง ซู, ซินกัง เผิง, เซิง หวาง, เจียน เผิง, เจียนจู หม่า
ประสาทไอพีเอส 2022
การเรียนรู้เชิงลึกสำหรับการเชื่อมต่อและการออกแบบโปรตีนที่ยืดหยุ่นและเฉพาะเจาะจงไซต์ (DockGPT)
แมตต์ แมคพาร์ลอน, จินโบ ซู
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
การเชื่อมต่อและการออกแบบแอนติบอดี-แอนติเจนผ่านการปรับแต่งเทียบเท่าลำดับชั้น (HERN)
เวงกง จิน, ดร.เรจิน่า บาร์ซิเลย์, ทอมมี จาคโกลา
ไอซีเอ็มแอล 2022
การออกแบบแอนติบอดีเต็มอะตอมแบบครบวงจร (dyMEAN)
เซียงเจ้อคง, เหวินปิง หวง, หยาง หลิว
ไอซีเอ็มแอล 2023
แบบจำลองการแพร่กระจายแบบคอนทราสต์แบบหลายโมดัลสำหรับการสร้างเปปไทด์เพื่อการรักษา (MMCD)
หยงคัง หวาง, ซวน หลิว, เฟิง ฮวง, จ้านคุน สยง, เหวิน จาง
AAAI2024
PepGB: อำนวยความสะดวกในการค้นพบยาเปปไทด์ผ่านโครงข่ายประสาทเทียมแบบกราฟ (PepGB)
ยี่ปิน เล่ย, ซู หวาง, เมิ่ง ฟาง, ฮัน ลี, เซียง ลี่, เจี้ยนหยาง เจิง
arXiv:2401.14665 (2024)
PepHarmony: กรอบการเรียนรู้แบบหลายมุมมองที่ตรงกันข้ามสำหรับการเข้ารหัสเปปไทด์ตามลำดับและโครงสร้างแบบรวม (PepHarmony)
รอยชี่ จาง, เฮาหรัน อู๋, ฉาง หลิว, ฮวาผิง ลี, อวี้เฉียน วู, เค่อเว่ย ลี, อี้ฟาน หวาง, ยี่ฟาน เติ้ง, เจียฮุย เฉิน, เฟิงเฟิง โจว, ซิน เกา
arXiv:2401.11360 (2024)
PEFT-SP: การปรับพารามิเตอร์อย่างละเอียดอย่างมีประสิทธิภาพบนแบบจำลองภาษาโปรตีนขนาดใหญ่ ปรับปรุงการทำนายสัญญาณเปปไทด์ (PEFT-SP)
ช่วยเจิง, ตูลิน หวัง, ตง ซู
ไบโออาร์ซิฟ (2023)
AdaNovo: การจัดลำดับเปปไทด์แบบ Adaptive De Novo ด้วยข้อมูลร่วมกันแบบมีเงื่อนไข (AdaNovo)
Jun Xia, Shaorong Chen, Jingbo Zhou, Tianze Ling, Wenjie Du, Sizhe Liu, สแตน ซี. ลี
arXiv:2403.07013 (2024)
