PubData

PubData

เครื่องมือค้นหาอัจฉริยะสำหรับฐานข้อมูลชีวสารสนเทศศาสตร์ทั่วโลก

เกี่ยวกับ

PubData คือเครื่องมือค้นหาและระบบเรียกค้นไฟล์สำหรับฐานข้อมูลชีวสารสนเทศศาสตร์ทั่วโลก PubData ค้นหาข้อมูล FTP ชีวการแพทย์ในรูปแบบที่เป็นมิตรต่อผู้ใช้ คล้ายกับวิธีที่ PubMed ค้นหาวรรณกรรมชีวการแพทย์ PubData โฮสต์เป็นทั้งเว็บแอปพลิเคชันและโปรแกรมซอฟต์แวร์ส่วนต่อประสานกราฟิกกับผู้ใช้ (GUI) แบบสแตนด์อโลน ในขณะที่ PubMed โฮสต์เป็นเว็บเซิร์ฟเวอร์ออนไลน์ PubData สร้างขึ้นจากการเขียนโปรแกรมเครือข่ายแบบใหม่และอัลกอริธึมการประมวลผลภาษาธรรมชาติที่สามารถแพตช์ลงในเซิร์ฟเวอร์ FTP ของฐานข้อมูลชีวสารสนเทศศาสตร์ที่ผู้ใช้กำหนด ค้นหาเนื้อหา และเรียกค้นไฟล์เพื่อดาวน์โหลด

PubData เขียนด้วยภาษาการเขียนโปรแกรม Python (โดยเฉพาะ Django และ PyQt4) PubData สามารถค้นหา เข้าถึง ดู และเรียกค้นไฟล์จากแผนผังไดเร็กทอรีที่ซ้อนกันลึกของฐานข้อมูลชีวสารสนเทศที่สำคัญใดๆ ผ่านทางเครือข่ายคอมพิวเตอร์ในพื้นที่ ด้วยการรวบรวมฐานข้อมูลชีวสารสนเทศที่สำคัญทั้งหมดไว้ใต้โปรแกรมซอฟต์แวร์เดียว PubData ช่วยให้ผู้ใช้สามารถหลีกเลี่ยงความยุ่งยากที่ไม่จำเป็นและความซับซ้อนที่ไม่ได้มาตรฐานซึ่งเกิดจากการเข้าถึงฐานข้อมูลทีละรายการโดยใช้อินเทอร์เน็ตเบราว์เซอร์ ที่สำคัญกว่านั้น ช่วยให้ผู้ใช้สามารถสืบค้นฐานข้อมูลหลาย ๆ ฐานข้อมูลพร้อมกันสำหรับคำสำคัญที่ผู้ใช้ระบุ (เช่น human , cancer , transcriptome ) ด้วยเหตุนี้ PubData จึงช่วยให้นักวิจัยสามารถค้นหา เข้าถึง ดู และดาวน์โหลดไฟล์จากเซิร์ฟเวอร์ FTP ของฐานข้อมูลชีวสารสนเทศที่สำคัญใดๆ ได้โดยตรงจากที่ส่วนกลางแห่งเดียว ด้วยการใช้เพียง GUI หรือเว็บแอปพลิเคชัน PubData ช่วยให้ผู้ใช้สามารถท่องเซิร์ฟเวอร์ FTP ชีวสารสนเทศศาสตร์หลายตัวพร้อมกันได้โดยตรงจากความสะดวกสบายของคอมพิวเตอร์ในพื้นที่ของตน

โปรดอ้างอิง: "Khomtchouk และคณะ: 'PubData: เครื่องมือค้นหาสำหรับฐานข้อมูลชีวสารสนเทศศาสตร์ทั่วโลก', 2016: http://dx.doi.org/10.1101/069575" ภายในแหล่งข้อมูลใดๆ ที่ใช้วิธีการใดๆ ที่ได้รับแรงบันดาลใจจาก PubData

ส่วนติดต่อผู้ใช้เว็บเซิร์ฟเวอร์ PubData

ผลการค้นหาเว็บเซิร์ฟเวอร์ PubData

คำแนะนำในการติดตั้งปฏิบัติการแบบไบนารี PubData

ความต้องการ

• หลาม >= 2.7

ลินุกซ์:

• ตรวจสอบให้แน่ใจว่าคุณได้ติดตั้ง Python 2.7 แล้ว
• จำเป็นต้องมีไลบรารี Python: PyQt4, PyQt
• Git โคลนไดเร็กทอรี PubData
• นำทางไปยังไดเร็กทอรี / interface
• เรียกใช้ "หลาม GUI.py"
• หากคุณไม่มีไลบรารี Python ไลบรารีจะแจ้งให้คุณทราบเมื่อใช้งาน

ภาพหน้าจอ GUI

เมื่อคุณเปิด PubData ให้เลือกฐานข้อมูลชีวสารสนเทศศาสตร์เพื่อเข้าสู่ระบบก่อน:

เข้าสู่ระบบ PANTHER (การวิเคราะห์โปรตีนผ่านความสัมพันธ์เชิงวิวัฒนาการ) ฐานข้อมูลระบบการจำแนกประเภท:

หากคุณไม่เห็นฐานข้อมูลที่คุณชื่นชอบในรายการ คุณสามารถแทรกฐานข้อมูลด้วยตนเองได้ (สะดวกสำหรับฐานข้อมูลที่เพิ่งเผยแพร่):

สมมติว่าคุณต้องการ "ค้นหาโดย Google" หลายฐานข้อมูลพร้อมกัน:

ค้นหาคำสำคัญสำหรับไฟล์ ChIP-seq ในฐานข้อมูลที่เลือกเหล่านี้ (อาจใช้คำสำคัญหลายคำได้เช่นกัน):

แสดงผลการค้นหาที่เกี่ยวข้องทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับไฟล์ ChIP-seq ในฐานข้อมูลที่เลือกทั้งหมด:

ค้นหาคำหลักสำหรับไฟล์ RNA-seq ในฐานข้อมูลที่เลือกเหล่านี้ (อาจใช้คำหลักหลายคำได้เช่นกัน):

แสดงผลการค้นหาที่เกี่ยวข้องทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับไฟล์ RNA-seq (จากฐานข้อมูลที่เลือก):