หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

จีโนไทป์ RAD-Seq ของกระทิง ( C. tetragonoloba )

พื้นที่เก็บข้อมูลที่มีข้อมูลและรหัสสำหรับจีโนไทป์ของกระทิง ( Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub.) และโครงการ GWAS คำอธิบายสั้น ๆ ของเนื้อหาที่เก็บ:

สคริปต์ make_consensus_vcf.py ถูกใช้เพื่อสร้างชุดข้อมูลตัวแปรสุดท้ายโดยใช้การเรียกตัวแปร GATK-HC, NGSEP และ TASSEL 5 แบบดิบ สคริปต์ make_snp_stats.py ใช้กับอินพุตเดียวกันเพื่อสำรวจสถิติคุณภาพของการเรียกตัวแปร

สมุดบันทึก callset_refinement_filtering.ipynb ถูกใช้เพื่อรันการควบคุมคุณภาพตัวแปร และสร้างชุดข้อมูลที่กรองขั้นสุดท้ายของตัวแปรทั่วไป

สมุดบันทึก genetic_analysis.ipynb ถูกใช้เพื่อทำการวิเคราะห์ทางพันธุกรรมส่วนใหญ่ รวมถึง PCA, การวิเคราะห์ความไม่สมดุลของการเชื่อมโยง และการวิเคราะห์การเชื่อมโยงตามแบบจำลองเชิงเส้นทั่วไป

สคริปต์ prepare_farmcpu.py ถูกใช้เพื่อจัดรูปแบบข้อมูลอินพุตสำหรับเครื่องมือ FarmCPU (พล็อต QQ ของค่า p ที่เป็นผลลัพธ์จะแสดงอยู่ในกระดาษและด้านล่าง)

แปลงควอนไทล์-ควอนไทล์ทั้งหมด

ไฟล์ admix_file_create.py ถูกใช้เพื่อประมวลผลจีโนไทป์ล่วงหน้าสำหรับการวิเคราะห์ ADMIXTURE (ส่วนหนึ่งทำได้โดยใช้ Hail ใน genetic_analysis.ipynb )

สคริปต์ guar_stat.R ใช้เพื่อดำเนินการวิเคราะห์ทางสถิติของข้อมูลสุดท้าย ดำเนินการวิเคราะห์การเชื่อมโยงทั่วทั้งจีโนมโดยใช้เครื่องมือ FarmCPU และพล็อตตัวเลขหลัก

สคริปต์ parse_vcf_fcpu.py ถูกใช้เพื่อจัดรูปแบบตารางจีโนไทป์ SNP สุดท้ายที่มีให้เป็นไฟล์ genotypes.xlsx ในที่เก็บนี้

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด