baad

BAAD: ฐานข้อมูลชีวมวลและอัลโลเมทสำหรับพืชยืนต้น

เกี่ยวกับ

ฐานข้อมูลชีวมวลและอัลโลเมท (BAAD) มีข้อมูลเกี่ยวกับการก่อสร้างไม้ยืนต้นทั่วโลก ข้อมูลเหล่านี้รวบรวมจากการศึกษาทางวิทยาศาสตร์ที่ตีพิมพ์และไม่ได้ตีพิมพ์มากกว่า 170 ฉบับ ซึ่งส่วนใหญ่ไม่เคยเปิดเผยในสาธารณสมบัติมาก่อน เราหวังว่าการเปิดเผยข้อมูลเหล่านี้จะช่วยปรับปรุงความสามารถของเราในการทำความเข้าใจการเจริญเติบโตของพืช พลวัตของระบบนิเวศ และการหมุนเวียนคาร์บอนในพืชพรรณไม้ยืนต้นของโลก ชุดข้อมูลมีการอธิบายเพิ่มเติมในเอกสารเผยแพร่

ฟัลสเตอร์, DS , RA Duursma, MI Ishihara, DR Barneche, RG FitzJohn, A Vårhammar, M Aiba, M Ando, ​​N Anten, MJ Aspinwall, JL Baltzer, C Baraloto, M Battaglia, JJ Battles, B Bond-Lamberty, M van บรอยเกล, เจ คามัค, วาย คลาโว, แอล คอลล์, เอ็ม ดันนูร่า, เอส เดลาแรงจ์, เจซี โดเมค, เอฟ ฟาเตมี, ดับเบิ้ลยู เฟิง, วี การ์กาลิโอเน, วาย โกโตะ, อา ฮากิฮาร่า, เจเอส ฮอลล์, เอส แฮมิลตัน, ดี ฮาร์จา, ที ฮิอุระ, อาร์ โฮลดาเวย์, แอลเอส ฮัตลีย์, ที อิชี่, อีเจ โจเคล่า, เอ คันโตลา, เจดับบลิว จี เคลลี่, ที เคนโซ, ดี คิง, BD Kloeppel, T Kohyama, A Komiyama, JP Laclau, CH Lusk, DA Maguire, G le Maire, A Mäkelä, แอล มาร์กสเตไตน์, เจ มาร์แชล, เค แมคคัลโลห์, อิ มิยาตะ, เค โมคานี, เอส โมริ, RW มิสเตอร์, เอ็ม นากาโน่, เอสแอล ไนดู, วาย นูเวลลอน, เอพี โอ'เกรดี้, เคแอล โอฮาร่า, ที โอสึกะ, เอ็น โอซาดะ, OO โอซุนโคย่า, พีแอล เปรี, แอม เพทริตัน, แอล พัวร์เตอร์, เอ พอร์ทสมัธ, ซี พอตวิน, เจ รานซิจน์, ดี รีด, เอสซี ริเบโร่, เอสดี โรเบิร์ตส์, อาร์ โรดริเกซ, อาซัลดาญา-อาคอสต้า, อิ ซานตา-เรจิน่า, เค ซาซ่า, เอ็นจี เซลายา, เอสซี ซิลเล็ตต์, เอฟ สเติร์ก, เค ทาคากิ, ที แทงเก้, เอช ทาโนอุจิ, ดี ทิชชู่, ที อูเมฮาร่า, เอช อุตสึกิ, แมสซาชูเซตส์ วาเดบงคูเออร์ , เอฟ บายาดาเรส, พี วานนิเนน, เจอาร์ หวัง, อี เวงค์, อาร์ วิลเลียมส์, เอฟ เด อาควิโน่ ซีเมเนส, เอ Yamaba, T Yamada, T Yamakura, RD Yanai และ RA York (2015) BAAD: ฐานข้อมูลชีวมวลและ Allometry สำหรับพืชยืนต้น นิเวศวิทยา 96 :1445–1445. 10.1890/14-1889.1

ในขณะที่ตีพิมพ์ BAAD มีการวัด 258,526 รายการซึ่งรวบรวมในการศึกษาที่แตกต่างกัน 175 รายการ จากบุคคล 2,0950 คนจาก 674 สายพันธุ์ รายละเอียดเกี่ยวกับการศึกษาแต่ละรายการที่มีส่วนร่วมใน BAAD มีอยู่ในรายงานออนไลน์เหล่านี้

การใช้ BAAD

ข้อมูลใน BAAD ได้รับการเผยแพร่ภายใต้การสละสิทธิ์สาธารณสมบัติของ Creative Commons Zero และสามารถนำมาใช้ซ้ำได้โดยไม่มีข้อจำกัด เพื่อรับทราบถึงงานที่มีส่วนในการสร้างฐานข้อมูล เราขอให้คุณอ้างอิงบทความข้างต้น หรือเมื่อใช้ข้อมูลจากการศึกษาวิจัยเพียงงานเดียวหรือสองสามงาน ก็อาจใช้บทความต้นฉบับก็ได้ หากคุณต้องการ

มีสองตัวเลือกในการเข้าถึงข้อมูลภายใน BAAD

ดาวน์โหลดฐานข้อมูลที่คอมไพล์แล้ว

คุณสามารถดาวน์โหลดเวอร์ชันที่คอมไพล์ของฐานข้อมูลได้จาก:

1. หอจดหมายเหตุเชิงนิเวศน์ นี่คือเวอร์ชันของฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับรายงานที่เกี่ยวข้องในวารสาร [ นิเวศวิทยา ] ลิงค์.
2. การเผยแพร่ที่เราโพสต์บน GitHub
3. แพ็คเกจ baad.data สำหรับ R

ฐานข้อมูลประกอบด้วยองค์ประกอบต่อไปนี้

• data : ชุดข้อมูลที่รวมกัน (ตาราง) โดยมีคอลัมน์ตามที่กำหนดใน dictionary
• dictionary : ตารางคำจำกัดความของตัวแปร
• metadata : ตารางที่มีคอลัมน์ "studyName", "Topic", "Description" ประกอบด้วยข้อมูลที่เป็นลายลักษณ์อักษรเกี่ยวกับวิธีการที่ใช้ในการรวบรวมข้อมูล
• methods : ตารางที่มีคอลัมน์เหมือนข้อมูล แต่มีโค้ดสำหรับวิธีการที่ใช้ในการรวบรวมข้อมูล ดู config/methodsDefinitions.csv สำหรับโค้ด
• references : เป็นทั้งตารางสรุปและรายการ Bibtex ที่มีแหล่งข้อมูลหลักสำหรับการศึกษาแต่ละครั้ง
• contacts : ตารางที่มีข้อมูลติดต่อและความเกี่ยวข้องสำหรับการศึกษาแต่ละรายการ องค์ประกอบเหล่านี้มีอยู่ที่ลิงก์ทั้งสองด้านบนในรูปแบบชุดไฟล์ CSV และข้อความ

หากคุณใช้ R วิธีที่ดีที่สุดในการเข้าถึงข้อมูลคือผ่านแพ็คเกจ baad.data ของเรา หลังจากติดตั้งแพ็คเกจ (คำแนะนำที่นี่) ผู้ใช้สามารถเรียกใช้ได้

 baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )

เพื่อดาวน์โหลดเวอร์ชันที่เก็บไว้ Ecoological Archives หรือ

 baad.data :: baad_data( " x.y.z " )

เพื่อดาวน์โหลดเวอร์ชันก่อนหน้าหรือเวอร์ชันล่าสุด (โดยที่หมายเลขเวอร์ชันจะเป็นไปตามหลักเกณฑ์การกำหนดเวอร์ชันเชิงความหมาย แพ็กเกจ baad.data จะแคชทุกอย่าง ดังนั้นการโทรที่ตามมาแม้จะข้ามเซสชันต่างๆ ก็ตามจะรวดเร็วมาก สิ่งนี้จะอำนวยความสะดวกในการทำซ้ำมากขึ้นโดยทำให้ง่ายต่อการพึ่งพา เวอร์ชันที่ใช้สำหรับการวิเคราะห์เฉพาะ และอนุญาตให้การวิเคราะห์ต่างๆ ใช้ฐานข้อมูลเวอร์ชันต่างๆ

รายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับเวอร์ชันต่างๆ และการเปลี่ยนแปลงระหว่างเวอร์ชันมีอยู่ในหน้าเผยแพร่ GitHub และใน CHANGELOG

รายละเอียดเกี่ยวกับระบบกระจายข้อมูล

BAAD ได้รับการออกแบบให้เป็นฐานข้อมูลที่มีชีวิต -- เราจะเผยแพร่เป็นระยะเมื่อเราเพิ่มข้อมูลเพิ่มเติม การอัปเดตเหล่านี้จะสอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงหมายเลขเวอร์ชันของทรัพยากรนี้ และฐานข้อมูลแต่ละเวอร์ชันจะพร้อมใช้งานบน GitHub และผ่านแพ็คเกจ baad.data หากคุณใช้แหล่งข้อมูลนี้เพื่อการวิเคราะห์ที่เผยแพร่ โปรดจดหมายเลขเวอร์ชันในสิ่งพิมพ์ของคุณ ซึ่งจะทำให้ทุกคนในอนาคตสามารถย้อนกลับไปค้นหาข้อมูลเวอร์ชัน เดียวกัน กับที่คุณใช้ได้

การสร้างใหม่จากแหล่งที่มา

BAAD สามารถสร้างใหม่ได้จากแหล่งที่มา (ไฟล์ข้อมูลดิบ) โดยใช้เวิร์กโฟลว์ที่มีสคริปต์ของเราใน R นอกเหนือจากฐาน R การสร้าง BAAD จำเป็นต้องมีแพ็คเกจ 'remake' หากต้องการติดตั้ง remake จากภายใน R ให้รัน:

 # installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")

จำเป็นต้องมีแพ็คเกจอื่นๆ อีกจำนวนหนึ่ง ( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ) สามารถติดตั้งได้ภายใน R โดยใช้ install.packages หรือง่ายกว่านั้นโดยใช้ remake (คำแนะนำด้านล่าง)

ฐานข้อมูลจะสามารถสร้างใหม่ได้โดยใช้การสร้างใหม่

ขั้นแรกให้ดาวน์โหลดโค้ดและข้อมูลดิบ จาก Ecoological Archives หรือจาก github เป็นไฟล์ zip หรือโดยการโคลนพื้นที่เก็บข้อมูล baad:

 git clone [email protected]:dfalster/baad.git

จากนั้นเปิด R และตั้งค่าโฟลเดอร์ที่ดาวน์โหลดมาเป็นไดเร็กทอรีการทำงานของคุณ แล้ว,

 # ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()

# build the dataset
remake::make("export")

# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')

สำเนาของชุดข้อมูลได้รับการบันทึกในโฟลเดอร์ export เป็นทั้ง rds (ข้อมูลที่บีบอัดสำหรับ R) และยังเป็นไฟล์ csv ด้วย

ทำซ้ำ BAAD เวอร์ชันเก่าและกระดาษจากนิเวศวิทยา

คุณสามารถสร้าง BAAD เวอร์ชันใดก็ได้โดยตรวจสอบการคอมมิตที่เหมาะสมที่สร้างขึ้น หรือใช้ลิงก์ที่ให้ไว้ใต้แท็บเผยแพร่ ตัวอย่างเช่น หากต้องการทำซ้ำฐานข้อมูลเวอร์ชัน 1.0.0 ซึ่งสอดคล้องกับรายงานใน นิเวศวิทยา และต้นฉบับที่ส่งไปยัง นิเวศวิทยา:

 git checkout v1.0.0

จากนั้นในการรัน R

 remake::make("export")
remake::make("manuscript")

การให้ข้อมูลแก่ BAAD

เรายินดีรับการสนับสนุนเพิ่มเติมแก่ BAAD

หากคุณต้องการร่วมให้ข้อมูล ข้อกำหนดก็คือ

1. ข้อมูลที่เก็บรวบรวมเป็นข้อมูลสำหรับไม้ยืนต้น
2. คุณรวบรวมข้อมูลชีวมวลหรือขนาดสำหรับบุคคลหลายรายภายในสายพันธุ์เดียว
3. คุณรวบรวมพื้นที่ใบทั้งหมดหรือการวัดมวลชีวมวลอย่างน้อยหนึ่งรายการ
4. การวัดมวลชีวมวลของคุณ (ที่มีอยู่) ได้มาจากการเก็บเกี่ยวโดยตรง ไม่ได้ประเมินผ่านสมการอัลโลเมตริก
5. คุณยินดีที่จะเปิดเผยข้อมูลภายใต้การอุทิศให้เป็นสาธารณสมบัติของ Creative Commons Zero

ดูคำแนะนำเหล่านี้เกี่ยวกับวิธีการเตรียมและส่งผลงานของคุณ

เมื่อให้ข้อมูลเพิ่มเติมอย่างเพียงพอแล้ว เราวางแผนที่จะส่งการอัปเดตไปยังเอกสารข้อมูลฉบับแรก โดยเชิญใครก็ตามที่มีส่วนร่วมตั้งแต่รายงานข้อมูลฉบับแรกในฐานะผู้เขียนร่วม

รับทราบ

เรารู้สึกขอบคุณอย่างยิ่งต่อทุกคนที่มีส่วนร่วมในข้อมูล เรายังขอขอบคุณแหล่งเงินทุนต่อไปนี้เพื่อสนับสนุนการรวบรวมข้อมูล DS Falster, A. Vårhammer และ DR Barneche ได้รับการว่าจ้างให้เป็นผู้ให้ทุนการค้นพบ ARC แก่ Falster (DP110102086) และทุนเริ่มต้น UWS ให้กับ RA Duursma RG FitzJohn ได้รับการสนับสนุนจากกองทุนเพื่อการพัฒนาวิทยาศาสตร์และอุตสาหกรรม (RP04-174) MI Ishihara ได้รับการสนับสนุนจากกองทุนวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีสิ่งแวดล้อม (S-9-3) ของกระทรวงสิ่งแวดล้อม ประเทศญี่ปุ่น