siar

SIAR v4.2.4.XXXX

การวิเคราะห์ไอโซโทปเสถียรในแพ็คเกจ R

อย่าใช้แพ็คเกจนี้ SIAR!!!!

• สิ่งสำคัญ: SIAR เสียชีวิตแล้ว (ตาย, หายไป, จบแล้ว)
  • โปรดใช้แพ็คเกจ SIBER สำหรับการปรับให้เข้ากับวงรีและตัวเรือนูน
  • โปรดใช้แพ็คเกจ MixSIAR เพื่อปรับโมเดลการผสมให้เหมาะสม ซึ่งเสนอชุดตัวเลือกล่าสุดสำหรับการรวมโควาเรียตเชิงเส้นและเอฟเฟกต์สุ่มแบบลำดับชั้นท่ามกลางการพัฒนาใหม่อื่นๆ คุณยังอาจใช้แพ็คเกจ simmr เพื่อติดตั้งโมเดลผสมเวอร์ชันเรียบง่ายหรือเวอร์ชัน Lite ได้อีกด้วย

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. การแบ่งแหล่งที่มาโดยใช้ไอโซโทปที่เสถียร: การรับมือกับการเปลี่ยนแปลงที่มากเกินไป กรุณาหนึ่ง, 5(3), e9672 . ดอย

เวอร์ชัน 4.2.4.XXXX

• SIAR หมดอายุแล้ว
  • โปรดใช้แพ็คเกจ SIBER สำหรับการปรับให้เข้ากับวงรีและตัวเรือนูน
  • โปรดใช้แพ็คเกจ MixSIAR เพื่อปรับโมเดลการผสมให้เหมาะสม ซึ่งเสนอชุดตัวเลือกล่าสุดสำหรับการรวมโควาเรียตเชิงเส้นและเอฟเฟกต์สุ่มแบบลำดับชั้นท่ามกลางการพัฒนาใหม่อื่นๆ คุณยังอาจใช้แพ็คเกจ simmr เพื่อติดตั้งโมเดลผสมเวอร์ชันเรียบง่ายหรือเวอร์ชัน Lite ได้อีกด้วย

เวอร์ชัน 4.2.4

• เพิ่มอาร์กิวเมนต์ 'color.src' (โดยตั้งค่าสีที่แตกต่างกัน 20 สีเป็นค่าเริ่มต้น) ให้กับฟังก์ชัน 'siarplotdatawrapper' และ 'siarplotdata' ในขณะที่ผู้ใช้สามารถตั้งค่าสีสำหรับรายการต้นฉบับได้ด้วยตัวเอง
• เปลี่ยนเอาต์พุตในฟังก์ชัน 'siarhdrs' จาก c("Low 95% hdr","High 95% hdr","mode"mean") เป็น c("Mean", "SD", "2.5%", " 5%", "25%", "50%", "75%", "95%", "97.5%") เป็นค่าเริ่มต้น
• เพิ่มค่าส่งคืนสำหรับฟังก์ชัน 'siarhdrs'

เวอร์ชัน 4.2.3 20 กุมภาพันธ์ 2018

• ข้อบกพร่องจาก 4.2.2.9000 รวมอยู่ด้วย
• ข้อบกพร่องในการติดฉลากเอาต์พุตช่วงเวลาที่น่าเชื่อถือโดย siarproportionbysourceplot และ siarproportionbygroupplot ได้รับการแก้ไขแล้ว

โปรแกรมแก้ไขด่วนเวอร์ชัน 4.2.2.9000 28 มีนาคม 2017

• อัปเดตเป็นแพ็คเกจ spatstat broke sear สิ่งนี้ถูกสลับเป็น spatstat.utils ในโปรแกรมแก้ไขด่วนบนสาขาหลัก

การแก้ไขเวอร์ชัน 4.2.2:

• บั๊กในการเรียก .C() สำหรับข้อมูลผู้บริโภคกลุ่มเดียวที่เกิดขึ้นเนื่องจาก dataframe ไม่ได้ถูกบังคับให้ฟอร์แมตซ้ำโดยอัตโนมัติ การบังคับขณะนี้เป็น as.double(as.matrix(some.data)) การดำเนินการนี้จะแก้ไข error: not a matrix

การแก้ไขเวอร์ชัน 4.2.1:

• จุดบกพร่องในรูทีน SIBER ในการแจกจ่าย Linux เมื่อโทรไปที่ bayesm:rmultireg ผ่าน sear:bayesMVN ที่ถูกพบโดย https://github.com/lsaravia
• อาร์กิวเมนต์ main="my Awesome Graph" ของ siadensityplot() ใช้งานได้แล้ว
• ความกว้างของบรรทัดในไฟล์ *.Rd ทั้งหมดขณะนี้ไม่เกินขีดจำกัด 90 ตัวอักษรสำหรับการสร้าง PDF
• ทำความสะอาดบางกรณีของการเรียก quartz() ที่ไม่ได้ใช้ไม่ว่าในกรณีใด

กำลังติดตั้ง SIAR

คุณสามารถติดตั้งได้โดยตรงจาก GitHub หากคุณติดตั้งแพ็คเกจ devtools แต่คุณไม่ควรจริงๆ แพ็คเกจนี้ไม่ได้รับการสนับสนุนอีกต่อไป และเป็นเพียงเท่านั้น

	library( devtools )
	install_github( " andrewljackson/siar@master " , build_vingettes = TRUE )
	library( siar )

บทช่วยสอน ความช่วยเหลือ และความช่วยเหลือ

มีเอกสารมากมายสำหรับการเริ่มต้นใช้งาน SIAR พร้อมลิงก์ไปยังไฟล์ตัวอย่าง วิดีโอพอดแคสต์ บทช่วยสอน ฯลฯ... หาได้จาก http://www.tcd.ie/Zoology/research/groups/jackson/projects/siar PHP นอกจากนี้ยังมีไฟล์และตัวอย่างเพิ่มเติมที่https://github.com/AndrewLJackson/SIAR-examples-and-queries และฉันจะรวมไฟล์ต่างๆ เหล่านี้ไว้ใน repo git นี้และ/หรือเว็บไซต์ git ที่แนบมาในอนาคต โปรดทราบว่าขณะนี้ฉันกำลังดำเนินการอัปเดตหลักสำหรับ SIBER ซึ่งจะถูกลบออกจากแพ็คเกจ SIAR ในบางจุด https://github.com/AndrewLJackson/SIBER-sandbox

รับทราบ

ขอบคุณ Natalie Cooper สำหรับความช่วยเหลือเกี่ยวกับคำแนะนำในการติดตั้ง Github และคำแนะนำ Git ทั่วไป!

สิ่งพิมพ์

Jackson, AL, Parnell, AC, Inger R. และ Bearhop, S. 2011. การเปรียบเทียบความกว้างเฉพาะของไอโซโทประหว่างและภายในชุมชน: SIBER - Isotope Bayesian Ellipses ที่เสถียรใน R. Journal of Animal Ecology, 80, 595-602 ดอย

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. การแบ่งแหล่งที่มาโดยใช้ไอโซโทปที่เสถียร: การรับมือกับการเปลี่ยนแปลงที่มากเกินไป กรุณาหนึ่ง, 5(3), e9672 . ดอย