หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

IDSL.CSA

แพ็คเกจ การวิเคราะห์สเปกตรัมคอมโพสิต (IDSL.CSA) R สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลมวลสารสเปกโตรเมตรีได้รับการพัฒนาโดย ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ข้อมูลแบบบูรณาการสำหรับเมตาบอโลมิกส์และ exposomics (IDSL.ME) แพ็คเกจนี้สามารถใช้สำหรับการแยกส่วนของสเปกตรัมการกระจายตัวที่ได้จากวิธีการวิเคราะห์ต่าง ๆ เช่นการวิเคราะห์ Deconvolution สเปกตรัมคอมโพสิต MS1 -only ( CSA ), การได้มาซึ่งข้อมูลขึ้นอยู่กับข้อมูล ( DDA ) และวิธีการซื้อข้อมูลอิสระ ( DIA ) , การแยกส่วนทั้งหมดของไอออน (AIF) และการวิเคราะห์ SWATH-MS จุดมุ่งหมายของแพ็คเกจ IDSL.CSA คือการช่วยในการปรับปรุงกระบวนการวิเคราะห์ข้อมูลและปรับปรุงคำอธิบายประกอบโครงสร้างทางเคมีโดยรวมในสาขาเมตาบอโลมิกส์และ exposomics

สารบัญ

  • คุณสมบัติของ idsl.csa
  • การติดตั้ง
  • เวิร์กโฟลว์
  • ตัวอย่างชุดด่วน
  • วิกิ
  • การอ้างอิง

คุณสมบัติของ idsl.csa

  1. การเลือกพารามิเตอร์ผ่านสเปรดชีตพารามิเตอร์ที่ใช้งานง่ายและอธิบายได้ดี
  2. การตรวจจับสูงสุดและการแยกโครมาโตแกรมสำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลการกระจายตัวที่หลากหลายรวมถึงการวิเคราะห์สเปกตรัมคอมโพสิต (CSA), การได้มาตามข้อมูล (DDA) และการได้มาซึ่งข้อมูลอิสระ (DIA)
  3. การวิเคราะห์ขนาดของประชากรการศึกษาที่ไม่ได้กำหนดเป้าหมาย (n> 500)
  4. การรวมโครงสร้างสารเคมีที่มีคำอธิบายประกอบบนตารางสูงสุดที่จัดเรียงโดยใช้เมตา-ตัวแปรเช่น inchikey, รอยยิ้ม, ประเภทสารตั้งต้น, สูตรโมเลกุล, ... ขึ้นอยู่กับข้อมูลในห้องสมุดอ้างอิง นี่เป็นคุณสมบัติที่ไม่เหมือนใครซึ่งนำเสนอโดย IDSL.CSA เท่านั้น หากต้องการทำความคุ้นเคยกับคุณสมบัติทางสถิติมวลสารนี้ลองใช้ param0006 ในแท็บ Start ในสเปรดชีตพารามิเตอร์ IDSL.CSA
  5. การสร้างชุด chromatograms ไอออนที่แยกออกจากกันแบบไม่ตรงเป้าหมาย (EIC) สำหรับการวิเคราะห์ DIA และ CSA นอกเหนือจากการสร้างตัวเลข DDA สเปกตรัมแบทช์
  6. การประมวลผลแบบขนานในสภาพแวดล้อม Windows และ Linux
  7. การรวมเข้ากับเวิร์กโฟลว์ IDSL.FSA เพื่อใส่หมายเหตุประกอบไฟล์ MSP ประเภทต่างๆและสร้างไลบรารีการกระจายตัว

การติดตั้ง 

 install.packages("IDSL.CSA")

เวิร์กโฟลว์

ก่อนที่จะประมวลผลข้อมูลมวลสารของคุณ ( MZXML , MZML , NETCDF ) โดยใช้เวิร์กโฟลว์ IDSL.CSA ข้อมูลมวลสารควรประมวลผลโดยใช้เวิร์กโฟลว์ IDSL.IPA เพื่อรับข้อมูลโครมาโตกราฟีของยอดเขา ( M/Z-RT ) เมื่อข้อมูล chromatographic ของรายการยอดนิยมที่จัดเรียงแต่ละรายการและรวมโดยใช้เวิร์กโฟลว์ IDSL.IPA ดาวน์โหลดสเปรดชีตพารามิเตอร์ IDSL.CSA และเลือกพารามิเตอร์ตามนั้นใช้สเปรดชีตนี้เป็นอินพุตสำหรับเวิร์กโฟลว์ IDSL.CSA: 

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

ตัวอย่างชุดด่วน

ทำตามขั้นตอนเหล่านี้สำหรับกรณีศึกษาอย่างรวดเร็ว (n = 33) ST002263 ซึ่งมีข้อมูล HF Hybrid Orbrid ที่แน่นอนที่เก็บรวบรวมในโหมด HILIC-ESI-POS/NEG

  1. ประมวลผลข้อมูลสเปคตรัมมวลสารดิบและข้อมูลโครมาโตกราฟีโดยใช้วิธีที่อธิบายไว้สำหรับ IDSL.IPA

  2. การวิเคราะห์สเปกตรัมคอมโพสิต ต้องใช้พารามิเตอร์ 39 พารามิเตอร์ที่แบ่งออกเป็น 5 ส่วนแยกสำหรับการวิเคราะห์แบบเต็มสเกล สำหรับการศึกษานี้ใช้ค่าพารามิเตอร์เริ่มต้นที่แสดงในสเปรดชีตพารามิเตอร์ IDSL.CSA ถัดไปให้ข้อมูลสำหรับ

    2.1. เลือก ใช่ สำหรับ param0001 ในแท็บ Start เพื่อประมวลผลเวิร์กโฟลว์ CSA เท่านั้น

    2.2. CSA0005 สำหรับ ที่อยู่ตำแหน่งข้อมูล HRMS (ข้อมูลระดับ HRMS MS1)

    2.3. CSA0008 สำหรับ ที่อยู่ของไดเรกทอรี peaklists ที่สร้างโดยเวิร์กโฟลว์ IDSL.IPA

    2.4. CSA0009 สำหรับ ที่อยู่ของไดเรกทอรี peak_alignment ที่สร้างโดยเวิร์กโฟลว์ IDSL.IPA

    2.5. CSA0011 สำหรับ ตำแหน่งเอาต์พุต (ไฟล์. msp และ eICS)

    2.6. คุณอาจเพิ่มจำนวนเธรดการประมวลผลโดยใช้ CSA0004 ตามกำลังการคำนวณของคุณ

  3. เรียกใช้คำสั่งนี้ในคอนโซล r/rstudio หรือเทอร์มินัล: 

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

  1. คุณสามารถแยกวิเคราะห์ผลลัพธ์ตามที่อยู่ที่คุณให้ไว้สำหรับ CSA0011

    4.1. CSA_MSP รวมไฟล์ . msp

    4.2. CSA_ADDUCT_ANNOTATION รวมถึงรายการยอดนิยมที่มีข้อมูล adduct ที่มีศักยภาพ

    4.3. PEAK_ALIGNMENT_SUBSET รวมถึงชุดย่อยของตารางสูงสุดที่จัดตำแหน่งสำหรับไอออนที่สำคัญในแต่ละคลัสเตอร์ CSA

    4.4. จัดตำแหน่ง _spectra_table รวมถึงข้อมูลสำหรับการรวม CSA ในตารางที่จัดตำแหน่ง

วิกิ

  1. การวิเคราะห์ CSA โดย IDSL.CSA
  2. การวิเคราะห์ DDA โดย IDSL.CSA
  3. การวิเคราะห์ DIA โดย IDSL.CSA
  4. การรวมสเปกตรัมที่ไม่ซ้ำกัน

การอ้างอิง

[1] Fakouri Baygi, S. , Kumar, Y. Barupal, DK IDSL.CSA: การวิเคราะห์สเปกตรัมคอมโพสิตสำหรับคำอธิบายประกอบทางเคมีของชุดข้อมูลเมแทบอลิซึมที่ไม่ได้กำหนดเป้าหมาย เคมีวิเคราะห์ , 2023 , 95 (25) , 9480–9487

[2] Fakouri Baygi, S. , Kumar, Y. Barupal, DK IDSL IPA แสดงลักษณะพื้นที่เคมีอินทรีย์ในชุดข้อมูล LC/HRMS ที่ไม่ได้กำหนดเป้าหมาย วารสารการวิจัยโปรตีโอเมียร์ , 2022 , 21 (6) , 1485-1494

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด