หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

คำใบ้

วิธีการคำนวณสำหรับการตรวจจับการเปลี่ยนแปลงหมายเลขสำเนาและการย้ายข้อมูลจากข้อมูล HI-C

สรุป

คำแนะนำ ( HI -C สำหรับการคัดลอก n umber การเปลี่ยนแปลงและการตรวจจับ t ranslocation), วิธีการคำนวณเพื่อตรวจจับ CNVs และ translocations จากข้อมูล HI -C คำแนะนำมีสามองค์ประกอบหลัก: คำแนะนำ-Pre , Hint-CNV และ Hint-TL คำแนะนำล่วงหน้าข้อมูล hi-c และคำนวณเมทริกซ์ติดต่อซึ่งเก็บความถี่ติดต่อระหว่างตำแหน่งจีโนมสองตำแหน่งใด ๆ ทั้ง Hint-CNV และ HINT-TL เริ่มต้นด้วยเมทริกซ์ติดต่อ Hi-C ทำนายเซ็กเมนต์หมายเลขสำเนาและการย้ายตำแหน่งระหว่างโครโมโซมตามลำดับตามลำดับ

ภาพรวมของเวิร์กโฟลว์คำแนะนำ:

การติดตั้ง

การพึ่งพาอาศัยกัน

แพ็คเกจ R และ R

  1. r> = 3.4
  2. MGCV, strucchange, doparallel, cairo, foreach

แพ็คเกจ Python และ Python

  1. Python> = 3.5
  2. pyparix> = 0.3.0, cooler> = 0.7.4, pairtools> = 0.2.2, numpy, scipy, pandas, sklearn, multiprocessing

Java และเครื่องมือที่เกี่ยวข้อง (ไม่จำเป็น: จำเป็นเมื่อต้องการประมวลผลข้อมูล HI-C ด้วยเครื่องมือคั้นน้ำผลไม้)

  1. Java (เวอร์ชัน> = 1.7)
  2. แนะนำให้ใช้เครื่องมือคั้นน้ำผลไม้ (1.8.9)

Perl

  1. perl (เวอร์ชัน> = 5)

การพึ่งพาอื่น ๆ

  1. Samtools (1.3.1+)
  2. BIC-SEQ2 (0.7.3)! นี่เป็นทางเลือก: หากคุณไม่ต้องการเรียกใช้ Hint-CNV คุณไม่จำเป็นต้องใช้แพ็คเกจนี้ [ดาวน์โหลด BICSEQ2, เปิดซิปและให้เส้นทางของ BICSEQ2-SEG_V0.7.3 (/path/to/To/BICSEQ2-SEG_V0.7.3)]
  3. BWA (0.7.16+)! เป็นทางเลือก: จำเป็นเฉพาะเมื่ออินพุตของคุณเป็น FastQ
  4. Tabix (0.2.6)

ติดตั้งคำใบ้

  • วิธีการที่ 1: ติดตั้งโดยใช้ Conda (แนะนำเป็นอย่างยิ่ง)

    $ conda install -c su hint

    หรือ

    $ conda install hint

  • Method2: ติดตั้งจาก PYPI โดยใช้ PIP

    $ pip install HiNT-Packages

  • Method3: ติดตั้งด้วยตนเอง

    1. ติดตั้งการพึ่งพาคำใบ้
    2. ดาวน์โหลด Hint git clone https://github.com/parklab/HiNT.git
    3. ไปที่ไดเรกทอรีคำแนะนำติดตั้งโดย $ python setup.py install

    *** พิมพ์ $ hint เพื่อทดสอบว่าติดตั้งได้สำเร็จ

  • วิธีที่ 4: เรียกใช้คำใบ้ในคอนเทนเนอร์ Docker (แนะนำเป็นอย่างยิ่ง)

    $ docker pull suwangbio/hint

    $ docker run suwangbio/hint hint

    ดูรายละเอียดการใช้งานในหน้าคำแนะนำที่ Docker Hub

ดาวน์โหลดไฟล์อ้างอิงที่ใช้ในคำใบ้ที่นี่

  1. ดาวน์โหลดคำแนะนำอ้างอิงที่นี่ ปัจจุบันมีเฉพาะ HG19, HG38 และ MM10 เปิดเครื่องซิป $ unzip hg19.zip
  2. ดาวน์โหลดเมทริกซ์พื้นหลังคำแนะนำที่นี่ ปัจจุบันมีเฉพาะ HG19, HG38 และ MM10 เปิดเครื่องซิป $ unzip hg19.zip
  3. ดาวน์โหลดไฟล์ดัชนี BWA ที่นี่ ปัจจุบันมีเฉพาะ HG19, HG38 และ MM10 เปิดเครื่องซิป $ unzip hg19.zip

เริ่มต้นอย่างรวดเร็ว

  • ดาวน์โหลดชุดข้อมูลทดสอบจากที่นี่

คำแนะนำ

คำแนะนำก่อน: การประมวลผลข้อมูล HI-C ล่วงหน้า คำใบ้ก่อนจะจัดตำแหน่งการสร้างเมทริกซ์ติดต่อและการทำให้เป็นมาตรฐานในบรรทัดคำสั่งเดียว

$ hint pre -d /path/to/hic_1.fastq.gz,/path/to/hic_2.fastq.gz -i /path/to/bwaIndex/hg19/hg19.fa --refdir /path/to/refData/hg19 --informat fastq --outformat cooler -g hg19 -n test -o /path/to/outputdir --pairtoolspath /path/to/pairtools --samtoolspath /path/to/samtools --coolerpath /path/to/cooler

$ hint pre -d /path/to/test.bam --refdir /path/to/refData/hg19 --informat bam --outformat juicer -g hg19 -n test -o /path/to/outputdir --pairtoolspath /path/to/pairtools --samtoolspath /path/to/samtools --juicerpath /path/to/juicer_tools.1.8.9_jcuda.0.8.jar

ใช้ $ which samtools $ which pairtools $ which cooler เพื่อรับเส้นทางที่แน่นอนของเครื่องมือเหล่านี้และ /path/to/juicer_tools.1.8.9_jcuda.0.8.jar ควรเป็นเส้นทางที่คุณเก็บไฟล์นี้

ดูรายละเอียดและตัวเลือกเพิ่มเติม

$ hint pre -h

คำใบ้ -CNV

คำแนะนำ CNV: การทำนายข้อมูลหมายเลขสำเนารวมถึงการแบ่งส่วนจาก HI-C

$ hint cnv -m contactMatrix.cool -f cooler --refdir /path/to/refDir/hg19 -r 50 -g hg19 -n test -o /path/to/outputDir --bicseq /path/to/BICseq2-seg_v0.7.3 -e MboI

$ hint cnv -m /path/to/4DNFIS6HAUPP.mcool::/resolutions/50000 -f cooler --refdir /path/to/refDir/hg38 -r 50 -g hg38 -n HepG2 --bicseq /path/to/BICseq2-seg_v0.7.3 -e DpnII --maptrack 36mer

$ hint cnv -m /path/to/4DNFICSTCJQZ.hic -f juicer --refdir /path/to/refDir/hg38 -r 50 -g hg38 -n HepG2 --bicseq /path/to/BICseq2-seg_v0.7.3 -e DpnII

$ hint cnv -m /path/to/4DNFICSTCJQZ.hic -f juicer --refdir /path/to/refDir/hg38 -r 50 -g hg38 -n HepG2 --bicseq /path/to/BICseq2-seg_v0.7.3 -e DpnII --doiter

/path/to/BICseq2-seg_v0.7.3 ควรเป็นเส้นทางที่คุณเก็บแพ็คเกจนี้

ดูรายละเอียดและตัวเลือกเพิ่มเติม

$ hint cnv -h

คำใบ้ TL

คำใบ้ TL: interchromosomal translocations และการตรวจจับจุดเบรกจาก HI-C inter-chromosomal matrices

$ hint tl -m /path/to/data_1Mb.cool,/path/to/data_100kb.cool --chimeric /path/to/test_chimeric.sorted.pairsam.gz --refdir /path/to/refDir/hg19 --backdir /path/to/backgroundMatrices/hg19 --ppath /path/to/pairix -f cooler -g hg19 -n test -o /path/to/outputDir

$ hint tl -m /path/to/4DNFIS6HAUPP.mcool::/resolutions/1000000,/path/to/4DNFIS6HAUPP.mcool::/resolutions/100000 -f cooler --refdir /path/to/refDir/hg38 --backdir /path/to/backgroundMatrices/hg38 -g hg38 -n 4DNFICSTCJQZ -c 0.05 --ppath /path/to/pairix -p 12

$ hint tl -m /path/to/4DNFICSTCJQZ.hic -f juicer --refdir /path/to/refData/hg38 --backdir /path/to/backgroundMatrices/hg38 -g hg38 -n 4DNFICSTCJQZ -c 0.05 --ppath /path/to/pairix -p 12 -o HiNTtransl_juicerOUTPUT

ใช้ $ which pairix เพื่อรับเส้นทางที่สมบูรณ์ของ pairix

ดูรายละเอียดและตัวเลือกเพิ่มเติม

$ hint tl -h

เอาต์พุตของคำใบ้

เอาต์พุตคำแนะนำ

ในไดเรกทอรีเอาท์พุทคำแนะนำคุณจะพบ

  1. jobname.bam จัดตำแหน่งไฟล์ Lossless ในรูปแบบ BAM
  2. jobname_merged_valid.pairs.gz อ่านคู่ในรูปแบบคู่
  3. jobname_chimeric.sorted.pairsam.gz คู่อ่าน chimeric ที่คลุมเครือซึ่งใช้สำหรับการตรวจจับจุดพักในรูปแบบคู่
  4. jobname_valid.sorted.deduped.pairsam.gz คู่อ่านที่ถูกต้องที่ใช้สำหรับการสร้างเมทริกซ์การติดต่อ Hi-C ในรูปแบบ mairsam
  5. jobname.mcool hi-c ติดต่อเมทริกซ์ในรูปแบบเย็น
  6. jobname.hic hi-c ติดต่อเมทริกซ์ในรูปแบบ hic

เอาต์พุตคำแนะนำ CNV

ในไดเรกทอรีเอาท์พุท Hint-CNV คุณจะพบ

  1. jobname_GAMPoisson.pdf ผลการถดถอย GAM
  2. segmentation/jobname_bicsq_allchroms.txt เซ็กเมนต์ CNV ที่มีอัตราส่วนการคัดลอก log2 และค่า p ในไฟล์ txt
  3. segmentation/jobname_resolution_CNV_segments.png รูปที่จะเห็นภาพกลุ่ม CNV
  4. segmentation/jobname_bicseq_allchroms.l2r.pdf รูปเพื่อแสดงภาพการปันส่วนการคัดลอก log2 ในแต่ละถัง (ขนาดถัง = ความละเอียดที่คุณตั้งไว้)
  5. segmentation/other_files ที่ใช้ในการเรียกใช้ bic-seq
  6. jonname_dataForRegression/* ข้อมูลที่ใช้สำหรับการถดถอยเช่นเดียวกับที่เหลือหลังจากลบอคติ Hi-C

เอาท์พุทคำแนะนำ TL

ในไดเรกทอรีเอาท์พุท Hint-TL คุณจะพบ

  1. jobname_Translocation_IntegratedBP.txt จุดพักการเคลื่อนที่แบบบูรณาการขั้นสุดท้าย
  2. jobname_chrompairs_rankProduct.txt อันดับผลิตภัณฑ์ทำนายคู่โครโมโซมที่มีศักยภาพ
  3. ไฟล์กลาง otherFolders ที่ใช้ในการระบุจุดพักการเคลื่อนที่
ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด