kma

ให้ฉันอยู่รอบ ๆ ( kma ): การตรวจจับการเก็บรักษา intron

kma เป็นแพ็คเกจ R ที่ดำเนินการประมาณการและตรวจจับการเก็บรักษา intron โดยใช้ซ้ำทางชีวภาพและการสุ่มตัวอย่างใหม่ สามารถพบรหัสที่อัปเดตได้ที่ https://github.com/pachterlab/kma

การติดตั้ง

ในการติดตั้งก่อนอื่นให้แน่ใจว่าคุณมีแพ็คเกจที่จำเป็น:

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

จากนั้นคุณสามารถติดตั้งแพ็คเกจโดยใช้ devtools :

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

สมมติว่าทุกอย่างเป็นไปด้วยดีโหลด kma :

 library("kma")

การสอน

หลังจากติดตั้งแล้วโปรดดูบทความสั้น ๆ ใน R:

 vignette("kma")

ข้อบกพร่องและคำขอคุณสมบัติ

กรุณายื่นสิ่งเหล่านี้ใน GitHub

งานในอนาคต

• เครื่องมือวางแผนการวิเคราะห์เชิงสำรวจเพิ่มเติม
• ให้การวิเคราะห์การใช้ intron ที่แตกต่างกันระหว่างเงื่อนไขการทดลอง
  • ขณะนี้เรามีแนวคิดบางอย่างเกี่ยวกับวิธีการทำสิ่งนี้และมีแนวโน้มที่จะนำไปใช้ในไม่ช้า
• ให้การวิเคราะห์อนุกรมเวลา

ผู้เขียน

ซอฟต์แวร์ได้รับการพัฒนาโดย Harold Pimentel วิธีการได้รับการพัฒนาด้วย Lior Pachter และ John Conboy

เครื่องมือโอเพ่นซอร์สที่เกี่ยวข้อง

ด้านล่างคุณจะพบรายการเครื่องมือที่เกี่ยวข้องและวิธีที่แตกต่างจาก kma

dexseq

Dexseq มีความสนใจในการใช้งานที่แตกต่างกันในภูมิภาค Genic เป็นผลให้มันไม่ได้ระบุว่า intron กำลังถูก "ใช้" (เทียบกับการแสดงออกของ transript) เพียงว่ามันเป็น "ใช้แตกต่างกัน"

มิโซะ

MISO สามารถคำนวณเปอร์เซ็นต์การต่อเนื่องใน (psi) แม้ว่าในปัจจุบันจะต้องมีคำอธิบายประกอบที่ได้รับการแก้ไขจากเว็บไซต์ของพวกเขา kma สามารถทำงานกับคำอธิบายประกอบใด ๆ ได้เนื่องจากคำอธิบายประกอบจะถูกประมวลผลในระหว่างขั้นตอนการประมวลผลล่วงหน้า นอกจากนี้ MISO ยังไม่ได้ให้บริการในตัวสำหรับการทำซ้ำ