ariba
2.14.7
การระบุความต้านทานยาต้านจุลชีพโดยการประกอบ
สำหรับวิธีใช้ Ariba โปรดดูหน้า Ariba Wiki
โปรดทราบ: ขณะนี้เราไม่มีทรัพยากรที่จะให้การสนับสนุนสำหรับ Ariba - ดูส่วนข้อเสนอแนะ/ปัญหา
การแนะนำ
เริ่มต้นอย่างรวดเร็ว
การติดตั้ง
การพึ่งพาที่จำเป็น
ใช้ pip3
จากแหล่งกำเนิด
นักเทียบท่า
ความเป็นเอกเทศ
Debian (การทดสอบ)
Ubuntu
การพึ่งพาและตัวแปรสภาพแวดล้อม
ไฟล์ชั่วคราว
การใช้งาน
ใบอนุญาต
ข้อเสนอแนะ/ปัญหา
การอ้างอิง
Ariba เป็นเครื่องมือที่ระบุยีนต้านทานยาปฏิชีวนะโดยใช้ชุดประกอบในท้องถิ่น นอกจากนี้ยังสามารถใช้สำหรับการโทร MLST
อินพุตเป็นไฟล์ fasta ของลำดับการอ้างอิง (สามารถผสมผสานระหว่างยีนและลำดับการไม่เข้ารหัส) และการอ่านลำดับที่จับคู่ Ariba รายงานว่าลำดับการอ้างอิงใดที่พบรวมถึงข้อมูลรายละเอียดเกี่ยวกับคุณภาพของแอสเซมบลีและตัวแปรใด ๆ ระหว่างการอ่านลำดับและลำดับการอ้างอิง
รับข้อมูลอ้างอิงตัวอย่างจากการ์ด ดู Getref สำหรับรายการทั้งหมด
ariba getref ncbi out.ncbi
เตรียมข้อมูลอ้างอิงสำหรับ Ariba:
ariba prepareref -f out.ncbi.fa -m out.ncbi.tsv out.ncbi.prepareref
เรียกใช้แอสเซมบลีท้องถิ่นและสายพันธุ์โทร:
ariba run out.ncbi.prepareref reads1.fastq reads2.fastq out.run
สรุปข้อมูลจากการรันหลายครั้ง:
ariba summary out.summary out.run1/report1.tsv out.run2/report2.tsv out.run3/report3.tsv
โปรดอ่านหน้า Ariba Wiki สำหรับคำแนะนำการใช้งานเต็มรูปแบบ
การสอนสมุดบันทึก Jupyter
หากคุณพบปัญหาเมื่อติดตั้ง Ariba โปรดติดต่อผู้ดูแลระบบในพื้นที่ของคุณ หากคุณพบข้อผิดพลาดคุณสามารถเข้าสู่ระบบได้ที่นี่
รุ่น Python3> = 3.6.0
Bowtie2 เวอร์ชัน> = 2.1.0
รุ่น CD-HIT> = 4.6
เวอร์ชัน Mummer> = 3.23
Ariba ยังขึ้นอยู่กับแพ็คเกจ Python หลายแห่งซึ่งทั้งหมดมีให้ผ่าน PIP การติดตั้ง Ariba ด้วย PIP3 จะได้รับสิ่งเหล่านี้โดยอัตโนมัติหากยังไม่ได้ติดตั้ง:
dendropy> = 4.2.0
matplotlib> = 3.1.0
pyfastaq> = 3.12.0
Pysam> = 0.9.1
pymummer> = 0.10.1
biopython
ติดตั้ง Ariba โดยใช้ PIP:
pip3 install ariba
ดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดจากที่เก็บ GitHub นี้หรือโคลน เรียกใช้การทดสอบ:
python3 setup.py test
หมายเหตุสำหรับ OS X: การทดสอบต้องใช้ GAWK ซึ่งจะต้องติดตั้งแยกต่างหากเช่นผ่าน Homebrew
หากการทดสอบทั้งหมดผ่านให้ติดตั้ง:
python3 setup.py install
หรือติดตั้งโดยตรงจาก GitHub โดยใช้:
pip3 install git+https://github.com/sanger-pathogens/ariba.git #--user
Ariba สามารถเรียกใช้ในคอนเทนเนอร์ Docker ติดตั้ง Docker ก่อนจากนั้นติดตั้ง Ariba เวอร์ชันล่าสุด:
docker pull gchr.io/sanger-pathogens/ariba:latest
ภาพนักเทียบท่าทั้งหมดแสดงอยู่ในหน้าแพ็คเกจ
หากต้องการใช้ Ariba ใช้คำสั่งเช่นนี้ (แทนที่ในไดเรกทอรีของคุณ) ซึ่งไฟล์ของคุณจะถูกเก็บไว้ใน/home/ubuntu/data:
docker run --rm -it -v /home/ubuntu/data:/data sangerpathogens/ariba ariba -h
เมื่อเรียก Ariba ผ่าน Docker (ดังกล่าวข้างต้น) คุณจะต้องเพิ่ม /ข้อมูล / ด้านหน้าของชื่อทั้งหมดที่ส่งผ่านในไฟล์หรือไดเรกทอรี (เช่น /data /my_output_folder)
Ariba สามารถทำงานในภาชนะที่เป็นเอกเทศได้ ติดตั้งเป็นเอกเทศครั้งแรก การเปิดตัวรวมถึงภาพเอกพจน์ที่จะดาวน์โหลด
หรือสร้างภาพความเป็นเอกเทศของคุณเอง:
singularity build ariba.simg Singularity.def
Ariba มีให้บริการใน Debian เวอร์ชันล่าสุดและเมื่อเวลาผ่านไปจะกรองผ่าน Ubuntu และการแจกแจงอื่น ๆ ที่ใช้ Debian เพื่อติดตั้งเป็นรูท:
sudo apt-get install ariba
คุณสามารถใช้ apt-get (ดูด้านบน) หรือเพื่อให้แน่ใจว่าคุณได้รับ Ariba เวอร์ชันล่าสุดสามารถใช้คำสั่งต่อไปนี้เพื่อติดตั้ง Ariba และการอ้างอิง สิ่งนี้ได้รับการทดสอบในอินสแตนซ์ใหม่ของ Ubuntu 16.04
sudo apt-get update sudo apt-get install -y python3-dev python3-pip python3-tk zlib1g-dev bowtie2 mummer cd-hit export ARIBA_CDHIT=cdhit-est sudo pip3 install ariba
โดยค่าเริ่มต้น Ariba จะค้นหาการพึ่งพาใน $PATH ของคุณโดยใช้ชื่อในตารางด้านล่าง พฤติกรรมนี้สามารถแทนที่และจุด Ariba ไปยังโปรแกรมเฉพาะโดยใช้ตัวแปรสภาพแวดล้อม ตัวแปรสภาพแวดล้อมจะถูกตรวจสอบก่อนและใช้หากตั้งค่า มิฉะนั้น Ariba จะดูใน $PATH ของคุณสำหรับชื่อเริ่มต้น สิ่งนี้ใช้กับการพึ่งพาต่อไปนี้
| การพึ่งพาอาศัยกัน | เรียกใช้งานเริ่มต้น | ชื่อตัวแปรสภาพแวดล้อม |
|---|---|---|
| Bowtie2 | bowtie2 | $ARIBA_BOWTIE2 |
| CD-HIT (EST) | cd-hit-est | $ARIBA_CDHIT |
ตัวอย่างเช่นคุณสามารถระบุเวอร์ชันที่แน่นอนของ Bowtie2 ที่เรียกใช้งานได้ที่คุณรวบรวมและดาวน์โหลดในโฮมไดเร็กตอรี่ของคุณ (สมมติว่า Bash):
export ARIBA_BOWTIE2=$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2
โปรดทราบว่า Ariba ยังใช้ bowtie2-build ซึ่งใช้ bowtie2 ที่ใช้งานได้กับ -build ต่อท้าย ดังนั้นในกรณีนี้มันจะพยายามใช้
$HOME/bowtie2-2.1.0/bowtie2-build
Ariba สามารถสร้างไฟล์จำนวนมากได้ชั่วคราวในขณะที่กำลังทำงานอยู่ซึ่งอยู่ในไดเรกทอรีชั่วคราวที่สร้างโดย Ariba ขนาดทั้งหมดของไฟล์เหล่านี้มีขนาดเล็ก แต่อาจมีหลายไฟล์ นี่อาจเป็นปัญหาเมื่อใช้งานจำนวนมาก (100s หรือ 1,000s) ของงานพร้อมกันในระบบไฟล์เดียวกัน ไดเรกทอรีหลักของไดเรกทอรีชั่วคราวจะถูกกำหนดในลำดับต่อไปนี้:
ค่าของตัวเลือก --tmp_dir (ถ้าใช้ตัวเลือกนั้น)
ตัวแปรสภาพแวดล้อม $ARIBA_TMPDIR (ถ้ามีการตั้งค่า)
ตัวแปรสภาพแวดล้อม $TMPDIR (ถ้ามีการตั้งค่า)
หากไม่พบสิ่งใดข้างต้นให้ใช้ไดเรกทอรีเอาต์พุตของรัน
ไดเรกทอรีชั่วคราวแต่ละรายการนั้นไม่ซ้ำกันกับการเรียกใช้ Ariba หนึ่งครั้งและถูกลบโดยอัตโนมัติเมื่อสิ้นสุดการวิ่ง (แม้ว่า Ariba ถูกฆ่าโดยผู้ใช้หรือชน) ตัวอย่างเช่น,
export $ARIBA_TMPDIR=/tmp
จะส่งผลให้เกิดการสร้างไดเรกทอรีใหม่ภายใน /tmp ซึ่งจะมีชื่อของแบบฟอร์ม
/tmp/ariba.tmp.abcdef
ในกรณีที่คำต่อท้าย abcdef เป็นสตริงแบบสุ่มของอักขระเลือกที่ /tmp/ariba.tmp.abcdef ไม่มีอยู่
ข้อยกเว้นข้างต้นคือถ้าใช้ตัวเลือก --noclean นี้บังคับให้มีการวางไดเรกทอรีชั่วคราวในไดเรกทอรีเอาต์พุตและเก็บไฟล์ชั่วคราวไว้ มันมีไว้สำหรับการดีบัก
usage: ariba <command> <options> optional arguments: -h, --help show this help message and exit Available commands: aln2meta Converts multi-aln fasta and SNPs to metadata expandflag Expands flag column of report file flag Translate the meaning of a flag getref Download reference data micplot Make violin/dot plots using MIC data prepareref Prepare reference data for input to "run" pubmlstget Download species from PubMLST and make db pubmlstspecies Get list of available species from PubMLST refquery Get cluster or sequence info from prepareref output run Run the local assembly pipeline summary Summarise multiple reports made by "run" test Run small built-in test dataset version Get versions and exit
โปรดอ่านหน้า Ariba Wiki สำหรับคำแนะนำการใช้งานเต็มรูปแบบ
Ariba เป็นซอฟต์แวร์ฟรีที่ได้รับอนุญาตภายใต้ GPLV3
ขณะนี้เราไม่มีทรัพยากรที่จะให้การสนับสนุนสำหรับ Ariba อย่างไรก็ตามชุมชนอาจสามารถช่วยคุณได้หากคุณรายงานปัญหาใด ๆ เกี่ยวกับการใช้ซอฟต์แวร์ไปยังหน้าปัญหา
หากคุณใช้ซอฟต์แวร์นี้โปรดอ้างอิง:
Ariba: จีโนไทป์ต่อต้านยาต้านจุลชีพอย่างรวดเร็วโดยตรงจากการจัดลำดับอ่าน Hunt M, Mather AE, Sánchez-Busó L, หน้า AJ, Parkhill J, Keane JA, Harris Sr จีโนมจุลินทรีย์ 2017. ดอย: 110.1099/mgen.0.000131
