หน้าแรก>การเขียนโปรแกรมที่เกี่ยวข้อง>ซอร์สโค้ดอื่น ๆ
ดาวน์โหลด

Varus: การวาดตัวอย่างที่หลากหลายจากห้องสมุด RNA-seq

Varus ถูกเขียนขึ้นโดย Willy Bruhn ในฐานะวิทยานิพนธ์ระดับปริญญาตรีภายใต้การดูแลของ Mario Stanke ที่เก็บนี้เป็นสำเนาของ https://github.com/willybruhn/varus ที่ผลิตในเดือนพฤศจิกายน 2018 และมีข้อผิดพลาดมากมายคุณลักษณะฐานข้อมูล intron ที่เพิ่มขึ้นและส่วนขยายสำหรับการใช้โปรแกรมการจัดตำแหน่งทางเลือก Hisat al

Varus ทำการเลือกและดาวน์โหลด RNA-seq จำนวน จำกัด โดยอัตโนมัติจากที่ NCBI ของ NCBI Read Read Archive (SRA) ซึ่งกำหนดเป้าหมายการครอบคลุมที่สูง พอ สำหรับยีนจำนวนมากเพื่อจุดประสงค์ในการฝึกอบรมจีโนมและคำอธิบายประกอบจีโนม การวนซ้ำแต่ละอัลกอริทึมออนไลน์

  • เลือก Run to Download ที่คาดว่าจะเติมเต็มการอ่านที่ดาวน์โหลดก่อนหน้านี้
  • ดาวน์โหลดตัวอย่างของการอ่าน ("แบทช์") จาก Run with FastQ-Dump
  • จัดเรียงการอ่านกับ Star หรือ Hisat
  • ประเมินการจัดตำแหน่ง

การติดตั้ง

ลินเวกซ์

เรียกใช้คำสั่งต่อไปนี้จากบรรทัดคำสั่งเพื่อโคลนที่เก็บ: 

git clone https://github.com/MarioStanke/VARUS.git

Varus ขึ้นอยู่กับ

  • Samtools
  • bamtools ติดตั้งบน ubuntu ด้วย sudo apt-get install bamtools libbamtools-dev
  • FastQ-Dump และ
  • Star หรือ HISAT2 (ทดสอบกับ HISAT 2, เวอร์ชัน 2.0.0-beta)

รวบรวม Varus ด้วยตนเองด้วย 

 cd Implementation
make

ปิดการใช้งานแคช NCBI

โดยค่าเริ่มต้นเครื่องมือ NCBI fastq-dump สร้างไฟล์ชั่วคราวภายใต้ ~/ncbi ที่มีขนาดเท่ากันกับไฟล์รันที่ดาวน์โหลดข้อมูลแม้ว่าจะดาวน์โหลดเพียงส่วนเล็ก ๆ เท่านั้น ปิดการใช้งานพฤติกรรมการแคชที่อาจต้องใช้พื้นที่ฮาร์ดไดรฟ์มากเกินไปสำหรับผู้ใช้ส่วนใหญ่ด้วย 

 mkdir -p ~/.ncbi
echo '/repository/user/cache-disabled = "true"' >> ~/.ncbi/user-settings.mkfg

เริ่มต้น

ตัวอย่าง

เปลี่ยนเป็น example ไดเรกทอรีและทำตามคำแนะนำในตัวอย่าง/readme

เรียกใช้ varus

คัดลอกไฟล์ VARUSparameters.txt จากโฟลเดอร์ตัวอย่างไปยังไดเรกทอรีการทำงานของคุณและปรับหากจำเป็น:

พารามิเตอร์ที่สำคัญที่สุด:

-Batchsize ระบุจำนวนการอ่านที่ควรดาวน์โหลดในการวนซ้ำแต่ละครั้ง (เช่น 50000 หรือ 200000)

-MaxBatches ระบุจำนวนแบทช์ที่ควรดาวน์โหลดมากที่สุด

เอาต์พุตสุดท้ายคือไฟล์การจัดตำแหน่ง spliced ​​ที่เรียงลำดับ (แบทช์ทั้งหมดเข้าด้วยกัน) เรียกว่า varus.bam

การอ้างอิง

โปรดอ้างอิง: Varus: การสุ่มตัวอย่าง RNA เสริมอ่านจากลำดับการอ่านลำดับ 2019; BMC Bioinformatics , 20: 558

Varus ที่ PAG2019

โปสเตอร์

วิทยานิพนธ์ปริญญาตรี

ค้นหาวิทยานิพนธ์ปริญญาตรีของ Willy Bruhn ที่สอดคล้องกับ Varus in /docs /วิทยานิพนธ์

ขยาย
ข้อมูลเพิ่มเติม
แอปที่เกี่ยวข้อง
แนะนำสำหรับคุณ
ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ทั้งหมด