SIQ

SIQ

การสอบสวนลำดับและคุณสมบัติอยู่ที่นั่นเพื่อทำการวิเคราะห์เกี่ยวกับข้อมูลการจัดลำดับเป้าหมาย SIQ สร้างโปรไฟล์การกลายพันธุ์ที่สามารถมองเห็นได้แบบโต้ตอบโดยใช้ SIQPlotter มันถูกเขียนขึ้นใน Java เพื่อให้ทุกคนที่มีคอมพิวเตอร์สามารถใช้โปรแกรมนี้เพื่อวิเคราะห์ลำดับของพวกเขา เราได้ออกแบบและใช้เครื่องมือนี้สำหรับทุกคนที่ไม่มีพื้นหลังในสารสนเทศเพื่อให้สามารถวิเคราะห์ข้อมูล NGS ได้

สำหรับคู่มือผู้ใช้โดยละเอียดโปรดดาวน์โหลดและอ่าน:

คู่มือผู้ใช้

และนอกจากนี้คุณสามารถรับชมวิดีโอที่เราทำเพื่อให้คุณใช้งานได้ง่าย SIQ:

บทช่วยสอนวิดีโอ

หากคุณได้ดูวิดีโอทั้งหมดอ่านคู่มือผู้ใช้ทั้งหมดและยังคงมีปัญหาเกี่ยวกับการเรียกใช้ SIQ หรือวิเคราะห์ข้อมูลของคุณโปรดสร้างปัญหาที่นี่หรือส่งอีเมลถึงเรา ดู SIQ Paper สำหรับรายละเอียดการติดต่อ

สำหรับผู้ที่ต้องการติดตาม ReadMe เพิ่มเติมเราได้รวมคู่มือผู้ใช้สั้น ๆ ไว้ด้านล่าง:

สารบัญ

• การติดตั้ง
• เรียกใช้ siq
• วิเคราะห์ข้อมูลด้วย siqplotter
• การแก้ไขปัญหา
• บทช่วยสอนวิดีโอ

การติดตั้ง

• ดาวน์โหลดไฟล์ java .jar ล่าสุดที่มี SIQ จากที่เก็บนี้ที่นี่

ดาวน์โหลดไฟล์. jar ล่าสุดจากที่เก็บนี้ คุณสามารถดับเบิลคลิกและควรทำงานโดยตรง สิ่งเดียวที่คุณต้องการคือเวอร์ชัน Java ที่ใช้งานได้ (1.8 ขึ้นไป) โปรดตรวจสอบให้แน่ใจว่าติดตั้ง Java รุ่น 64 บิต ดาวน์โหลดและติดตั้ง Java ที่นี่

หมายเหตุ: ระบบปฏิบัติการส่วนใหญ่เช่น MacOS และ Windows ไม่ไว้วางใจไฟล์ใด ๆ ที่มาจากอินเทอร์เน็ต สำหรับ MacOS โปรดกด 'ควบคุม' + คลิกที่ไฟล์ JAR เพื่อเปิด การแจ้งเตือนนี้จะปรากฏขึ้นในครั้งแรกเท่านั้น

เรียกใช้ siq

เมื่อ SIQ เริ่มต้นขึ้นคุณควรเห็นหน้าจอต่อไปนี้:

SIQ สามารถใช้ในการวิเคราะห์ข้อมูลประเภทต่อไปนี้:

• Sanger Sequences (.AB1 ไฟล์) ( หมายเหตุ: เฉพาะลำดับ Sanger ที่มีการกลายพันธุ์เดียวเท่านั้นที่สามารถวิเคราะห์ได้ )
• Illumina single และ end-end data (.fastq หรือ. fastq.gz ไฟล์)
• ข้อมูล PACBIO (.FastQ หรือ. Fastq.gz) ไฟล์
• ข้อมูล ONT (.fastq หรือ. fastq.gz) หมายเหตุ: ตรวจสอบให้แน่ใจว่าได้ตรวจสอบตัวเลือก 'เปิดใช้งานการวิเคราะห์การอ่านระยะยาว (PACBIO/ONT)'

เมื่อตั้งค่าการทดลองลำดับเป้าหมายของคุณโดยทั่วไปคุณจะใช้ไพรเมอร์สองตัวเพื่อขยายความสนใจของคุณ นอกจากนี้คุณ (ทางเลือก) มีเว็บไซต์เป้าหมายที่คาดหวังสำหรับการทดลองของคุณ นี่เป็นตัวอย่างเช่นถ้าคุณใช้ CRISPR CAS9, CAS13, I-SCEI หรือเอนไซม์อื่น ๆ เพื่อกำหนดเป้าหมาย DNA นอกจากนี้เรายังใช้ SIQ เพื่อวิเคราะห์ไซต์ต่าง ๆ เช่นไซต์ transposon, ไซต์ของลำดับ G-quadruplex SIQ ใช้ตำแหน่งเหล่านี้เป็น 1) พยายามระบุการเปลี่ยนแปลงลำดับโดยเฉพาะอย่างยิ่งในตำแหน่งนี้ 2) เพื่อให้แน่ใจว่าไพรเมอร์ PCR ของคุณขยายจากตำแหน่งที่คาดไว้ (ดูตัวกรองด้านล่าง)

SIQ มีความเป็นไปได้สำหรับการป้อนข้อมูลต่อไปนี้:

• R1 - ไฟล์ลำดับ (จำเป็น)
• R2 - ไฟล์ลำดับปลายที่จับคู่ หาก SIQ ที่ให้ไว้จะรวม R1 และ R2 โดยใช้ Flash (ไม่บังคับ)
• การอ้างอิง - ไฟล์อ้างอิงที่มีลำดับดีเอ็นเอของคุณในรูปแบบ Fasta จำเป็นต้องมีลำดับไพรเมอร์เช่นกันหากให้มา เก็บไฟล์อ้างอิงให้เล็กเนื่องจากจะกำหนดรันไทม์ของ SIQ (จำเป็น)
• นามแฝง - ชื่อตัวอย่างของคุณ (จำเป็น)
• ปีกซ้าย - การยืดของ DNA ที่เพิ่งสัมผัสไซต์เป้าหมายที่คาดหวังของคุณ ดูตัวอย่างกราฟิกด้านล่าง (จำเป็นต้องดูที่ปีก)
• ปีกขวา - การยืดของ DNA ที่เพิ่งสัมผัสไซต์เป้าหมายที่คาดหวังของคุณ ดูตัวอย่างกราฟิกด้านล่าง ในกรณีของตัวอย่าง Cas9 Nickases สิ่งนี้สามารถกำหนดไซต์เป้าหมาย sgRNA ที่สอง (จำเป็น)
• #Bases Past Primer - จำนวนฐานลำดับของคุณอ่านอย่างน้อยต้องผ่านไพรเมอร์เพื่อรวมไว้เป็นเหตุการณ์จริง ตัวกรองนี้อยู่ที่นั่นเพื่อให้แน่ใจว่าไพรเมอร์ของคุณอบที่ไซต์เป้าหมายใน DNA (ค่าเริ่มต้น: 5, 0 ปิดใช้งานตัวกรองนี้)

การตั้งค่าเพิ่มเติม:

• Max อ่านเพื่อวิเคราะห์ - จำนวนสูงสุดของการอ่านที่คุณต้องการให้ SIQ วิเคราะห์ต่อตัวอย่าง (0 ไม่ จำกัด )
• การสนับสนุนขั้นต่ำ - จำนวนขั้นต่ำที่เหตุการณ์จะต้องเห็นว่าเป็นส่วนหนึ่งของผลลัพธ์ของ SIQ (ค่าเริ่มต้น: 2)
• ข้อผิดพลาดฐานสูงสุด - ข้อผิดพลาดสูงสุดต่อฐานที่อนุญาตในการอ่านเพื่อวิเคราะห์ (ค่าเริ่มต้น: 0.05)
• Max CPU - จำนวนสูงสุดของ CPUS SIQ สามารถใช้ในเวลาใดก็ได้ โปรดทราบว่า SIQ ใช้สูงสุด 1 CPU ต่อไฟล์ (ค่าเริ่มต้น: ทั้งหมด)
• ระยะการค้นหา TINS ​​- ระยะทางที่สัมพันธ์กับทางแยกเหตุการณ์ที่จะรวมอยู่ในพื้นที่ค้นหาเพื่อค้นหาต้นกำเนิดของการแทรก กระป๋องคือการแทรกแบบ templated (ค่าเริ่มต้น: 100)

Siqplotter

เมื่อ SIQ เสร็จสิ้นการวิเคราะห์ตัวอย่างของคุณจะส่งผลให้ไฟล์ Excel ไฟล์ excel นี้สามารถอัปโหลดและแสดงภาพโดยตรงโดย siqplotter

อัปโหลดไปยัง siqplotter

ดูคู่มือผู้ใช้หรือวิดีโอสอนสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับวิธีการใช้ SIQPlotter

การแก้ไขปัญหา

SIQ ไม่ได้เริ่มต้น

ปัญหามีแนวโน้มว่าคุณจะไม่ได้ติดตั้ง Java (เวอร์ชันที่ถูกต้อง) ตรวจสอบให้แน่ใจว่าคุณดาวน์โหลดและติดตั้งเวอร์ชัน Java ใหม่ล่าสุด:

ดาวน์โหลด Java

SIQ ยังไม่เริ่ม

เริ่ม SIQ จากภายในเทอร์มินัล (พรอมต์คำสั่งใน Windows):

1. เริ่มต้นเทอร์มินัล
2. ไปที่ไดเรกทอรีที่ไฟล์ siq jar คือ (เช่นดาวน์โหลด): cd Downloads
3. เริ่ม SIQ (ในตัวอย่างนี้ไฟล์คือ siq_1.0.jar: java -jar SIQ_1.0.jar
4. โพสต์ผลลัพธ์เป็นปัญหา

SIQ ไม่ทำงานกับไฟล์ที่จำเป็นต้องรวมการอ่านแบบจับคู่

แฟลชโปรแกรมที่จำเป็นสำหรับระบบปฏิบัติการของคุณดูเหมือนจะไม่ทำงาน เมื่อเริ่มต้น SIQ แฟลชจะถูกคัดลอกไปยังไดเรกทอรีที่ SIQ กำลังทำงานอยู่อาจเป็นได้ว่าโปรแกรมไม่ทำงานสำหรับระบบปฏิบัติการของคุณ โปรดตรวจสอบผลลัพธ์ของ commmands ต่อไปนี้เพื่อดูว่า Flash ทำงานได้หรือไม่

1. เริ่มต้นเทอร์มินัล
2. ไปที่ไดเรกทอรีที่ไฟล์ siq jar คือ (เช่นดาวน์โหลด): cd Downloads
3. Run Flash เช่นนี้ (Linux/MacOS)

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. หากเอาต์พุตแตกต่างกันโปรดโพสต์ผลลัพธ์เป็นปัญหา ดูคู่มือผู้ใช้สำหรับตัวเลือกเพิ่มเติม

บทช่วยสอนวิดีโอ

วิดีโอ 1. ดาวน์โหลดและติดตั้ง SIQ

วิดีโอ 2. การเรียกใช้ SIQ บนข้อมูลของคุณ

วิดีโอ 3. การเรียกใช้ SIQ พร้อมการอ้างอิง HDR เพื่อตรวจจับการแก้ไข

วิดีโอ 4. ตัวเลือก SIQ ขั้นสูง

วิดีโอ 5. การวิเคราะห์ข้อมูลโดยใช้ siqplotter