ViMO

วิมโม

Visualizer สำหรับ Meta-Omics (VIMO) เป็นแอพพลิเคชั่นที่ใช้ R-shiny แบบโต้ตอบเพื่ออำนวยความสะดวกในการรวมข้อมูลระหว่าง metagenomics, metatranscriptomics และ metaproteomics ในขณะเดียวกัน Vimo มีจุดมุ่งหมายเพื่อให้ผู้ใช้มีการแสดงข้อมูลกราฟิกแบบโต้ตอบการตีพิมพ์และข้อมูลกราฟิกที่เกี่ยวข้อง

Vimo สามารถเข้าถึงได้ทางออนไลน์ที่นี่:
https://magnusarntzen.shinyapps.io/visualizerformetaomics/

Vimo รวมข้อมูลจาก

• metagenomics
• metatranscriptomics
• metaproteomics
• อนุกรมวิธาน
• มาตรการคุณภาพ
• ฟังก์ชั่น KEGG และการทำให้โมดูลเสร็จสมบูรณ์
• เอนไซม์ที่ใช้งานคาร์โบไฮเดรต (Cazymes)

Vimo สร้างพล็อตของ:

• คุณภาพของแม็ก
• ความอุดมสมบูรณ์ของแม็กในไฟล์ต่าง ๆ
• หมวดหมู่ cazyme ใน mags ต่าง ๆ และความอุดมสมบูรณ์ของพวกเขาในระดับการถอดเสียงและโปรตีน
• หมวดหมู่ KEGG ใน Mags ต่าง ๆ และความอุดมสมบูรณ์ของพวกเขาในระดับการถอดเสียงและโปรตีน
• โมดูล KEGG เสร็จสิ้นเศษส่วนเพื่อดูศักยภาพการเผาผลาญสำหรับแต่ละ mag

ตัวอย่างเอาท์พุท:

รายงานข้อผิดพลาด

โปรดรายงานข้อบกพร่องผ่านระบบปัญหา GitHub

ลิขสิทธิ์ (c) 2023, Magnus Arntzen, มหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์ชีวิตนอร์เวย์