นอกจากโครงเรื่องหลักที่ชัดเจนใน Ark of Destiny แล้ว ยังมีโครงเรื่องพิเศษที่ซ่อนอยู่ซึ่งต้องอาศัยการสำรวจอย่างรอบคอบโดยผู้เล่นจึงจะค้นพบได้ ตัวอย่างเช่น โครงเรื่องที่ซ่อนอยู่ของ Song of the Earth กำหนดให้ผู้เล่นต้องค้นหาสิ่งพิเศษสามประการ สถานที่ที่จะทำการทริกเกอร์ให้เสร็จสิ้น
1. ในส่วนแรกของเนื้อเรื่องที่ซ่อนอยู่ของ Song of the Ancient Earth ผู้เล่นจะต้องมาที่ซากปรักหักพังของเมืองโบราณตามที่แสดงในภาพ .
2. ส่วนที่สองของโครงเรื่องที่ซ่อนอยู่ของเพลงที่ยาวนานของโลกยังคงอยู่ในเมืองโบราณที่ถูกทำลาย แต่คุณต้องไปที่เมืองโบราณที่ถูกทำลาย -1f ผู้เล่นสามารถค้นหาเบาะแสถัดจากซากปรักหักพัง
3. ส่วนที่สามซึ่งเป็นส่วนสุดท้ายของโครงเรื่องที่ซ่อนอยู่ของบทเพลงแห่งโลกโบราณนั้นค่อนข้างห่างไกล ที่ด้านบนของถ้ำบาป ผู้เล่นสามารถค้นหาเบาะแสบนหน้าผาถัดจากแผนที่
