iPhone 6 ใช้ระบบ iOS 8 ในขณะที่ Apple 6s ติดตั้งระบบ iOS 9 เมื่อเปรียบเทียบกับ iOS 8 แล้ว iOS 9 ได้รับการปรับปรุงในแง่ของการเพิ่มประสิทธิภาพ การปรับปรุงความปลอดภัย และคุณสมบัติใหม่ๆ ตัวอย่างเช่น iOS 9 นำเสนอคุณสมบัติใหม่ เช่น การเพิ่มประสิทธิภาพการค้นหาสปอตไลต์ แอปพลิเคชั่นข่าว และโหมดพลังงานต่ำ
เนื่องจากใช้ชิป A9 ใน Apple 6s ความเร็วในการประมวลผลจึงได้รับการปรับปรุงอย่างมากเมื่อเทียบกับชิป A8 ใน Apple 6 ทำให้ทำงานได้ราบรื่นขึ้นเมื่อรันแอพพลิเคชั่นหรือเกมขนาดใหญ่ ในเวลาเดียวกัน Apple 6s รองรับฟีเจอร์แอปพลิเคชั่นที่ทันสมัยมากขึ้น เช่น ฟังก์ชั่นสัมผัส 3 มิติ ซึ่งให้วิธีการโต้ตอบและตัวเลือกการทำงานที่รวดเร็วแก่ผู้ใช้
แม้ว่ากล้องหลังของ iPhone 6 และ iPhone 6s ทั้งคู่จะมีพิกเซล 12 ล้านพิกเซล แต่ Apple 6s ได้รับการอัปเกรดในแง่ของคุณภาพการบันทึกวิดีโอ ประสิทธิภาพในสภาพแวดล้อมที่มีแสงน้อย และอัลกอริธึมการประมวลผลภาพ iPhone 6s รองรับการบันทึกวิดีโอ 4k ในขณะที่ iPhone 6 จำกัดวิดีโอไว้ที่ 1080p HD นอกจากนี้ ฟังก์ชั่นภาพถ่ายสดของ Apple 6s ยังเพิ่มความสนุกสนานและการโต้ตอบให้กับภาพถ่ายอีกด้วย
แม้ว่า Apple 6s จะได้รับการอัปเกรดในแง่ของฮาร์ดแวร์ แต่ความจุของแบตเตอรี่ไม่ได้เพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสำคัญเนื่องจากโปรเซสเซอร์ที่ทรงพลังกว่าและหน้าจอความละเอียดสูงกว่า ดังนั้นในการใช้งานประจำวัน อายุการใช้งานแบตเตอรี่ของ Apple 6s อาจจะด้อยกว่า Apple 6 เล็กน้อย อย่างไรก็ตาม Apple 6s รองรับเทคโนโลยีการชาร์จที่เร็วขึ้นซึ่งสามารถลดเวลารอคอยในการชาร์จได้
นอกจากนี้ Apple 6s ยังได้รับการปรับปรุงด้านความปลอดภัย เช่น เพิ่มฟังก์ชันจดจำลายนิ้วมือ Touch ID (หากอุปกรณ์มีฟังก์ชันนี้) Apple 6 ยังรองรับ Touch ID แต่ในแง่ของคุณสมบัติความปลอดภัยและเทคโนโลยีการเข้ารหัสที่ใหม่กว่า Apple 6s มีข้อดีบางประการ
