nextflow

“数据流变量在并发编程中具有惊人的表现力”

亨利·E·巴尔、詹妮弗·G·斯坦纳、安德鲁·S·塔南鲍姆

Nextflow 是一个工作流程系统，用于创建可扩展、可移植和可重复的工作流程。它基于数据流编程模型，极大地简化了并行和分布式管道的编写，让您专注于数据流和计算。 Nextflow 可以在各种执行平台上部署工作流，包括本地计算机、HPC 调度程序、AWS Batch、Azure Batch、Google Cloud Batch 和 Kubernetes。此外，它还支持多种方式来管理软件依赖项，包括 Conda、Spack、Docker、Podman、Singularity 等。

快速启动

使用单个命令安装 Nextflow：

卷曲-fsSL https://get.nextflow.io |巴什

它在当前目录中创建nextflow可执行文件。然后，您可以将其移动到$PATH中的目录，以便从任何地方运行它。

Nextflow 也可以从 Bioconda 安装：

 conda 安装-c bioconda nextflow

文档

Nextflow 文档适用于最新的稳定版本和边缘版本。

社区

您可以在 Nextflow 社区论坛或 Nextflow Slack 中发布问题并获取帮助。 Bug 和功能请求应作为 GitHub 问题报告。

Nextflow 社区非常活跃，定期举办社区会议、活动、播客等。您可以在 Nextflow 和 nf-core YouTube 频道上查看大部分此类材料。

nf-core 项目是一个社区努力，聚合了可供所有人使用的高质量 Nextflow 工作流程。

贡献

我们非常欢迎您做出贡献。有关详细信息，请参阅贡献文件。

执照

Nextflow 在 Apache 2.0 许可证下发布。 Nextflow 是注册商标。

引文

如果您在工作中使用 Nextflow，请引用：

P.迪托马索等人。 Nextflow 支持可重复的计算工作流程。自然生物技术 35, 316–319 (2017) doi:10.1038/nbt.3820

制作人员

Nextflow 建立在两个*伟大的*开源软件项目 Groovy 和 GPars 之上。

YourKit 通过其功能齐全的 Java Profiler 热忱支持 Nextflow。