纳帕里空间数据
0.5.3
该存储库包含一个 napari 插件，用于交互式探索和注释 SpatialData 对象。在这里您可以找到 napar-spatialdata 文档。 napari-spatialdata是SpatialData生态系统的一部分。要了解有关 SpatialData 的更多信息，请参阅 SpatialData 文档。
您可以通过pip安装napari-spatialdata ：
pip install napari-spatialdata[all]
all命令将安装 qt 绑定PyQt5 。
您可以在安装说明中找到更多详细信息。
如果您想使用该插件作为默认的 zarr 阅读器，请在 napari 中转到File -> Preferences -> Plugins ，然后按照File extension readers下的说明进行操作。
您可以使用以下命令从 Github 安装napari-spatialdata ：
pip install git+https://github.com/scverse/napari-spatialdata
或者，您也可以在克隆存储库后以可编辑模式安装：
git clone https://github.com/scverse/napari-spatialdatacd napari-spatialdatapip install -e .
注意：当执行可编辑的napari-spatialdata安装时， spatialdata将从pip重新安装。因此，如果您之前还对spatialdata进行了可编辑安装，则需要重新运行pip install -e .在spatialdata数据库上。请在安装说明中找到更多详细信息。
要了解如何使用napari-spatialdata插件，请参阅文档。要了解如何将 napar-spatialdata 集成到您的分析工作流程中，请参阅 SpatialData 教程。尤其：
用 napari 注释感兴趣的区域
使用地标注释来对齐多个组学层
非常欢迎您的贡献。测试可以使用 tox 运行，请确保在提交拉取请求之前覆盖范围至少保持不变。
“napari-spatialdata”根据 BSD-3 许可证条款分发，是免费开源软件
如果您遇到任何问题，请提交问题并附上详细说明。
Marconato, L.、Palla, G.、Yamauchi, KA 等人。 SpatialData：一个开放且通用的空间组学数据框架。自然方法（2024）。 https://doi.org/10.1038/s41592-024-02212-x
