napari是一个用于 Python 的快速、交互式、多维图像查看器。它专为浏览、注释和分析大型多维图像而设计。它构建在 Qt(用于 GUI)、vispy(用于基于 GPU 的高性能渲染)和科学 Python 堆栈(numpy、scipy)之上。
我们正在公开开发napari !但该项目正处于alpha阶段,每个版本仍然可能会发生重大变化。您可以跟踪此存储库的进展,在我们发布新版本时对其进行测试,并贡献想法和代码。
如果您想参考我们的文档,请访问 napari.org。如果您想为其做出贡献,请参阅下面的贡献部分。
我们正在制作教程,但您也可以通过查看下面的内容快速入门。
建议将napari安装到虚拟环境中,如下所示:
conda 创建-y -n napari-env -c conda-forge python=3.9 conda 激活 napari-env python -m pip install“napari[全部]”
如果您更喜欢 conda 而不是 pip,可以将最后一行替换为: conda install -c conda-forge napari pyqt
请参阅此处获取完整的安装指南。
(下面的示例需要scikit-image
包才能运行。我们仅使用此包中的数据示例进行演示。如果您将示例更改为使用您自己的数据集,则可能不需要安装此包。)
从 IPython shell 内部,您可以通过调用打开交互式查看器
从skimage导入数据导入napariviewer=napari.view_image(data.cells3d(),channel_axis=1,ndisplay=3)
要从脚本内部使用napari,请使用napari.run()
:
from skimage import dataimport napariviewer = napari.view_image(data.cells3d(), channel_axis=1, ndisplay=3)napari.run() # 启动“事件循环”并显示查看器
查看examples
夹中的脚本,了解我们正在开发的一些功能!
napari支持六种主要的不同图层类型: Image
、 Labels
、 Points
、 Vectors
、 Shapes
和Surface
,每种类型对应不同的数据类型、可视化和交互性。您可以将不同类型的多个图层添加到查看器中,然后开始使用它们,调整它们的属性。
我们所有的图层类型都支持 n 维数据,查看器提供快速浏览和可视化 2D 或 3D 数据切片的能力。
napari还支持查看器和 Python 内核之间的双向通信,这在从 jupyter 笔记本启动或使用我们的内置控制台时特别有用。使用控制台允许您以交互方式加载和保存查看器中的数据,并以编程方式控制查看器的所有功能。
您可以使用自定义快捷键、按键绑定和鼠标功能来扩展napari 。
有关如何使用napari
的更多详细信息,请查看我们的教程。这些工作仍在进行中,但我们会定期更新。
有关我们的napari
计划的更多信息,您可以阅读我们的使命和价值观声明,其中包括有关我们支持 napari 插件生态系统愿景的更多详细信息。您可以在此处查看项目路线图的详细信息。
鼓励贡献!请阅读我们的贡献指南以开始使用。鉴于我们还处于早期阶段,您可能需要在开始之前先了解我们的 GitHub 问题。
如果您想为我们的文档做出贡献或编辑,请访问 napari/docs。
napari
有一份行为准则,参与napari
社区的每个人都应该遵守。
您可以通过我们的治理模型了解有关napari
项目如何组织和管理的更多信息,其中包括 @napari/steering-council 和 @napari/core-devs 的信息以及联系方式。
如果您发现napari
有用,请使用其 DOI 引用此存储库,如下所示:
纳帕里贡献者(2019)。 napari:Python 的多维图像查看器。 doi:10.5281/zenodo.3555620
请注意,此 DOI 将解析为所有版本的 napar。要引用特定版本,请在我们的 zenodo 页面上找到该版本的 DOI。最新版本的 DOI 位于本页顶部的徽章中。
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