天狼星
SIRIUS
我们的方法作为免费资源提供给科学界。禁止出于商业目的（重新）分发全部或部分方法。 Böcker 集团托管的 SIRIUS 网络服务（CSI:FingerID、CANOPUS、MSNovelist 等）仅用于学术研究和教育用途。详情请查看学术版的服务条款。对于非学术用户，Bright Giant GmbH 提供许可证和所有相关服务。我们要求我们工具的用户在任何最终出版物中引用相应的论文。
SIRIUS 是一个基于 Java 的软件框架，用于分析代谢物和其他“具有生物意义的小分子”的 LC-MS/MS 数据。 SIRIUS 集成了我们的一系列工具，包括 CSI:FingerID（与 COSMIC）、ZODIAC、CANOPUS。特别是，SIRIUS 的图形用户界面和命令行版本无缝集成了 CSI:FingerID、CANOPUS 和 MSNovelist Web 服务。
SIRIUS 的主要开发商是 Böcker 集团和 Bright Giant GmbH
在线文档
视频教程
关于使用 SIRIUS 4 的书籍章节（预印本）——不涵盖新的 LC-MS/MS 处理选项
演示数据
出版物和演示文稿的徽标
对于 Windows（64 位）：msi / zip
对于 Mac（64 位）：pkg / zip
对于 Linux（64 位）：zip
所有（包括以前的）版本都可以在这里找到。
对于 Windows 和 MacOS，应首选 SIRIUS (msi/pkg) 安装程序版本，但可能需要管理员权限。
由于我们不向 Microsoft/Apple 支付认证费用，因此在使用 Böcker 集团提供的安装程序时，您可能必须确认您想要信任 Windows/MacOS 上的“来自未知来源的软件”。因此，我们强烈建议使用 Bright Giant 提供的签名安装程序（也在上面链接）。这些安装程序不会触发（或触发较少）相应操作系统的安全问题，从而简化了安装过程。
有关详细信息，请参阅文档。
用户帐户可以直接通过 SIRIUS GUI 创建。请使用您的机构电子邮件地址。 SIRIUS 网络服务免费供学术/非商业用途。通常学术机构通过其电子邮件域进行识别，并且将自动授予访问权限。在某些情况下，可能需要进一步验证您的学术/非商业目的。另请参阅 SIRIUS 文档 - 帐户和许可证。
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SIRIUS-API Java SDK
SIRIUS-API SDK
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对于错误报告或功能请求，请使用我们的 GitHub 上的问题。或者查看文档以获取有关此主题的更多信息。
碎片树和光谱可以直接从 SIRIUS 上传到 CSI:FingerID、CANOPUS 和 MSNovelist Web 服务。结果从 Web 服务检索并可以显示在 SIRIUS 图形用户界面中。此功能也可用于 SIRIUS 命令行工具。 CSI:FingerID 预测器的训练结构可通过 CSI:FingerID Web API 获得：
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructs?predictor=1（正离子模式的训练结构）
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructs?predictor=2（负离子模式的训练结构）
串联质谱的手动解释既耗时又重要。 SIRIUS 分析碎片模式，生成假设的碎片树，其中节点用碎片的分子式注释，弧（边）代表碎片事件（丢失）。 SIRIUS 可以对元素组成以外的小化合物 MS 数据进行自动化和高通量分析，而无需化合物结构或质谱数据库。
SIRIUS 通过对高分辨率质谱中的同位素模式进行排序，推导出小化合物的分子式。预处理后，质谱仪的输出是与样品分子的质量及其丰度相对应的峰列表。原则上，小分子的元素组成可以仅使用精确的质量来识别。然而，即使具有非常高的质量精度，许多公式也是在较高质量区域中获得的。高分辨率质谱分析使我们能够以极高的精度确定样品分子的同位素模式，并应用该信息来识别样品分子的元素组成。 SIRIUS 可以作为图形用户界面（请参阅 Sirius GUI）或命令行工具下载。
Kai Dührkop、Markus Fleischauer、Marcus Ludwig、Alexander A. Aksenov、Alexey V. Melnik、Marvin Meusel、Pieter C. Dorrestein、Juho Rousu 和 Sebastian Böcker。 SIRIUS 4：将串联质谱转化为代谢物结构信息。自然方法16, 299–302, 2019。
迈克尔·斯特拉夫斯 (Michael A. Stravs) 和凯·杜尔科普 (Kai Dührkop)、塞巴斯蒂安·博克 (Sebastian Böcker) 和尼古拉·赞博尼 (Nicola Zamboni)。 MSNovelist：从质谱中从头生成结构。 NatureMethods 19, 865–870, 2022。（如果您使用的是：MSNovelist，请引用）
马丁·霍夫曼 (Martin A. Hoffmann)、路易·费利克斯·诺蒂亚斯 (Louis-Félix Nothias)、马库斯·路德维希 (Marcus Ludwig)、马库斯·弗莱肖尔 (Markus Fleischauer)、艾米丽·C·金特里 (Emily C. Gentry)、迈克尔·威廷 (Michael Witting)、彼得·C·多雷斯坦 (Pieter C. Dorrestein)、凯·杜尔科普 (Kai Dührkop) 和塞巴斯蒂安·博克 (Sebastian Böcker)。对谱库中缺少的代谢物进行高可信度结构注释。 Nature Biotechnology 40, 411–421, 2022。（如果您使用的是： CSI:FingerID 、 COSMIC ，请引用）
Kai Dührkop、Louis-Félix Nothias、Markus Fleischauer、Raphael Reher、Marcus Ludwig、Martin A. Hoffmann、Daniel Petras、William H. Gerwick、Juho Rousu、Pieter C. Dorrestein 和 Sebastian Böcker。使用高分辨率碎片质谱对未知代谢物进行系统分类。 Nature Biotechnology ，2020。（如果您使用CANOPUS ，请引用）
雅尼克·朱姆布·费南、罗曼·艾斯纳、克雷格·诺克斯、列昂尼德·切佩列夫、詹娜·黑斯廷斯、加雷斯·欧文、欧文·法伊、克里斯托夫·斯坦贝克、香卡·萨勃拉曼尼安、埃文·博尔顿、拉塞尔·格雷纳、大卫·S·威沙特。 ClassyFire：具有全面、可计算分类法的自动化化学分类。 Journal of Cheminformatics 8, 61, 2016。（ ClassyFire出版物；如果您使用CANOPUS ，请引用此内容）
马库斯·路德维格、路易斯-费利克斯·诺蒂亚斯、凯·杜尔科普、伊琳娜·科斯特、马库斯·弗莱肖尔、马丁·A·霍夫曼、丹尼尔·佩特拉斯、费尔南多·巴尔加斯、穆斯塔法·莫尔西、利希尼·阿鲁维哈雷、彼得·C·多雷斯坦、塞巴斯蒂安·博克。通过 ZODIAC 使用吉布斯采样进行独立于数据库的分子式注释。 Nature Machine Intelligence 2, 629–641, 2020。（如果您使用的是ZODIAC ，请引用）
凯·杜尔科普和塞巴斯蒂安·博克。碎片树重新加载。 Journal of Cheminformatics 8, 5, 2016。（引用此进行碎片模式分析和碎片树计算）
Kai Dührkop、沉慧斌、Marvin Meusel、Juho Rousu 和 Sebastian Böcker。使用 CSI:FingerID 通过串联质谱搜索分子结构数据库。 Proceedings of the National Academy of Sciences USA 112(41), 12580-12585, 2015。（使用 CSI:FingerID时引用此内容）
塞巴斯蒂安·博克、马蒂亚斯·C·莱泽尔、祖萨娜·利普塔克和安东·佩尔武欣。 SIRIUS：分解同位素模式以进行代谢物鉴定。 Bioinformatics 25(2), 218-224, 2009。（引用此内容进行同位素模式分析）
邢世培、沉三、徐邦华、李潇潇和陶欢。 BUDDY：通过自下而上的 MS/MS 询问发现分子式。 NatureMethods 20, 881–890, 2023。（如果您使用的是：自下而上的分子式生成，请引用）
马库斯·路德维希、凯·杜尔科普、塞巴斯蒂安和博克。通过分子指纹进行质谱代谢物鉴定的贝叶斯网络。生物信息学，34(13)：i333-i340。 2018. 程序。分子生物学智能系统 (ISMB 2018)。 （引用 CSI：FingerID 评分）
W. Timothy J. White、Stephan Beyer、Kai Dührkop、Markus Chimani 和 Sebastian Böcker。快速的彩色子树。在过程中。计算和组合学会议 (COCOON 2015) ， Lect Notes Comput Sci第 9198 卷，第 310-322 页。 Springer，柏林，2015 年。（引用此内容说明为什么计算速度很快，即使在笔记本电脑上也是如此）
沉慧斌、凯·杜尔科普、塞巴斯蒂安·博克和尤霍·鲁苏。通过碎片树上的多核学习进行代谢物识别。生物信息学，30（12）：i157-i164，2014。Proc。分子生物学智能系统(ISMB 2014)。 （介绍CSI:FingerID 背后的机制）
伊姆兰·劳夫、弗洛里安·拉什、弗朗索瓦·尼古拉斯和塞巴斯蒂安·博克。在实践中寻找最大彩色子树。 J Comput Biol , 20(4):1-11, 2013。（更多关于为什么今天计算速度很快的早期工作）
海诺宁，M.；沉H.；赞博尼，N.； Rousu, J.通过机器学习进行代谢物识别和分子指纹预测。生物信息学，2012。卷。 28，nro 18，第 2333-2341 页。 （介绍了从串联 MS 数据预测分子指纹的想法）
Florian Rasche、Aleš Svatoš、Ravi Kumar Maddula、Christoph Böttcher 和 Sebastian Böcker。从串联质谱数据计算碎片树。分析化学（2011）83（4）：1243–1251。 （引用此内容来介绍 SIRIUS 使用的碎片树）
塞巴斯蒂安·博克和弗洛里安·拉什。通过分析串联质谱从头鉴定代谢物。生物信息学（2008）24（16）：i49-i55。 （第一篇提到 SIRIUS 使用的碎片树的论文）
从版本 4.4.27 开始，SIRIUS 根据 GNU Affero 通用公共许可证 (GPL) 获得许可。如果您将 SIRIUS 集成到其他软件中，我们强烈建议您将 SIRIUS 的使用以及引用的文献对用户透明。
