巴克托皮亚

Bactopia 是一个用于完整分析细菌基因组的灵活管道。 Bactopia 的目标是使用广泛的工具来处理您的数据，以便您可以更快地进入分析的有趣部分！

Bactopia 可以分为两个主要部分：Bactopia 分析管道和 Bactopia 工具。

Bactopia 分析流程是 Bactopia 中每个分离株的主要工作流程。使用 Nextflow 构建的输入 FASTQ（本地或可从 SRA/ENA 获得）经过大量分析，包括：质量控制、装配、注释、最小草图查询、序列输入等。

巴克托邦概述

Bactopia Tools 是一套用于比较分析的独立工作流程。比较分析可能包括总结报告、泛基因组或系统发育树构建。使用 Bactopia 的可预测输出结构，您可以选择要包含哪些样本以使用 Bactopia 工具进行处理。

Bactopia 的灵感来自 Staphopia，这是我们（蒂姆·里德和我自己）发布的针对金黄色葡萄球菌基因组的工作流程。利用我们从 Staphopia 中学到的知识和用户反馈，Bactopia 是从头开始开发的，从一开始就考虑到了可用性、便携性和速度。

快速入门

mamba create -y -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia
conda activate bactopia
bactopia datasets

# Paired-end
bactopia --R1 R1.fastq.gz --R2 R2.fastq.gz --sample SAMPLE_NAME 
         --datasets datasets/ --outdir OUTDIR

# Single-End
bactopia --SE SAMPLE.fastq.gz --sample SAMPLE --datasets datasets/ --outdir OUTDIR

# Multiple Samples
bactopia prepare MY-FASTQS/ > fastqs.txt
bactopia --fastqs fastqs.txt --datasets datasets --outdir OUTDIR

# Single ENA/SRA Experiment
bactopia --accession SRX000000 --datasets datasets --outdir OUTDIR

# Multiple ENA/SRA Experiments
bactopia search "staphylococcus aureus" > accessions.txt
bactopia --accessions accessions.txt --dataset datasets --outdir ${OUTDIR}

安装

Bactopia 的工作流程中内置了许多工具。正如您可以想象的那样，所有这些工具都会导致大量的依赖关系，而导航依赖关系通常会变成一个非常令人沮丧的过程。考虑到这一点，Bactopia 从一开始就被开发为仅包含可使用 Conda 安装的程序。

Conda 是一个开源包管理系统和环境管理系统，可在 Windows、macOS 和 Linux 上运行。换句话说，它使您可以非常轻松地安装所需的工具！ Conda 官方文档是开始使用 Conda 的一个很好的起点。 Bactopia 已使用 Miniforge 安装程序进行了测试，但 Anaconda 安装程序的工作原理应该相同。

一旦你完成了 Conda 的设置，你就可以为 Bactopia 创建一个环境了。

# Recommended
mamba create -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia

# or with standard conda
conda create -n bactopia -c conda-forge -c bioconda bactopia

几分钟后，您将拥有一个新的 conda 环境，适当命名为bactopia 。要激活此环境，您可以使用以下命令：

conda activate bactopia

瞧，您已经准备好开始处理您的数据了！

请引用数据集和工具

如果您在工作中使用过 Bactopia，请务必引用您可能使用过的任何数据集或工具。 Bactopia 使用的每个数据集/工具的列表已提供。

如果引用需要更新，请告诉我！

致谢

Bactopia确实是一个“站在巨人肩膀上”的案例。 Bactopia 的几乎每个组件都是由其他人创建并免费向公众提供的。

我想亲自向这些软件包和公共数据集的作者致以深深的谢意和感谢。如果你已经走到这一步了，我欠你一杯啤酒？（或咖啡☕！）如果我们面对面见面。真的，非常感谢！

替代方案

如果 Bactopia 不能满足您的需求，您可以选择以下一些替代方案。我个人没有使用过它们，但您可能会发现它们可以满足您的需求！如果您在使用 Bactopia 时遇到问题，请随时与我们联系！

阿奎米斯
Deneke C、Brendebach H、Uelze L、Borowiak M、Malorny B、Tausch SH。使用 AQUAMIS 对微生物分离序列进行物种特异性质量控制、组装和污染检测。基因。 2021；12。 doi:10.3390/genes12050644
ASA³P
Schwengers O、Hoek A、Fritzenwanker M、Falgenhauer L、Hain T、Chakraborty T、Goesmann A. ASA³P：一种自动且可扩展的管道，用于密切相关的细菌分离株的组装、注释和高级分析。 PLoS 计算机生物学2020；16：e1007134。 https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1007134。
微管
Murigneux V, Roberts LW, Forde BM, Phan MD, Nhu NTK, Irwin AD, Harris PNA, Paterson DL, Schembri MA, Whiley DM, Beatson SA MicroPIPE：验证高质量完整细菌基因组构建的端到端工作流程。 BMC 基因组学，22(1), 474。(2021) https://doi.org/10.1186/s12864-021-07767-z
纳拉伯
Seemann T、Goncalves da Silva A、Bulach DM、Schultz MB、Kwong JC、Howden BP。 Nullarbor Github https://github.com/tseemann/nullarbor
普罗克埃沃
Pavlovikj N、Gomes-Neto JC、Deogun JS、Benson AK ProkEvo：用于高通量细菌群体基因组学分析的自动化、可重复且可扩展的框架。 PeerJ ，e11376 (2021) https://doi.org/10.7717/peerj.11376
公共卫生细菌基因组学
Libuit K、Ambrosio F、Kapsak C公共卫生细菌基因组学GitHub https://github.com/theiagen/public_health_bacterial_genomics
平均MAP
Sserwadda I、Mboowa G rMAP：ESKAPE 细菌群全基因组序列数据的快速微生物分析管道。微生物基因组学，7(6)。 (2021) https://doi.org/10.1099/mgen.0.000583
托尔梅斯
Quijada NM、Rodríguez-Lázaro D、Eiros JM、Hernández M. TORMES：用于全细菌基因组分析的自动化管道。生物信息学2019；35：4207–12。 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz220。