丽特基因

LitGene 代码库

这项工作正在 webrun 上进行跟踪，并在 (https://litgene.tumorai.org/) 上进行部署。

部署github（https://github.com/vinash85/GENELLM_WEBAPP）可用于自行部署网页。

使用 LitGene 工具页面上的反馈页面或联系作者提供反馈。

BioArxiv链接：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.07.606674v1

以下是如何使用 Docker 运行示例代码。

1. 构建码头工人：

   一个。 git clone "cd LitGene/dependencies/docker/" 后转到 docker 文件的位置

   b.构建 docker“docker build .-t litgene”

2. 运行docker镜像/创建容器：

   c. “docker run --name Litgene --gpus=all --previleged --ports 8888:8888 -v litgene_location:/home/tailab/LitGene -dit litgene /bin/bash"

3. 输入泊坞窗：

   d. “docker exec -it Litgene /bin/bash”

4. docker里面去示例代码溶解度：

   e. “cd /home/tailab/LitGene/”

   f.打开jupyter“jupyter笔记本--端口8888--ip 0.0.0.0--允许根--无浏览器”

5. 在部署docker的系统中：

   g。打开浏览器“https://localhost:8888”

   h.输入令牌

   我。运行示例代码“solubilityEval.ipynb”

6. 或远程系统中的 docker（可选）：

   g。在本地系统上打开命令

   h.输入“ssh -NL localhost:8888:localhost:8888 usernme@server”

   我。重复步骤5

（如果对 LitGene/依赖项中提供的 Conda 要求感兴趣，在 Ubuntu 22 上使用 python 3.12 和 nvidia 驱动程序 535.183.01 以及 A100 GPU 上的运行时 cuda 12.2 进行测试）

code/refactored_code 下的代码重构正在进行中 对于其他数据文件、模型和输出文件。请联系 [[email protected]]