肌肉

Muscle 是广泛使用的软件，用于对生物序列进行多重比对。

Muscle 在 Balibase、Bralibase 和 Balifam 基准测试中获得最高分，并在商用台式计算机上扩展到数千个序列或结构。

Muscle 支持生成替代对齐的集合，其精度与使用默认参数获得的精度相同。通过比较来自不同比对（例如树）的下游预测，生物学家可以评估结论的稳健性，以防止由歧义和错误引起的比对变化。

多重结构对齐

支持结构比对（“Muscle-3D”）以及常规氨基酸序列比对。结构对齐的输入是由reseek (https://github.com/rcedgar/reseek) 的pdb2mega命令生成的“mega”文件。

 # 最多约 100 个结构
reseek -pdb2mega STRUCTS -输出 structs.mega
肌肉-对齐structs.mega-输出structs.afa

# 最多约 10,000 个结构
reseek -convert STRUCTS -bca structs.bca
reseek -pdb2mega structs.bca -output structs.mega
reseek -distmx structs.bca -输出 structs.distmx
肌肉-super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -输出structs.afa

下载和安装

二进制文件是独立的，没有依赖关系。要安装，请下载二进制文件并确保设置了执行位。

https://github.com/rcedgar/muscle/releases

文档

肌肉 v5 主页
手动的

从源头打造肌肉

https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE

参考

Edgar RC.，Muscle5：高精度比对集成能够对序列同源性和系统发育进行公正的评估。自然通讯13.1（2022）：6968。
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf

埃德加 RC.和 Tolstoy I.，Muscle-3D：可扩展的多重蛋白质结构比对 (2024) BioRxiv 。