简易扩增子

简易扩增子

中文版见(中文版见)README_cn.md

EasyAmplicon：一种易于使用、开源、可重复且基于社区的管道，用于微生物组研究中的扩增子数据分析

版本：v1.21

更新时间：2024/08/05

管道手册和文件说明

使用RStudio打开管道有中文（pipeline.sh）和英文（pipeline_en.sh）

文件说明：

• Readme.md # 介绍及安装
• pipeline.sh # Windows和Linux命令行分析（有中英文）
• pipeline_mac.sh # MacOS 的命令行分析
• result/ # 结果数据示例
• result/Diversity.Rmd # R 中的交互式多样性分析并以 HTML 格式输出可重复的报告

我们能做什么？

• 微生物组数据的分析和可视化，特别是 16S rDNA 扩增子；
• 从原始数据到特征表；
• 支持20多种分析方法和可发布的可视化；
• 在短时间内（大约 3 小时）在笔记本电脑上完成您的项目；
• 中英文配套材料手册和视频。

图 1. EasyAmplicon 用于分析双端扩增子序列的流程。

图 2. 出版物质量可视化的示例。

图 3.图 2 的出版物质量可视化的补充示例。

图 4. 第三方软件使用 EasyAmplicon 的中间文件生成的可视化结果。

安装

安装依赖项

所有软件备份都可以在以下位置找到

• FTP：Filezilla 匿名访问 FTP download.nmdc.cn。在tools目录下可以找到amplicon以及支持mac、win等不同系统的所有软件和包
• 百度网盘：https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

请根据您的系统（Win/Mac/Linux）安装依赖软件。

• 建议使用 R 4.xx 来运行 R 脚本 https://www.r-project.org/。还建议源代码包安装Rtools。
• RStudio 2023.xx.x 是 R 的集成开发环境 https://posit.co/download/rstudio-desktop/
• STAMP v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
• 适用于 Windows 的 Git 2.xx.x（仅限 Windows）http://gitforwindows.org/
• R包快速安装

统计和可视化可能需要 > 500 个 R 包。安装比较耗时，还可能依赖其他编译工具。您可以在 https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip 或 db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip 中下载所有需要的 R 包，然后解压并获取C:Users[$UserName]AppDataLocalRwin-library 中的4.x文件夹

安装 EasyAmplicon

• 方法一、访问GitHub主页，代码--下载

• EasyAmplicon 管道（阳性对照） https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

• EasyMicrobiome 包括脚本和数据库 https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

将项目下载到C:或D:然后解压（目录名与软件名保持一致）

• 方法二、通过百度网盘镜像站下载：https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz 或 EasyMicrobiome.tar.gz

• 方法3. git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon和git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome 。注意： fatal: unable to access可以重试。

快速入门

以 Windows 10+ 为例：

1. 打开RStudio，并将终端设置为Git Bash（工具--全局选项--终端--新终端--Git Bash--确定）
2. 文件 -- 打开文件 -- EasyAmplicon文件夹 -- pipeline.sh (windows/linux) 或 pipeline_mac.sh (mac)
3. 设置work directory （wd）和EasyMicrobiome directory （db），然后单击右上角的运行来运行每一行

示例数据集

• seq/ # 压缩的 fastq 格式的原始测序，备份可以通过 GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/ 的元数据下载
• result/ # 标准管道的示例数据和数字，例如 alpha、beta、tax
• Advanced/ # 高级分析示例，包括数据、脚本和输出图

常问问题

pipeline.sh 中的常见问题

注：所有.sh脚本均以Markdown格式编写，使用有道笔记或VSCode以获得更好的阅读体验。

引文

如果使用此脚本，请引用：

刘永新、陈雷、马腾飞、李晓芳、郑茂盛、周鑫、陈良、钱旭波、焦熙、路宏业、曹惠洛、马小雅、边边、张鹏凡、吴继秋、仁佑甘，贾宝蕾，孙林阳，鞠志成，高云云，文涛，陈童。 2023. EasyAmplicon：一种易于使用、开源、可重复且基于社区的管道，用于微生物组研究中的扩增子数据分析。 iMeta 2：e83。 https://doi.org/10.1002/imt2.83

版权所有 2016-2023 刘永新 [email protected], 陶文 [email protected], 陈同 [email protected]