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Version 1.1.4 - Kushiro

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Nextflow 插件，用于验证管道参数和示例表。

重要的

`nf-validation`现已重命名为`nf-schema` 。

nf-validation插件将不会收到任何未来的更新。请更新您的管道以使用nf-schema 。

有关详细信息，请参阅 https://github.com/nextflow-io/nf-schema。

此更改是必要的，以防止旧版本的nf-core管道在更新到最新版本的nf-validation时因未固定的插件引用而中断。请将nf-schema的版本固定在管道的nextflow.config文件中：

plugins { id ' [email protected] ' }

介绍

此 Nextflow 插件提供了许多可以包含在 Nextflow 管道脚本中的函数，以使用参数和示例表架构。使用这些功能您可以：

？将使用说明打印到终端（与--help一起使用）
✍️ 打印日志输出，显示具有非默认值的参数
✅ 根据管道模式验证提供的参数
？验证提供的示例表文件的内容
?️ 使用已解析的示例表创建 Nextflow 通道

支持的示例表格式为 CSV、TSV 和 YAML（简单）。

快速入门

在 Nextflow 管道配置文件中声明该插件：

plugins {
  id ' nf-validation '
}

这就是所需要的一切 - Nextflow 将在运行时自动获取插件代码。

笔记

上面的代码片段将始终尝试安装最新版本，这有助于确保包含最新的错误修复！但是，如果脱机运行，这可能会导致困难。您可以使用语法[email protected]固定特定版本

您现在可以将插件辅助函数包含到您的 Nextflow 管道中：

include { validateParameters; paramsHelp; paramsSummaryLog; fromSamplesheet } from ' plugin/nf-validation '

// Print help message, supply typical command line usage for the pipeline
if (params . help) {
   log . info paramsHelp( " nextflow run my_pipeline --input input_file.csv " )
   exit 0
}

// Validate input parameters
validateParameters()

// Print summary of supplied parameters
log . info paramsSummaryLog(workflow)

// Create a new channel of metadata from a sample sheet
// NB: `input` corresponds to `params.input` and associated sample sheet schema
ch_input = Channel . fromSamplesheet( " input " )