拱形R

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ArchR 具有可用于 scATAC-seq 分析的新功能

配对 scATAC-seq 和 scRNA-seq 分析

ArchR 现在支持配对 scATAC-seq 和 scRNA-seq 分析！
查看 importFeatureMatrix、addGeneExpressionMatrix、addIterativeLSI、addCombinedDims 的更新
有关这些功能的简要教程：https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html

轨迹分析

ArchR 现在直接支持基于 monocle3 和 Slingshot 的轨迹分析！
查看 getMonocleTrajectories、addMonocleTrajectory、addSlingShotTrajectories 的更新
有关这些功能的简要教程：https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html

此外，ArchR 现在可以导出与 STREAM 兼容的峰值矩阵！
查看 exportPeakMatrixForSTREAM 的更新

ArchR 目前处于 Beta 阶段，并将通过同行评审过程积极开发。

ArchR 是一个功能齐全的 R 软件包，用于处理和分析单细胞 ATAC-seq 数据。 ArchR 提供了所有可用软件中最广泛的 scATAC-seq 分析工具套件。此外，ArchR 在速度和资源利用率方面均表现出色，可在 MacBook Pro 笔记本电脑上在 8 小时内分析 100 万个细胞。

有关安装说明和完整文档，请访问 www.ArchRProject.com。

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ArchR快速安装

有关安装和常见相关问题的完整演练，请访问 www.ArchRProject.com。

首先，如果尚未安装，请安装 devtools（用于安装 GitHub 包）：

 if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )

然后，如果尚未安装 BiocManager（用于安装 bioconductor 软件包）：

 if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )

然后，安装 ArchR：

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

最后，安装默认情况下未安装的所有 ArchR 依赖项：

library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()

如果这些步骤中的任何一个失败，您应该在继续之前确定有问题的包并解决该单独安装的问题。此外，请访问 ArchR 网站 (www.ArchRProject.com)，我们在其中提供安装故障排除提示。

使用 ArchR 时遇到问题？

ArchR 目前处于测试阶段。我们预计道路上会遇到坎坷。如果您认为发现了错误，请首先通过以下方式安装最新版本的 ArchR

 devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())

如果这不能解决您的问题，请使用错误报告表在 Github 上报告问题。

如果您对 ArchR 使用有疑问，请参阅可搜索的完整用户手册、常见问题解答部分和出版物。如果您认为本网站或函数注释中的文档不清楚，请使用文档请求表在 Github 上提交问题。如果您认为 ArchR 缺少某个功能，并且您已经搜索过用户手册，请使用功能请求表在 Github 上提交问题。如果这些选项都没有帮助，请给我们发送电子邮件。我们将尽力回答文档中未回答的问题。