iModulon矿工

iModulon矿工

该存储库提供了一个计算工作流程，用于计算和表征选定生物体的所有 iModulons。这分五个步骤发生：

1. 收集该生物体的所有公开可用的 RNA-seq 数据（步骤 1）
2. 处理 RNA-seq 数据（步骤 2）
3. 检查数据以识别高质量数据集（步骤 3）
4. 计算 iModulons（步骤 4）
5. 使用 PyModulon 表征 iModulon（步骤 5）

背景

iModulons是独立调节的基因组，通过基因表达数据集的独立成分分析 (ICA) 计算得出。要了解有关 iModulons 的更多信息或探索已发布的 iModulons，请访问 iModulonDB 或查看我们有关大肠杆菌、金黄色葡萄球菌或枯草芽孢杆菌的出版物。

在这里，我们引入了生物体Modulome的概念，它是可以根据公开的 RNA-seq 数据为生物体计算的所有 iModulons 的集合。计算管道提供了计算枯草芽孢杆菌模数的分步工作流程。

设置

码头工人

我们提供了预构建的 Docker 容器以及所有必要的软件。

首先，安装 Docker 和 Nextflow。

本地安装

您还可以在本地运行每个程序，所有要求都列在environment.yml文件中。对于步骤 5（特征化 iModulons），另外安装 pymodulon。

引用

请引用以下论文：iModulonMiner 和 PyModulon：用于无监督挖掘基因表达概要的软件