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v2.9.0

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SeqKit - 用于 FASTA/Q 文件操作的跨平台超快工具包

在浏览器中尝试 SeqKit （教程和练习由 sandbox.bio 提供）
文档： http://bioinf.shenwei.me/seqkit（使用、常见问题解答、教程和基准）
源代码： https://github.com/shenwei356/seqkit
最新版本：
请引用： ,
其他的：

SeqKit2的子命令

特征

易于安装（下载）

为多个平台（Linux/Windows/macOS、amd64/arm64）提供静态链接的可执行二进制文件
轻量级、开箱即用、无依赖、无需编译、无需配置
conda install -c bioconda seqkit

便于使用

超快（参见技术细节和基准）
无缝解析 FASTA 和 FASTQ 格式
支持（ gzip / xz / zstd / bzip2压缩）STDIN/STDOUT和输入/输出文件，轻松集成在管道中
可重复的结果（ sample和shuffle中的可配置 rand 种子）
支持通过正则表达式自定义序列ID
支持 Bash/Zsh 自动补全

多功能命令（用法和示例）

38个子命令支持的实用功能

安装

转到下载页面以获取更多下载选项和更改日志，或通过 conda 安装：

conda install -c bioconda seqkit

子命令

类别	命令	功能	输入	链敏感性	多线程
基本操作	序列	转换序列：提取 ID/seq、按长度/质量过滤、删除间隙……	FASTA/Q
	统计数据	简单统计：#seqs、min/max_len、N50、Q20%、Q30%…	FASTA/Q		✓
	子序列	按region/gtf/bed获取子序列，包括侧翼序列	FASTA/Q	+或/和-
	滑动	提取滑动窗口中的子序列	FASTA/Q	+ 仅
	费德克斯	创建FASTA索引文件并提取子序列（比samtools faidx具有更多功能）	FASTA	+或/和-
	翻译	将 DNA/RNA 翻译为蛋白质序列	FASTA/Q	+或/和-
	手表	序列特征的监控和在线直方图	FASTA/Q
	分散	fastx 文件的实时串联和流式传输	FASTA/Q		✓
格式转换	福克2法	将 FASTQ 转换为 FASTA 格式	快速问答
	FX2标签	将 FASTA/Q 转换为表格格式	FASTA/Q
	发2fq	通过 FASTA 文件检索相应的 FASTQ 记录	FASTA/Q	+ 仅
	tab2fx	将表格格式转换为 FASTA/Q 格式	硅通孔
	转变	在 Sanger、Solexa 和 Illumina 之间转换 FASTQ 质量编码	FASTA/Q
搜寻中	grep	按 ID/名称/序列/序列基序搜索序列，允许不匹配	FASTA/Q	+ 和 -	部分地，-m
	定位	定位子序列/基序，允许不匹配	FASTA/Q	+ 和 -	部分地，-m
	扩增子	提取扩增子（或其周围的特定区域），允许不匹配	FASTA/Q	+ 和 -	部分地，-m
	鱼	在较大序列中寻找短序列	FASTA/Q	+ 和 -
设定操作	样本	按数量或比例采样序列	FASTA/Q
	rmdup	按 ID/名称/序列删除重复序列	FASTA/Q	+ 和 -
	常见的	通过id/name/sequence查找多个文件的共同序列	FASTA/Q	+ 和 -
	复制	重复序列N次	FASTA/Q
	分裂	按 id/seq 区域/大小/部分将序列拆分为文件（主要用于 FASTA）	FASTA优先
	分割2	按大小/部分将序列拆分为文件（FASTA、PE/SE FASTQ）	FASTA/Q
	头	打印前 N 条 FASTA/Q 记录	FASTA/Q
	头部基因组	打印名称中具有共同前缀的第一个基因组的序列	FASTA/Q
	范围	打印一定范围内的 FASTA/Q 记录（开始：结束）	FASTA/Q
	一对	修补两个 fastq 文件的双端读取	FASTA/Q
编辑	代替	用正则表达式替换名称/序列	FASTA/Q	+ 仅
	重命名	重命名重复的 ID	FASTA/Q
	连接	连接多个文件中具有相同 ID 的序列	FASTA/Q	+ 仅
	重新启动	重置环状基因组的起始位置	FASTA/Q	+ 仅
	变异	编辑序列（点突变、插入、删除）	FASTA/Q	+ 仅
	萨那	清理损坏的单行 FASTQ 文件	快速问答
订购	种类	按 id/name/sequence/length 对序列进行排序	FASTA优先
	随机播放	随机播放序列	FASTA优先
BAM处理	巴姆	BAM记录特征的监控和在线直方图	巴姆
各种各样的	和	计算 FASTA/Q 文件中所有序列的消息摘要	FASTA/Q		✓
	合并幻灯片	合并seqkit滑动生成的滑动窗口	硅通孔

笔记：

链敏感性：

+ only ：仅在正链/正链上进行处理。
+ and - ：在两条链上搜索。
+ or/and - ：取决于用户的标志/选项/参数。

多线程：使用默认的 4 个线程对于大多数命令来说足够快，某些命令可以从额外的线程中受益。

引文

沉伟*、Botond Sipos 和赵刘洋。 2024. SeqKit2：用于序列和比对处理的瑞士军刀。 iMeta e191。 doi：10.1002/imt2.191。
沉伟、乐帅、李艳*、胡福泉*。 SeqKit：用于 FASTA/Q 文件操作的跨平台超快工具包。公共科学图书馆一号。 doi：10.1371/journal.pone.0163962。