pbbam

巴巴姆

自 SMRTanalysis 3.0 版本起，PacBio 正在采用行业标准 BAM 格式（对齐和未对齐）碱基检出数据文件。我们还制定了 BAM 配套文件格式 (bam.pbi)，可以快速访问更丰富的每次读取信息，并兼容围绕旧版 cmp.h5 格式构建的软件。

pbbam软件包提供用于创建、查询和编辑 PacBio BAM 文件及相关索引的组件。这些组件包括核心 C++ 库、其他语言的绑定以及命令行实用程序。

可用性

最新的pbbam可以通过 bioconda 包pbbam安装。

请参阅我们的官方 pbbioconda 页面，了解有关安装、支持、许可、版权和免责声明的信息。

笔记：

该库无意用作通用 BAM 实用程序 - 所有输入和输出 BAM 必须遵守 PacBio BAM 格式规范。非 PacBio BAM 将导致抛出异常。

文档

• 文档主页

  • 入门
  • C++ API 参考

• 变更日志

常问问题

帮助！我收到“不支持的测序化学组合”！

pbbam验证所有 BAM 文件，并且作为此验证的一部分，它检查所提供的 BAM 文件的每个 ReadGroup 中的BindingKit和SequencingKit变量是否已知。作为正在进行的化学开发的一部分，我们可能需要引入新的部件号来识别新型试剂和/或 SMRT 细胞。使用 SMRT Link 时您不太可能遇到此类问题，因为它有一个集成的自动更新程序，会定期自动检查和安装新的化学物质。在没有正确安装 SMRT Link 的情况下使用的所有 PacBio 工具都需要手动干预才能下载新的化学物质：

 cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "

wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml

这将导致pbbam尝试从SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR加载带外chemistry.xml ，并且应该允许您将较旧的软件与较新的 BAM 一起使用。注意：这仅允许pbbam的内部验证通过，这不会自动使其他依赖化学的软件与较新的化学物质一起工作。例如，Arrow 的后端（Unanimity）也对化学进行了参数化，如果引入全新的化学，它就会失败。请参阅 Unanimity 的常见问题解答，了解如何使用SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR加载新化学物质的模型。

执照

• PacBio 开源许可证

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