细胞2tcr

Cell2TCR 是一种用于推断 T 细胞受体 (TCR) 基序的工具。 TCR 基序描述了一组具有足够序列相似性以可能识别共同表位的 TCR。

入门

请参阅 cell2tcr.ipynb 中的使用示例。

安装

1. 创建新的conda环境

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. 从 Github 安装 Cell2TCR

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. 可选：添加内核以在 Jupyter 笔记本中使用

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

人类 SARS-CoV-2 挑战揭示了局部和系统反应动态

发表于《自然》 19.06.2024

Rik GH Lindeboom*、Kaylee B. Worlock*、Lisa M. Dratva、Masahiro Yoshida、David Scobie、Helen R. Wagstaffe、Laura Richardson、Anna Wilbrey-Clark、Josephine L. Barnes、Lorenz Kretschmer、Krzysztof Polanski、Jessica Allen-Hyttinen , Puja Mehta, Dinithi Sumanaweera, Jacqueline M. Boccacino, Waradon Sungnak, Rasa Elmentaite, Ni Huang, Lira Mamanova, Rakesh Kapuge, Liam Bolt, Elena Prigmore, Ben Killingley, Mariya Kalinova, Maria Mayer, Alison Boyers, Alex Mann, Leo Swadling , Maximillian NJ Woodall, Samuel Ellis, Claire M. Smith, Vitor H. Teixeira, Sam M. Janes, Rachel C. Chambers, Muzlifah Haniffa, Andrew Catchpole, Robert Heyderman, Mahdad Noursadeghi, Benny Chain, Andreas Mayer, Kerstin B. Meyer 、Christopher Chiu、Marko Z. Nikolić† 和 Sarah A. Teichmann†