cell2tcr

Cell2TCR 是一种用于推断 T 细胞受体 (TCR) 基序的工具。 TCR 基序描述了一组具有足够序列相似性以可能识别共同表位的 TCR。

入门

请参阅 cell2tcr.ipynb 中的使用示例。

安装

1. 创建新的conda环境

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. 从 Github 安装 Cell2TCR

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. 可选：添加内核以在 Jupyter 笔记本中使用

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

人类 SARS-CoV-2 挑战揭示了局部和系统反应动态

发表于《自然》 19.06.2024

Rik GH Lindeboom*、Kaylee B. Worlock*、Lisa M. Dratva、Masahiro Yoshida、David Scobie、Helen R. Wagstaffe、Laura Richardson、Anna Wilbrey-Clark、Josephine L. Barnes、Lorenz Kretschmer、Krzysztof Polanski、Jessica Allen-Hyttinen , Puja Mehta, Dinithi Sumanaweera, Jacqueline M.博卡西诺、瓦拉登·桑格纳克、拉莎·埃尔门泰特、黄泥、里拉·马马诺娃、拉克什·卡普吉、利亚姆·博尔特、埃琳娜·普里格摩尔、本·基林利、玛丽亚·卡利诺娃、玛丽亚·梅尔、艾莉森·博耶斯、亚历克斯·曼、利奥·斯瓦德林、马克西米利安·N·J·伍德尔、塞缪尔·埃利斯、克莱尔·M史密斯，维托·H·特谢拉，萨姆·M·简斯，雷切尔·C·钱伯斯， Muzlifah Haniffa、Andrew Catchpole、Robert Heyderman、Mahdad Noursadeghi、Benny Chain、Andreas Mayer、Kerstin B. Meyer、Christopher Chiu、Marko Z. Nikolić† 和 Sarah A. Teichmann†