腺病毒

腺病毒

最后更新：2024 年 5 月 3 日

免责声明

该存储库已过时，将不再维护

这是一个用于分析 PacBio 长读 AAV 测序数据的个人存储库。开源代码现由 FormBio 的 LAAVA 存储库进行维护和开发。请访问LAAVA获取最新代码库！谢谢！

先决条件

• Python 3.7
• 右

所需的 Python 库：

• 皮萨姆

所需的 R 包：

• ggplot2
• dplyr
• 网格
• 网格额外

安装

您可以直接下载/克隆存储库以直接使用脚本。

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

您可以自行安装依赖项或使用以下基于 conda 的选项之一。

选项1：使用 Conda 并单独安装先决条件

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

选项2：将 Conda 与 yml 结合使用

假设您安装了 anaconda 并且二进制文件位于$HOME/anaCogentPy37/bin中。您可以将二进制文件添加到 $PATH 并创建一个名为AAV.env的新 conda 环境。

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

此时提示符应更改为(AAV.env) $

用法

请阅读 AAV 教程